Studi in silico senyawa phyllanthin, hypophyllanthin, nirtetralin dan niranthin dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) terhadap reseptor rdrp (7BV2) yang berpotensi sebagai antivirus sars-cov-2

ABSTRAK:

Akhir Desember 2019, di Wuhan, Provinsi Hubei, China telah muncul kasus baru yang disebut dengan Corona Disease (COVID-19) dan teridentifikasi disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 yang terdiri dari protein struktural dan non struktural. Beberapa penelitian menyebutkan bahwa tanaman herbal dapat digunakan sebagai antivirus SARS-CoV-2. Senyawa yang diduga berpotensi sebagai antivirus SARS-CoV-2 adalah Phyllanthin, Hypophyllanthin, Nirtetralin, dan Niranthin dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.). yang diuji aktivitasnya dalam menghambat reseptor RdRp SARS-CoV-2 (7BV2) yang memiliki peran dalam replikasi virus. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa Phyllanthin, Hypophyllanthin, Nirtetralin, dan Niranthin dari tanaman meniran (Phyllanthus niruri L.) sebagai antivirus SARS-CoV-2. Untuk mengetahui potensi dari senyawa uji, maka dilakukan penelitian secara in silico meliputi prediksi sifat fisikokimia yang mengacu pada Hukum Lima Lipinski pada situs SwissADME, prediksi toksisitas menggunakan Protox Online Tool dan pkCSM Onlne Tool, serta molecular docking menggunakan Autodock Vina. Hasil menunjukkan bahwa afinitas senyawa Hypophyllanthin dan Niranthin dengan reseptor RdRp SARS-CoV-2 (7BV2) memiliki nilai yang lebih baik dari ligan asli dan senyawa pembanding (remdesivir). Pada interaksi residu asam amino menunjukkan bahwa senyawa uji memiliki kesamaan interaski pada ligan asli dan senyawa pembanding (remdesivir) yang terletak pada sisi aktif reseptor. Berdasarkan hasil tersebut maka senyawa uji diprediksi memiliki potensi dalam menghambat SARS-CoV-2 pada reseptor RdRp (7BV2).

ABSTRACT:

At the end of December 2019, in Wuhan, Hubei Province, China, a new case called Corona Disease (COVID-19) appeared and was identified as being caused by the SARS-CoV-2 virus which consists of structural and non-structural proteins. Several studies have stated that herbal plants can be used as an antiviral for SARS-CoV-2. Compounds that are thought to have potential as antivirals for SARS-CoV-2 are Phyllanthin, Hypophyllanthin, Nirtetralin, and Niranthin from the meniran plant (Phyllanthus niruri L.). tested for its activity in inhibiting the SARS-CoV-2 (7BV2) RdRp receptor, which has a role in viral replication. This study aims to determine the potential of Phyllanthin, Hypophyllanthin, Nirtetralin, and Niranthin compounds from the meniran plant (Phyllanthus niruri L.) as an antiviral for SARS-CoV-2. To determine the potential of the test compounds, an in silico study was carried out including prediction of physicochemical properties referring to Lipinski's Five Laws on the SwissADME website, prediction of toxicity using the Protox Online Tool and pkCSM Online Tool, and molecular docking using Autodock Vina. The results showed that the affinity of Hypophyllanthin and Niranthin compounds with the SARS-CoV-2 (7BV2) RdRp receptor had a better value than the original ligand and the comparison compound (remdesivir). The interaction of amino acid residues showed that the test compound had similar interactions with the original ligand and the comparison compound (remdesivir) which was located on the active site of the receptor. Based on these results, the test compound is predicted to have the potential to inhibit SARS-CoV-2 at the RdRp (7BV2) receptor.