Identifikasi pola haplotipe DNA mitokondria udang jari (Metapenaeus elegans) Segara Anakan Kabupaten Cilacap Jawa Tengah menggunakan enzim restriksi HindIII

INDONESIA:

Kerusakan ekosistem di Segara Anakan, Kabupaten Cilacap, Jawa Tengah serta eksploitasi yang berlebihan dan terus menerus menimbulkan permasalahan pada kelestarian sumberdaya udang Jari. Informasi genetik udang Jari sangat diperlukan dalam rangka menjaga kelestarian plasma nutfah udang Jari di alam. Salah satu cara untuk memperoleh informasi genetik udang Jari adalah dengan mengidentifikasi pola haplotipe DNA mitokondria menggunakan enzim restriksi HindIII. DNA mitokondria hanya diturunkan dari induk betina dan memiliki variasi yang tinggi. Enzim restriksi HindIII telah digunakan dalam penelitian Klinbunga dkk (1998) dan memotong banyak fragmen pada udang penaeidae. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jumlah dan ukuran fragmen serta pola haplotipe DNA mitokondria yang dipotong oleh enzim restriksi HindIII.

Jenis penelitian ini adalah deskriptif. Sampel yang digunakan adalah 7 individu udang Jari dari hasil tangkapan di Segara Anakan, Cilacap, Jawa tengah. Isolasi DNA dilakukan pada bagian kaki jalan dan ekor dengan menggunakan metode modifikasi dari Tamayo (2006), amplifikasi menggunakan primer COIL dan COIH. Parameter penelitian ini adalah konsentrasi (µg/ml), kemurnian (A260/280) dan ukuran (bp) DNA genom hasil isolasi, ukuran (bp) DNA mitokondria hasil amplifikasi, ukuran (bp) dan pola haplotipe DNA mitokondria hasil pemotongan menggunakan enzim restriksi HindIII.

Hasil penelitian ini menunjukkan konsentrasi DNA genom hasil isolasi antara 1,85 µg/ml – 8,23 µg/ml, kemurnian antara 1,30 – 1,95 dan ukuran DNA genom hasil isolasi lebih dari 10.000 bp. DNA mitokondria yang teramplifikasi menggunakan primer COIL dan COIH berukuran 950 bp. Pemotongan dengan enzim restriksi HindIII pada hasil amplifikasi diperoleh 4 pita berukuran 114 bp, 200 bp, 250 bp dan 386 bp yang membentuk pola haplotipe monomorfik.

ENGLISH:

The damage of the ecosystem in Segara Anakan, District of Cilacap, Central Java and the abundant-continous exploitation have provoked problem with the sustainability of fine shrimp resources. The genetic information of fine shrimp is very needed in order to preserve the germplasm in nature. One of some ways to obtain the genetic information of fine shrimp is by identifying haplotype pattern of mitochondrial DNA using a restriction enzyme HindIII. Mitochondrial DNA is only maternal inheritance and has a high variation. Restriction enzyme HindIII used in Klinbunga research (1998) and digested many fragments in penaeidae shrimp. This study aims to find out the number and size of the fragment which is digested by restriction enzyme HindIII.

This kind of the study is descriptive. Seven samples are taken from shrimp catches in Segara Anakan, district of Cilacap, Central Java. The DNA isolation conducted to the walking leg and tail using Tamayo (2006) method with modification, amplification using COIL and COIH primers. The parameters of this study are concentration (µg/ml), purity (A260/280) and size (bp) of genomic DNA resulted from isolation, size (bp) of mitochondrial DNA resulted from amplification, size (bp) and haplotype pattern of mitochondrial DNA resulted from digestion using restriction enzyme HindIII.

Result of the study show that the concentration of genomic DNA is 1,85- 8,23µg/ml, the purity is 1,30-1,95 and the size is more than 10.000 bp. Amplification of mitochondrial DNA resulted in 950 bp and the digestion using HindIII resulted 4 fragments consist of 114 bp, 200 bp, 250 bp, 386 bp which formed monomorphic pattern.