Desain primer gen α -Amilase secara Insilico pada Penicillium sp. dari batubara

INDONESIA:

Enzim α-amilase adalah enzim yang dapat mendegradasi ikatan α-1,4-glikosidik pada pati. Isolasi gen α-amilase dapat dimulai dengan melakukan perancangan primer secara "insilico". Penelitian ini bertujuan mendesain primer yang sesuai untuk gen α-amilase pada jamur "Penicillum" sp. Proses perancangan dilakukan menggunakan "software" "primer designing tool" dari NCBI. Diperoleh 10 kandidat primer yang dihasilkan, dan dipilih 3 pasang primer, yaitu primer 1 terdiri dari "forward" 5‟ CTGCACCGGAGTTTGAGAGT 3’ "reverse" 3‟ TCCGTCTTGACTCCGCTCTA 5’, pasang primer 3 tediri dari "forward" 5‟ CGACGTCAGTCCCAGTTTGA 3’ "reverse" 3’ ATGAATGGCGCTCACGATCT 5’,dan pasang primer kombinasi antara primer 6 ("forward") dan 8 ("reverse") tediri dari "forward" 5‟ CTGTTAGGCACTGGCTCTCC 3’ "reverse" 3’ GCTTATCACGGCTACTGGCA 5’.Hasil desain primer yang dilakukan, primer yang didapat memenuhi syarat primer yang baik untuk digunakan, yaitu memiliki panjang 20, nilai %GC masih pada rentang 40-60%, dan nilai Tm pada rentang 55-80°C

ENGLISH:

The α-amylase enzyme is an enzyme that can degrade α-1,4-glycosidic bonds in starch. Isolation of the α-amylase gene can be started by conducting "insilico" primary design. This study aims to design a suitable primer for the α-amylase gene in the fungus "Penicillum" sp. The planning process is carried out using the primary software designing tool from NCBI. 10 primary candidates were obtained, and 3 primary pairs were selected, namely primary 1 consisting of forward 5 'CTGCACCGGAGTTTGAGAGT 3' reverse 3 'TCCGTCTTGACTCCGCTCTA 5', primary pairs 3 consisting of forward 5 'CGACGTCAGTCCCAGTTTGA 3' reverse 3 'ATGAATGGCGCTCACGATCT 5', and pairs of combination primers are 6 (forward) and 8 (reverse) which consist of forward 5 'CTGTTAGGCACTGGCTCTCC 3' reverse 3 'GCTTATCACGGCTACTGGCA 5. The primary design results are carried out, the primer obtained meets the requirements of a good primer to use, which has a length of 20, % GC values are still in the range 40-60%, and Tm values are in the range 55-80 ° C.

ARABIC:

إنزيم α-amylase هو إنزيم يمكنه تحلل روابط α-1،4-glycosidic في النشا. يمكن بدء عزل جين α-amylase عن طريق إجراء التصميم الأولي للسيليكو. تهدف هذه الدراسة إلى تصميم أساس مناسب لجين α-amylase في الفطر Penicillum sp. يتم تنفيذ عملية التخطيط باستخدام أداة تصميم البرامج الأساسية من NCBI. تم الحصول على 10 مرشحين أوليين ، وتم اختيار 3 أزواج أولية ، وهي أول 1 يتكون من 5 'CTGCACCGGAGTTTGAGAGT 3' عكس 3 'TCCGTCTTGACTCCGCTCTA 5' ، أزواج أولية 3 تتكون من 5 'CGACGTCAGTCCCAGTTTGA 3' عكس 3 'ATGAATGGCGCTC و تتكون أزواج التوليفات الأولية من 6 (أمامي) و 8 (عكسي) من 5 'CTGTTAGGCACTGGCTCTCC 3' عكس 3 'GCTTATCACGGCTACTGGCA 5. يتم تنفيذ نتائج التصميم الأولية ، وتفي البادئات التي تم الحصول عليها بمتطلبات جهاز تمهيدي جيد للاستخدام ، والذي يبلغ طوله 20 ، لا تزال قيم GC في النطاق 40-60٪ ، وقيم Tm في النطاق 55-80 درجة مئوية.