Studi in silico senyawa karvakrol dan timol terhadap reseptor nsp15 endoribonuklease (6w01) sebagai antivirus sars-cov-2

ABSTRAK:

Covid-19 merupakan penyakit yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Virus tersebut merupakan jenis coronavirus baru. SARS-CoV-2 tersusun dari protein struktural dan non struktural. Salah satu protein yang digunakan non struktural yang digunakan adalah Nsp15. Protein tersebut bertanggung jawab pada replikasi dan transkripsi virus. Senyawa Karvakrol dan Timol terbukti memiliki aktivitas antivirus yaitu dapat menghambat replikasi dan transkripsi virus RNA. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi sifat fisikokimia, memprediksi toksisitas, dan memprediksi aktivitas antivirus senyawa karvakrol dan timol terhadap reseptor 6W01. Prediksi sifat fisikokimia dilakukan menggunakan aplikasi SwissADME dan mengacu ke hukum lima Lipinski. Selanjutnya, kelas toksisitas dilakukan menggunakan aplikasi pkCSM Online Tool dan Protox Online Tool. Hasil nilai LD50 dan klasifikasi kelas toksisitas digolongkan menurut GHS. Senyawa karvakrol dan timol termasuk ke dalam kelas toksisitas 4. Prediksi aktivitas antivirus senyawa dilakukan menggunakan aplikasi Molegro Virtual Docker (MVD). Reseptor Nsp15 dikatakan valid karena mempunyai nilai RMSD dibawah ˂2 Å. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kedua senyawa diprediksi memiliki potensi aktivitas antivirus yang baik.

ABSTRACT:

Covid-19 is a disease caused by the SARS-CoV-2 virus. The virus is a new type of coronavirus. SARS-CoV-2 is composed of structural and non-structural proteins. One of the non-structural proteins used is Nsp15. These proteins are responsible for viral replication and transcription. Carvacrol and thymol compounds have antiviral activity, inhibit RNA viruses replication and transcription. This study aims to predict physicochemical properties, predict toxicity, and predict the antiviral activity of carvacrol and thymol compounds against 6W01 receptors. Prediction of physicochemical properties is carried out using the SwissADME application and refers to Lipinski's five laws. In addition, the toxicity class used the pkCSM Online Tool and Protox Online Tool applications. Then, the results of the LD50 value and the classification of toxicity were arranged based on GHS. Carvacrol and thymol compounds belong to toxicity class 4. Prediction of antiviral activity of compounds used the Molegro Virtual Docker (MVD) application. The NSP15 receptor is valid because it has an RMSD value below 2. The results showed that both compounds have good potential for antiviral activity.

مستخلص البحث:

يعدّ كوفيد - 19 مرض سببه فيروس السارس - فيروس الكاف - 2 . هذا الفيروس هو نوع جديد من الفيروس التاجي. يتكون السارس-CoV-2 من البروتينات الهيكلية وغير الهيكلية. من البروتينات غير المستخدمة هيكليا المستخدمة هو . Nsp15 وهي بروتين مسؤولة عن تكرار ونسخ الفيروسات. وقد ثبت أن مركبات كارفاكرول وتيمول لديها نشاط مضاد للفيروسات التي تمنع تكرار ونسخ فيروسات الحمض النووي الريبي. ويهدف هذا البحث إلى التوقع بالخصائص الفيزيائية الكيميائية، والتوقع بالسمية، والتوقع بالنشاط المضاد للفيروسات من مركبات كارباكترول وتيمول ضد مستقبلات 6W01. ثم إجراء التوقع بالخصائص الفيزيائية الكيميائية باستخدام تطبيق SwissADME . ويشير إلى قوانين lipinski الخمسة. وعلاوة على ذلك، يتم إجراء فئات السمية باستخدام pkCSM أداة على الانترنت وتطبيقات أداة بروتكس على الانترنت. وتظهرنتائج قيم LD50 وتصنيف الفئات السمية وفقا لـ GHS . مركبات كاربول والثيول تقع في فئة السمية الأربعة. يتم التوقع بالنشاط لمضاد الفيروسات المركب باستخدام تطبيق Molegro Virtual Docker (MVD). ويقال إن مستقبلات NSP15 صالحة لأن لديها قيمة RMSD أقل من 2 Å. وأظهرت النتائج أنه من المتوقع أن يكون لكلا المركبين إمكانات جيدة للنشاط كالمضاد للفيروسات.