Docking molekuler teroptimasi senyawa aktif buah pare (momordica charantia) golongan flavonoid sebagai inhibitor ck2-alpha yang berpotensi sebagai antikanker leukemia

ABSTRAK

Salah satu reseptor yang menjadi target pengobatan antileukemia yaitu CK2-α. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui potensi senyawa golongan flavonoid buah pare sebagai obat antileukemia. Kandungan buah pare golongan flavonoid yaitu quercetin, quercetin 3-O-glucoside, kaempferol, myricetin, morin, galangin, dihydrokaempferol, naringenin, naringenin chalcone, chatechin, Epicatechin, taxifolin, quercetin-3,7-O-diglucopyranoside, quercetin-3-O-sambubioside, quercetin-3-O-rutinoside, quercetin-3-O-arabinoside, quercetin-3,7-dirhamnopyranoside, kaempferol-3O-rutinoside, kaempferol-3-O-glukosida, isorhamnetin-3-glukoside, rutin dan leucocyanidin.

Metode yang digunakan dalam penelitian ini penambatan molekul (molecular docking) senyawa-senyawa aktif buah pare golongan flavonoid sebagai ligan dengan CK2- α sebagai reseptor target dan dioptimasi lanjut mengguankan medan gaya NOVA. Aplikasi yang digunakan Autodock4.2, swissADME dan PASSonline.

Hasil docking menunjukkan bahwa senyawa golongan flavonoid berpotensi sebagai antikanker leukemia. Setelah dilakukan optimasi, diperoleh senyawa terbaik yaitu isorhamnetin 3 glucoside dengan nilai ΔGbind -46.64 kcal/mol dan diperoleh aktivitas biologis yang sama dengan ligan natif yaitu silmitasertib yang membentuk ikatan penting yaitu ikatan hidrogen dengan residu asam amino VAL116 dan ikatan hidrofobik LYS68. Hasil prediksi kemiripan obat menggunakan swissADME menunjukkan bahwa tidak semua senyawa golongan flavonoid sesuai aturan Lipinski, senyawa isorhamnetin 3 glucoside memiliki kelebihan atas kekurangan yang terdapat pada silmitasertib, memiliki potensi aktivitas biologis yang sama tetapi sifat farmakokinetiknya tidak menyebabkan kontraindikasi. Hasil prediksi aktivitas biologi antikanker leukemia menggunakan algoritma PASSonline menunjukkan bahwa baik silmitasertib maupun senyawa-senyawa golongan flavonoid buah pare tidak berpotensi sebagai senyawa antikanker leukemia. senyawa golongan flavonoid memiliki aktivitas yang rendah dengan nilai 0.5<Pa<0.7.

ABSTRACK:

One of the receptors targeted by antileukemia treatment is CK2-α. The purpose of this study was to determine the potential of flavonoid compounds as anti-cancer leukemia drugs. The content of flavonoids in bitter gourd are quercetin, quercetin 3-O-glucoside, kaempferol, myricetin, morin, galangin, dihydrokaempferol, naringenin, naringenin chalcone, chatechin, Epicatechin, taxifolin, quercetin-3,7-O-diglucopyranoside, quercetin-3-O-sambubioside, quercetin-3-O-rutinoside, quercetin-3-O-arabinoside, quercetin-3,7-dirhamnopyranoside, kaempferol-3-O-rutinoside, kaempferol-3-O-glucoside, isorhamnetin-3-glucoside, rutin dan leucocyanidin.

The method used in this research is molecular docking active compounds of bitter gourd flavonoid group as a ligand with CK2-α as the target receptor and further optimized using the NOVA force field. Docking observed using Autodock4.2. swissADME dan PASSonline.

The results of the docking showed that the flavonoid compound has the potential as an anticancer agent for leukemia. After optimization, the best compound was obtained, namely Isorhamnetin 3 glucoside with a Gbind value of -46.64 kcal/mol and obtained the same biological activity as the native ligand namely silmitasertib which forms important bond namely hydrogen bond with residues of the amino acid VAL116 and hyfrofobic bond LYS68. The results of the prediction of drug similarity use swissADME showed that not all flavonoid compounds were in accordance with Lipinski's rules, the isorhamnetin 3 glucoside compound has advantages over the disadvantages found in silmitasertib, has the same potential biological activity but its pharmacokinetic properties that does not cause contraindications. The results of the prediction of the biological activity of anticancer leukemia showed that the flavonoid group of compounds had low activity with a value of 0.5<Pa<0.7.

مستخلص البحث:

α هو أحد المستقبلات المستهدفة للعلاج بمضادات سرطان الدم. كان الغرض من هذه الدراسة هو تحديد إمكانات مركبات الفلافونويد لفاكهة البطيخ المر كأدوية مضادة لسرطان الدم. يحتوي القرع المر على مركبات الفلافونويد، وهي كيرسيتين، كيرسيتين ٣-0-غلوكوزيد، كايمبفيرول، ميريسيتين، مورين، جالانجين، ديهيدروكيمبفيرول، نارينجين، نارينجين كالكون، شاتشين، إيبيكاتشين، تاكسيفولين، كيرسيتين ٣،٧-0-ديجلوسيد,كيرسيتين ٣-0-سامبوبيوسيد، كيرسيتين ٣-0-روتينوسايد، كيرسيتين-٣-0- أرابينوسايد، كيرسيتين-٣،٧-ديرهامنوبييرانوسيد، كايمبفيرول٣-0-روتينوسايد، كايمبفيرول-٣-0-جلوكوزيد، إيزورهامنيتين-٣-جلوكوزيد، روتين و ليوكوسيانيدين.

كانت الطريقة المستخدمة في هذه الدراسة هي الإلتحام الجزيئي للمركبات النشطة لفاكهة البطيخ المر التي تنتمي إلى مجموعة الفلافونويد باعتبارها رابطة مع CK2-α كمستقبل مستهدف وتم تحسينها باستخدام مجال قوة NOVA. الإرساء باستخدام أوتودوك ٤,٢.

أظهرت نتائج الالتحام أن مركب الفلافونويد لديه القدرة كعامل مضاد للسرطان لسرطان الدم. بعد التحسين ، تم الحصول على أفضل مركب ، وهو إيزورهامنيتين-٣-جلوكوزيد بقيمة ΔGbind تبلغ -٤٦.٦٤ kcal / mol وحصل على نفس النشاط البيولوجي مثل يجند أصلي، وهو سيلميتاسيرتيب الذي يشكل روابط مهمة، وهي الروابط الهيدروجينية مع بقايا الأحماض الأمينية VAL116 و روابط كارهة للماء مع .LYS68 أظهرت نتائج تنبؤ التشابه الدوائي أنه لم تكن جميع مركبات مجموعة الفلافونويد وفقًا لقاعدة ليبينسكي ، فإن مركب إيزورهامنيتين-3-جلوكوزيد له مزايا على العيوب الموجودة في سيلميتاسيرتيب وله نفس النشاط البيولوجي مع الخصائص الحركية الدوائية التي لا تسبب موانع. أظهرت نتائج التنبؤ بالنشاط البيولوجي المضاد للسرطان لسرطان الدم أن مجموعة مركبات الفلافونويد كان لها نشاط منخفض بقيمة 0.5 <باسكال <0.7.