Prediksi aktivitas Inhibitor Senyawa pada Bawang Dayak(Eleutherine palmifolia (L.) Merr) terhadap protein 3PP0 secara In Silico

مستخلص البحث

1.5 داي هيدروكسى -3- اليوثينون أ ، ايزو اليوثيرين ، اليوثيرين ، اليكانثين ميثيل انثراكوينون وهي مركبات موجودة في بصل ( داياك ) والتي يعتقد أنها تستخدم كأدوية مضادة للسرطان. أحد السرطانات التي تنتشر بشكل كبير هو سرطان الثدي ، أحد أسباب سرطان الثدي يمكن أن يكون بسبب الإفراط في التعبير عن مستقبل عامل النمو البشروي 2 (HER2). السرطان مع التعبير المفرط عن ( HER2 ) يسبب تكاثر غير طبيعي للخلايا. تهدف هذه الدراسة إلى التنبؤ بالخصائص الفيزيائية الكيميائية ، ويسمية 1.5 داي هيدروكسى -3- اليوثينون أ ، ايزو اليوثيرين ، اليوثيرين ، اليكانثين ميثيل انثراكوينون ، وتفاعلاتها مع مستقبلات سرطان الثدي بسبب التعبير المفرط لـ HER2. يتم التنبؤ بالخصائص الفيزيائية الكيميائية بناءً على قوانين لبينسكي الخمسة باستخدام SwissADME ، ثم الامتصاص والتوزيع والتمثيل الغذائي والإفراز باستخدام أداة pkCSM عبر الإنترنت. التنبؤ بالسمية المركبة باستخدام أداة pkCSM عبر الإنترنت وأداة بوتوكس عبر الإنترنت. ثم لمعرفة التفاعل المتوقع بين الليجند مع مستقبل HER2 باستخدام Molegro Virtual Docker (MVD) مع التحقق من صحة المعلمة بقيمة RMSD <2. بروتين المستقبل المستخدم هو HER2 مع كود PDB: 3PP0. أظهرت النتائج أن المركبات 1.5 داي هيدروكسى -3- اليوثينون أ ، ايزو اليوثيرين ، اليوثيرين ، اليكانثين ميثيل انثراكوينون تلبي قوانين الدهون الخمسة ، ولديها LD50 آمن إلى حد ما. المركبات الخمسة لها نشاط عدائي كما يتضح من التفاعلات مع مستقبلات 3PP0 ، من المركبات الخمسة ، فإن ( اليوثينون أ)لديه أقل نقاط ترتيب 92،9608-

ABSTRACT

Elecanacin , Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone is naphtoquinones group found in dayak onions which are believed to be used as anticancer drugs. One cancer that has a high prevalence is breast cancer, one of the caused of breast cancer can be due to excessive expression of Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2). Cancer with excessive expression of HER2 will cause abnormal cell proliferation. This study aims to predict the physicochemical properties, toxicity of Elecanacin, Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone compounds, and their interactions with breast cancer receptors due to excessive expression of HER2. Physicochemical properties are predicted based on the five Lipinski laws using SwissADME, then absorption, distribution, metabolism, and excretion using the online pkCSM tool. Prediction of compound toxicity using the pkCSM online tool and the Protox online tool. Then to find out the predicted interaction between the ligand with HER2 receptor using Molegro Virtual Docker (MVD) with parameter validation with RMSD value < 2. The receptor protein used is HER2 with PDB code: 3PP0. The results show that the compounds Elecanacin, Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone complied with Lipinski laws, and have a fairly safe LD50 with fourth class. The five compounds have antagonistic activity as seen from interactions with the 3PP0 receptor, of the five compounds, Eleuthinon A has the lowest Rerank Score. -92.9608 Kcal/mol.

ABSTRAK

Elecanacin, Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone merupakan senyawa golongan naphtoquinones yang terdapat didalam tanaman bawang dayak yang dipercaya dapat digunakan sebagai obat antikanker. Salah satu kanker yang memiliki prevalensi tinggi adalah kanker payudara, salah satu penyebab kanker payudara dapat dikarenakan ekspresi yang berlebihan dari Human Epidermal Growth Factor Receptor 2 (HER2). Kanker dengan ekspresi yang berlebihan HER2 akan menyebabkan proliferasi sel secara tidak normal. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi sifat fisikokimia, toksisitas senyawa Elecanacin, Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone, dan interaksinya terhadap reseptor kanker payudara karena ekspresi yang berlebihan dari HER2. Sifat fisikokimia diprediksi dengan didasarkan pada hukum lima Lipinski menggunakan SwissADME, kemudian absorbsi, distribusi, metabolisme, dan eksresi menggunakan pkCSM online tool. Prediksi toksisitas senyawa menggunakan pkCSM online tool dan Protox online tool. Kemudian untuk mengetahui prediksi interaksi antara ligan dengan reseptor HER2 menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD) dengan validasi parameter dengan nilai RMSD < 2. Protein reseptor yang digunakan adalah HER2 dengan kode PDB: 3PP0. Hasil menunjukkan bahwa senyawa Elecanacin, Eleutherin, Isoeleutherin, Eleuthinone A, 1,5-Dihydroxy-3-Methylanthraquinone memenuhi hukum lima Lipinski, dan memiliki LD50 yang cukup aman dengan berada dikelas 5 menurut Globally Harmonized System (GHS). Kelima senyawa memiliki aktivitas sebagai antagonis yang dilihat dari interaksi dengan reseptor 3PP0, dari kelima senyawa, Eleuthinon A memiliki Rerank Score yang paling rendah. -92,9608 Kkal/mol.