Isolasi dan karakteristik bakteri endofit dari umbi tanaman kentang (Solanum tuberosum. L) menggunakan primer PCR-RAPD

INDONESIA:

Bakteri yang berasosiasi dengan tanaman dan hidup pada jaringan tanpa menimbulkan ancaman bagi tumbuhan didefinisikan sebagai bakteri endofit. Sejumlah penelitian telah dilakukan terhadap bakteri endofit pada tanaman kentang (Solanum tuberosum) untuk mengetahui potensi bakteri endofit sebagai agen pengendali hayati terhadap penyakit yang menyerang tanaman kentang. Tujuan Penelitian ini adalah untuk mengetahui hasil isolasi bakteri endofit pada umbi tanaman kentang, serta mengetahui karakteristik molekuler bakteri endofit berdasarkan pola pita DNA dari teknik PCR-RAPD.

Penelitian ini dilaksanakan tanggal 8 Januari 2012 sampai 27 Juli 2012 yang bertempat di Laboratorium Biomolekuler dan Genetika Universitas Islam Negeri Malang. Metode yang digunakan adalah deskriftif eksploratif. Dimana sampel bakteri endofit yang ditumbuhkan pada media YPDA (Yest Potato Dextrose Agar), di isolasi DNAnya untuk dianalisis dengan teknik PCR-RAPD. Parameter yang dilihat dari penelitian ini tidak hanya dari morfologi koloni bakteri, cat gram, dan hasil kultur, namun juga pada pola pita DNA bakteri endofit dari hasil PCR-RAPD.

Hasil isolasi bakteri endofit dari umbi tanaman kentang diperoleh 6 isolat bakteri endofit. Keenam isolat bakteri endofit tersebut mempunyai karakter yang bervariasi, yakni bentuk koloni isolat yang didominasi oleh Irregular (bulat tidak rata). Elevasi koloni terdiri 2 yakni Umbonate (cembung tambahan) dan convex (cembung). Sedangkan, pewarnaan gram sel bakteri diperoleh isolat bersifat gram negatif dengan bentuk koloni didominasi oleh bacillus. Berdasarkan karakteristik molekular bakteri endofit yang dilihat dari pola pita DNA hasil PCR-RAPD, menunjukkan panjang basa yang berbeda. Seperti pada penggunaan primer khusus, pola pita DNA bakteri endofit berkisar antara 1000bp-1200bp. Pada penggunaan primer umum, pola pita DNA bakteri endofit berkisar antara 800bp. Perbedaan yang terdapat pada pola pita kedua primer tersebut adalah, munculnya beberapa pita pada U1 saat menggunakan primer khusus. Sedangkan pada primer umum hanya 1 pita DNA saja. Begitu pula pada U5 dan U6, yang muncul dobleband dengan panjang basa yang sama. Namun pada penggunaan primer umum tidak muncul.

ENGLISH:

Bacteria associated with plants and live on the network without causing a threat to the plant is defined as endophytic bacteria. Numerous research have been conducted on endophytic bacteria on potato (Solanum tuberosum) to determine the potential of endophytic bacteria as biological control agents against a disease that attacks potato plants. Purpose of this study was to determine the isolated endophytic bacteria on potato tubers, and to know the molecular characteristics of endophytic bacteria based on DNA banding pattern of PCR-RAPD technic.

This study implemented dated January 8, 2012 until July 27, 2012 held at the Laboratory of Biomolecular and Genetics of the State Islamic University of Malang. The method used is descriptive exploratory. Where samples of endophytic bacteria grown on media YPDA (Yest Potato Dextrose Agar), DNA was isolated for analized by PCR-RAPD. Parameters are seen from this study not only from the morphology of bacterial colonies, gram paint, and the results of culture, but also the DNA banding pattern of endophytic bacteria from the PCR- RAPD.

The isolated of endophytic bacteria from potato tubers obtained six isolates of endophytic bacteria. The six isolates of the endophytic bacteria have variated characters, which form colonies of isolates were dominated by irregular. Elevation of the colony consists 2 Umbonate (additional convex) and convex. Meanwhile, gram staining of bacteria cells are gram-negative isolates obtained form colonies dominated by bacillus. Based on the molecular characteristics of endophytic bacteria DNA band pattern of RAPD-PCR results, indicating the length of different bases. As in the use of specific primers, DNA banding pattern of endophytic bacteria ranged from 1000bp-1200bp. On the use of general primers, DNA banding pattern of endophytic bacteria ranged from 800B. The differences were found in both primers banding pattern is, the emergence of several bands on the U1 when using specific primers. While in general primers only one DNA bands only. Similarly, the U5 and U6, which appears dobleband with the same basa length. However, the use oo general primers is not appears.