Identifikasi Fenotip dan Genotip 16s rRNA Bakteri Pendegradasi Plastik dengan Perbedaan Metode Isolasi DNA

ABSTRAK:

Isolat bakteri BP merupakan bakteri yang berhasil diisolasi yang berasal dari TPA Pisang Kipas Jatimulyo Malang. Isolat bakteri BP telah dilakukan uji untuk mendegradasi plastik dan berhasil mendegradasinya. Hal ini membuktikan bahwa isolat tersebut memiliki potensi untuk mendegradasi plastik. Plastik memiliki rantai berulang dan panjang, sehingga dibutuhkan waktu yang lama untuk memecah rantai panjang menjadi rantai pendek. Karena hal ini menyebabkan sampah plastik menjadi susah untuk didegradasi. Dilaporkan ada beberapa jenis bakteri yang bisa mendegradasi plastik seperti strain bakteri seperti Pseudomonas spp., Bacillus spp. dan Streptomyces spp. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan hasil uji kuantitatif hasil isolasi DNA dengan metode CTAB dan kit dan untuk mengetahui karakter fenotip dan genotip.
Bakteri yang telah diperoleh dari penelitian terdahulu dengan kode BP didapatkan dari TPA Jalan Pisang Kipas, Kota Malang. Identifikasi isolat bakteri dilakukan secara makroskopis, mikroskopis, uji biokimia dan nantinya akan diisolasi DNA dengan variasi metode CTAB dan KIT. Kemudian DNA diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan pasangan primer 27F dan 1492R. Pengurutan DNA dilakukan dengan metode Sanger dan memanfaatkan software untuk analisa serta menentukan kekerabatan bakteri berdasarkan kedekatan hasil analisis dengan database.
Isolat Bakteri BP dari hasil uji geneotip mendapatkan nilai kemurnian A260/280 sebesar 2,13. Dari hasil isolasi tersebut menghasilkan amplikon sebesar ⁓1100 bp. Dari hasil analisa diketahui bahwa isolat bakteri BP mempunyai kemiripan 98% dengan spesies bakteri Bacillus Subtilis strain SBMP 4.

ABSTRACT:

Bacterial isolate BP is a bacteria that was successfully isolated from the Pisang Kipas Jatimulyo landfill in Malang. Bacterial isolate BP has been tested to degrade plastic and successfully degrades it. This proves that the isolate has the potential to degrade plastic. Plastics have long, repeating chains, so it takes a long time to break down the long chains into short chains. Because this plastic waste are difficult to degrade. It is reported that there are several types of bacteria that can degrade plastic such as bacterial strains such as Pseudomonas spp., Bacillus spp. and Streptomyces spp. Aims of this study is to determine differences in the results of quantitative test results of DNA isolation using CTAB and kit methods and to determine phenotypic and genotypic characters.
The bacteria that have been obtained from previous research with the code name BP were obtained from landfill Jalan Pisang Kipas, Malang City. Identification of bacterial isolates was carried out macroscopically, microscopically, biochemically and later isolated DNA using a variety of CTAB and KIT methods. Then the DNA was amplified by Polymerase Chain Reaction (PCR) using primer pairs 27F and 1492R. DNA sequencing was carried out using the Sanger method and utilizing software for analysis and determining bacterial kinship based on the closeness of the analysis results to the database.
BP Bacterial Isolate from the results of the geneotyping test obtained an A260/280 purity value of 2.13. The results of the isolation produced an amplicon of ⁓1100 bp. From the results of the analysis it is known that the bacterial isolate BP has 98% similarities with the bacterial species Bacillus Subtilis sstrain SBMP 4.

مستخلص البحث:

عزل الجرثوم (BP) هو الجرثوم الذي ينجح ان يُعزل ويأتي من (TPA) فيسانج كيفاس جاتيموليا مالانج. وفُعل الإختبار لتحقير البلاستيك ونجح. يدل هذا الحال أن لدى ذالك العزل إحتمالا لتحقير البلاستيك. لدى بلاستيك السوار الترديد الطويل، حتى يُحتاج الوقتُ الطويل لتخريق السوار الطويل إلى القصير. لأنه يسبب القمامة البلاستيك الصعب للتحقير. يُرد موجود الجرثومة التي تستطيع ان تحقر البلاستيك مثل (strain) الجرثوم و(Pseudomonas spp) و(Bacillus spp) و(Streptomyces spp). يهدف هذا البحث لمعرفة إختلاف حصيلة الإختيار الكمي من عزل (DNA) بمنهج (CTAB) وكيت ولمعرفة شخصية الطراز المظهري والطراز العرقى.
الجرثوم الذي يُنال من خلفية البحث برمز (BP) يُنال من (TPA) شارع فيسانج كيفاس جاتيموليا مالانج. يُفعل تعرف عزل الجرثوم بالعين المجردة والمجهرة وإختبار الكيمياء الحيوية والتالي سيُعزل (DNA) بتنوع المنهج (CTAB) وكيت. ثم، يُضخّم (DNA) ب (Polymerase Chain Reaction (PCR)) ويستخدم الزوجة الرئيسية ٢٧ف و١٤٩٢ر. يفعل ترتيب (DNA) بمنهج سانجر وينتفع البرنامج (software) لتحليل وتقرير قرابة الجرثوم بناء على قرب حصيلة التحليل بقاعدة البينات.
ينال عزل الجرثوم (BP) من حصيلة إختبار الطراز العرقى قيمة (A260/280) ٢،١٣. من تلك حصيلة العزل، تحصل أمبليكون ⁓١١٠٠ ب ف. من حصيلة التحليل، تعرف أن لدى عزل الجرثوم (BP) تشابه ٩٨٪ بفصائل الجرثوم (Bacillus Subtilis strain SBMP 4).