Studi in silico potensi antivirus senyawa limonoid tanaman mimba (Azadirachta indica A. Juss. ) terhadap reseptor RdRp SARS-CoV-2 (7BV2)

ABSTRAK

Kandidat senyawa yang diduga berpotensi sebagai antivirus SARS-CoV-2 adalah senyawa golongan limonoid pada mimba meliputi azadirachtin, azadirone, azadiradione, epoxyazadiradoine, gedunin dan deacetylgedunin yang berperan dalam menghambat replikasi virus. Salah satu reseptor pada SARS-CoV-2 yang berperan proses replikasi virus adalah reseptor RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Pada penelitian ini senyawa golongan limonoid diuji aktivitasnya dalam menghambat reseptor RdRp SARS-CoV-2 (7BV2). Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa limonoid tanaman mimba sebagai antivirus SARS-CoV-2. Untuk mengetahui potensi senyawa limonoid sebagai antivirus SARS-CoV-2 dilakukan penelitian secara in silico meliputi prediksi sifat fisikokimia, molecular docking dan prediksi toksisitas. Prediksi sifat fisikokimia mengacu pada Hukum Lima Lipinski pada situs SwissADME. Prediksi toksisitas menggunakan ProTox Online Tool dan pkCSM Online Tool. Molecular docking dilakukan menggunakan Autodock Vina. Hasil menunjukkan bahwa senyawa azadirone, azadiradione, epoxyazadiradoine, gedunin dan deacetylgedunin memenuhi Hukum Lima Lipinski sedangkan azadirachtin tidak. Hasil molecular docking menunjukkan senyawa limonoid memiliki afinitas lebih baik dibandingkan ligan asli dan remdesivir sebagai senyawa pembanding. Pada interaksi residu asam amino ditunjukkan bahwa senyawa limonoid mimba memiliki kesamaan interaksi pada ligan asli dan senyawa pembanding yang terletak pada sisi aktif reseptor. Berdasarkan hal tersebut senyawa limonoid mimba diprediksi berpotensi menghambat RdRp SARS-CoV-2 (7BV2).

ABSTRACT

Candidate compounds that are thought to be possible as antiviral agents for SARS-CoV-2 are limonoid compounds in neem including azadirachtin, azadirone, azadiradione, epoxyazadiradione, gedunin, and deacetylgedunin which play a role in supporting the development of antivirals. One of the receptors in SARS-CoV-2 that plays a role in the viral replication process is the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) receptor. In the study, the limonoid compounds were tested for their activity at the SARS-CoV-2 RdRp receptor (7BV2). This study aims to determine the potential of neem plant limonoids as an antiviral for SARS-CoV-2. To determine the potential of limonoid compounds as SARS-CoV-2 antiviral, an in silico study was carried out including prediction of physicochemical properties, molecular docking, and prediction of toxicity. Prediction of physicochemical properties refers to Lipinski's Rule of Five on the SwissADME website. Toxicity prediction using ProTox Online Tool and pkCSM Online Tool. Molecular docking is done using Autodock Vina. The results showed that azadirone, azadiradione, epoxyazadiradoine, gedunin and deacetylgedunin compounds fulfill Lipinski's Rule of Five while azadirachtin did not. The results of molecular docking showed that the limonoid compounds had better affinity than the native ligand and remdesivir as a comparison. In the interaction of amino acid residues, it was shown that the neem limonoid compounds had similar interactions with the native ligand and the comparison compound located on the receptor active site. Based on this, neem limonoid compounds can be predicted to inhibited RdRp SARS-CoV-2 (7BV2).

مستخلص البحث

المركبات المرشحة التي يشتبه في أن لها إمكانات كمركبات مضادة للفيروسات لسارس-كوفيد-٢ هي مركبات ليمونويد في النيم بما في ذلك أزاديراشتين ، أزاديرون ، أزاديراديون ، إيبوكسيازاديرادوين ، جدونين و ديسيتيل جوينين التي تلعب دورًا في تثبيط تكاثر الفيروس. أحد مستقبلات لسارس-كوفيد-٢ التي تلعب دورًا في عملية التكاثر الفيروسي هو مستقبل مستقبلة بوليميراز الرنا المعتمدة على الرنا )ردرب(. في هذه الدراسة ، تم اختبار مركبات الليمونويد لنشاطها في تثبيط مستقبلات لسارس-كوفيد-٢ ردرب (٧بف٢). تهدف هذه الدراسة إلى تحديد إمكانات ليمونويد نبات النيم كمضاد للفيروسات لـ لسارس-كوفيد-٢. لتحديد إمكانات مركبات الليمون كمضاد للفيروسات لسارس-كوفيد-٢ ، أجريت دراسة في السيليكو بما في ذلك التنبؤ بالخصائص الفيزيائية والكيميائية والالتحام الجزيئي والتنبؤ بالسمية. يشير توقع الخصائص الفيزيائية والكيميائية إلى قوانين ليبينسكي الخمسة على موقع سويسري ادم الإلكتروني. التنبؤ بالسمية باستخدام أداة برتوكس, وأداة بيكاسم. يتم الالتحام الجزيئي باستخدام أوتودوك فينا.أظهرت النتائج أن مركبات أزاديرون ، أزاديراديوني ، إيبوكسي أزاديرادوين ، جدونين و ديسيتيل غيدونين تمتثل لقوانين ليبينسكي الخمسة بينما أزاديراشتين لم تمتثل. أظهرت نتائج الالتحام الجزيئي أن مركبات الليمون لها تقارب أفضل من الليجند الأصلي وريمديسفير كمركب مقارنة. في تفاعل بقايا الأحماض الأمينية ، تبين أن مركب النيم ليمونويد له نفس التفاعل مع الترابط الأصلي ومركب المقارنة الموجود في الموقع النشط للمستقبل. بناءً على ذلك ، من المتوقع أن يكون لمركبات الليمونويد النيم القدرة على تثبيط لسارس-كوفيد-٢ ردرب (٧بف٢).