Studi in silico aktivitas neuroprotektif fraksi etil asetat daun semanggi (Marsilea crenata C. Presl) pada reseptor 5BTR

ABSTRAK

Neurodegeneratif merupakan suatu kondisi patologis pada sel saraf dimana sel ini mengalami kehilangan fungsi normal kerena terjadi perubahan secara morfologi maupun anatomi. Alternatif pengobatan penyakit neurodegeneratif dapat menggunakan senyawa fitoestrogen, karena memiliki struktur serta aktivitas yang mirip dengan estrogen. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi aktivitas neuroprotektif dari senyawa metabolite profiling fraksi etil asetat daun semanggi pada protein 5BTR. Tahap awal dilakukan skrining dan prediksi analisis fisikokimia berdasarkan letak senyawa pada Boiled-Egg dan hukum 5 lipinski menggunakan webtool SwissAdme. Senyawa yang memenuhi kriteria fisikokimia selanjutnya dilakukan molecular docking menggunakan software PyRx 0.8 dengan metode AutoDock Vina dan hasilnya dianalisis menggunakan software Biovia Discovery Studio Visualizer 2016. Hasil dari uji in silico didapatkan 2 kandidat senyawa yaitu MTL7 (3,4,5-Trimethoxy-N-(4-pyridinylmethyl)benzamide) dan MTL23 (1-Ethyl-3-piperidinyl diphenylacetate), karena memiliki parameter yang mirip dengan ligan resveratrol yaitu nilai binding affinity berkisar -6, mengikat asam amino Lys 444 dan Asp 292 atau Asp 298, RMSD berkisar 1,062 serta jarak farmakofor berkisar 10,984 Å.

ABSTRACT

Neurodegenerative is a pathological condition in which nerve cells lose their normal function due to morphological and anatomical changes. Alternative treatment for neurodegenerative diseases can use phytoestrogen compounds, because of their similarity in structure and activity to estrogen. This study aims to predict the neuroprotective activity of the metabolite compound profiling of semanggi leaf ethyl acetate fraction on 5BTR protein. The initial stage is screening and predicting physicochemical analysis based on the location of the compound on the Boiled-Egg and Lipinski's 5th law using the SwissAdme webtool. Compounds that met the physicochemical criteria were then subjected to molecular docking using PyRx 0.8 software with the AutoDock Vina method and the results were analyzed using the Biovia Discovery Studio Visualizer 2016 software. The results of the in silico test obtained 2 candidate compounds, namely MTL7 (3,4,5-Trimethoxy-N-(4-pyridinylmethyl)benzamide) and MTL23 (1-Ethyl-3-piperidinyl diphenylacetate). because it has similar parameters to resveratrol ligand with binding affinity values ranging from -6, binding amino acids Lys 444 and Asp 292 or Asp 298, RMSD ranging from 1.062 and pharmacophore distance ranging from 10,984 Å.

ملخص البحث

التنكس العصبي هو حالة مرضية في الخلايا العصبية حيث تفقد وظيفتها الطبيعية بسبب التغيرات المورفولوجية أو التشريحية. يمكن أن يستخدم العلاج البديل للأمراض التنكسية العصبية مركبات الاستروجين النباتية، لأن لها تركيبا ونشاطًا مشابهًا للإستروجين. يهدف هذا البحث إلى التنبؤ بالنشاط الوقائي العصبي لمركب المستقلب لتحديد جزء أسيتات إيثيل أوراق البرسيم على بروتين 5BTR. المرحلة الأولية هي فحص التحليل الفيزيائي الكيميائي والتنبؤ به استنادا إلى موقع المركب في نموذج Boiled-Egg وقانون Lipinski الخامس باستخدام أداة الويب SwissAdme. ثم تعرضت المركبات التي تفي بالمعايير الفيزيائية والكيميائية للالتحام الجزيئي باستخدام برنامج PyRx 0.8 مع طريقة AutoDock Vina وتم تحليل النتائج باستخدام برنامج Biovia Discovery Studio Visualizer 2016. حصلت نتائج اختبار السيليكو على مركبين مرشحين، وهما MTL7 (3،4،5-Trimethoxy-N-(4- pyridinylmethyl)benzamide) وMTL23 (1-Ethyl-3-piperidinyl diphenylacetate) لأن لهما معلمات شبيهة بروابط ريسفيراترول، وهي قيم تقارب ملزمة تتراوح من -6، والأحماض الأمينية الملزمة Lys 444 و Asp 292 أو Asp 298، و RMSD تتراوح من 1.062 ومسافة الصيدلانية حوالي 10984 Å.