#NOPUBLISH 10/7/2023# Studi in silico senyawa kandungan jahe merah (zingiber officinale var. rubrum) sebagai antivirus SARS CoV-2 terhadap reseptor nucleocapsid (6VYO) dan main protease (6M2N)

ABSTRAK:

COVID-19 adalah penyakit pernapasan yang disebabkan oleh virus SARS CoV-2 yang telah menyebar ke seluruh dunia dan telah dikonfirmasi sebagai pandemi. Nucleucapsid merupakan protein struktural yang berperan dalam mengemas RNA ke dalam RNP dan terlibat dalam proses transkripsi dan replikasi virus. Main protease merupakan protein non-struktural yang bertanggung jawab pada proses replikasi virus. Kedua reseptor tersebut merupakan bagian penting dalam siklus virus, sehingga efektif untuk dijadikan target pengembangan obat anti-COVID-19. Jahe merah diprediksi memiliki aktivitas antivirus pada COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi sifat fisikokimia, toksisitas, dan aktivitas senyawa kandungan jahe merah sebagai antivirus SARS CoV-2 terhadap reseptor nucleucapsid (6VYO) dan main protease (6M2N). Prediksi fisikokimia dilakukan melalui situs pkCSM online tool yang mengacu pada Hukum Lima Lipinski. Prediksi toksisitas dilakukan menggunakan pkCSM online tool dan Protox online tool. Prediksi aktivitas antivirus senyawa dilakukan menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD). Hasil prediksi sifat fisikokimia senyawa menunjukkan terdapat satu senyawa yang tidak memenuhi Hukum Lima Lipinski. Hasil prediksi toksisitas menunjukkan terdapat satu senyawa yang termasuk pada kelas toksisitas 3. Hasil prediksi aktivitas antivirus senyawa kandungan jahe merah menunjukkan senyawa paradol memiliki nilai rerank score yang paling rendah yaitu -92.912 kkal/mol pada reseptor 6VYO dan -98.446 kkal/mol pada reseptor 6M2N.

ABSTRACT:

COVID-19 is a respiratory disease caused by the SARS CoV-2 virus that
has spread world wide and has been conirmed to be a pandemic. Nucleocapsid is a
structural protein that plays a role in packaging RNA into RNP and is involved in
the process of viral transcription and replication. Main protease is non-structural protein responsible for the viral replication process. These two receptors are an
important part of the viral cycle, making them an effective target for anti-COVID-19 drug
development. Red ginger is predicted to have antiviral activity against COVID-19. The
purpose of this study is to predict the physicochemical properties, toxicity, and activity of
compounds contained in red ginger as SARS CoV-2 antivirus against nucleocapsid
receptors (6VYO) and main protease (6M2N). Physicochemical predictions are made
through the pKCSM Online Tool site which refers to Lipinski’s Five Laws. Toxicity
prediction was carried out using the pKCSM Online Tool and the Protox Online Tool.
Prediction o the antivirus activity of the compounds was carried out using Molegro
Virtual Docker (MVD). The results of the prediction physicochemical properties of
compounds show that there is one compound that does not obey Lipinski's fifth law. The
results of the toxicity prediction showed that there was one substance that was in toxicity
class 3. The results of the prediction of antiviral activity of compounds containing red
ginger showed that paradol had the lowest rearrangement score value, namely -92,912 kcal/mol for the 6VYO receptor and -98,446 kcal/mol for the 6M2N receptor

مستخلص البحث:

الذي انتشر في جميع أنحاء العالم وتم CoV SARS2-هو مرض تنفسي يسببه فيروس COVID19-حتى اآلن ، لذلك اتخذ العديد COVID 19لم يتم العثور على العالج الرئيسي لعالج .تأكيده على أنه جائحة
CoV SARS2- .من الباحثين نهجا عالجيًا باستخدام األدوية التي أثبتت فعاليتها ضد الفيروسات األخرى
هو بروتين هيكلي يلعب دو ًرا في Nuclecapsid فيروس يتكون من بروتينات هيكلية وغير هيكلية هو
ويشارك في عملية النسخ والتكرار الفيروسي البروتياز الرئيسي هو بروتين غير RNP في RNA تعبئة
يعد هذان المستقبالن جز ًءا مهما من الدورة الفيروسية ، مما .هيكلي مسؤول عن عملية تكاثر الفيروس
من المتوقع أن يكون للزنجبيل األحمر نشاط COVID19- يجعلهما أهدافا فعالة لتطوير األدوية المضادة لـ
تهدف هذه الدراسة إلى التنبؤ بالخصائص الفيزيائية والكيميائية .COVID19- مضاد للفيروسات ضد
2CoV SARS والسمية ونشاط المركبات الموجودة في الزنجبيل األحمر كمضادات فيروسات
يتم تنفيذ التنبؤات الفيزيائية والكيميائية .(N2M6 (والبروتياز الرئيسي (0VY6 (مستقبالت نوكليوكاسيد
تم .على اإلنترنت والذي يشير إلى قوانين ليبينسكي الخمسة Tool Online pkCSM أداة من خالل موقع
Online Protox عبر اإلنترنت وأداة Tool Online pkCSM إجراء التنبؤ بالسمية باستخدام أداة
Virtual Molegro للفيروسات للمركبات باستخدام تم التنبؤ بالنشاط المضاد .عبر اإلنترنت Tool
تظهر نتائج التنبؤ بالخصائص الفيزيائية والكيميائية للمركبات أن هناك مركبًا واحدًا ال .(MVD (Docker
3تظهر نتائج التنبؤ بالسمية أن هناك مركبًا واحدًا ينتمي إلى فئة السمية .يفي بقانون ليبينسكي الخامس