Studi in Silico senyawa Heliannuols A, B, C, D dan E pada tanaman bunga matahari (Helianthus annuus L.) terhadap reseptor Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 (VEGFR-2) (3WZE)

مستخلص البحث

هيليانولز (Heliannuols) هو مستحضر من ترتيب سيسكويترفان لكتون و يعتقد أن له نشاط مضاد للسرطان في سرطان الدماغ. وتردد ازدياد حجرة السرطان باتصال إسراف التعبير مستقبلات عامل النمو البطاني الوعائي -2 ( VEGFR-2) كمسار أمامي لوعائي المنشاء الذي هو عامل رئيسي في تولد الأوعية و التقدم.

ويهدف هذا البحث لتكهن باغ تولد الأوعية والسمية و الخصائص الفيزيائية الكيميائية من مستحضر هيليانولس (heliannuols) .أحال نبوءة صفة الفزيائية الكميائية إلى قوانين اخمس لليبينسكي(Lipinski) و نتائج تنبوء الاستغراق(absorbsi) ، والتوزيع (distribusi)، والاستقلاب (metabolisme)، و الإفراز(ekskresi) باستخدام أدوات بكجسم على الانترنت (pkCSM online tool) .واستخدم نبوءة السمية بأدوات بروتوك اا على الانترنت (.(Protox II online tool واستخدم تنبوء تفاعل لجين بحاسة موليجرو فيرتوال دوكير (MVD) بتصديق الحاسة وجزيئي البتر. بروتين متقبل السرطان المستخدم هوVEGFR-2 (PDB: 3WZE) .

أظهرت النتائج أن المستحضر heliannuol الخمسة تلبي قوانين Lipinski الخمسة. أعلنت التقارير أن المركبات الخمسة التي لها نشاط ضد مستقبلات 3WZE صالحة ولها قيمة RMSD أقل من 2. يمتلك مستحضر heliannuol E نشاطًا أفضل من مستحضر heliannuol الأربعة الأخرى لأنه يحتوي على أقل قيمة Rerank Score يعني -75.516 . يظهر نشاط heliannuol E من خلال الروابط الهيدروجينية في الأحماض الأمينية النشطة. 3WZE)في Glu885td و .( Asp1046 يحتوي مستحضر heliannuol D على أعلى LD50 يعني 2148 مجم / كجم وينتمي إلى الفئة 5

ABSTRACT

Heliannuols is Sesquiterpenes lactone compounds considered to have anticancer activity on brain cancer. Cancer cell growth is related with overexpression of Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 (VEGFR-2) as a pro-angiogenic pathway which becomes a main factor of angiogenesis and progression.

This research was aimed to predict anti-angiogenic, toxicity, and physicochemical properties of heliannuolsi. Prediction of physicochemical properties referred to Lipinski’s rule of five and seen absorption, distribution, metabolism, and excretion using pkCSM online tool. Toxicity prediction of compounds using Protox II online tool. Prediction interaction of ligand with receptors using Molegro Virtual Docker (MVD) by conducting validation receptor and molecular docking. Protein of cancer receptor used was VEGFR-2 (PDB:3WZE).

The research result showed that five heliannuol compounds fulfilled Lipinski’s rule of five. Those five compounds had activity on 3WZE receptor and it was validated and had value of RMSD < 2. Heliannuol E had preferable activity than other four heliannuol compounds because it had lowest Rerank Score i.e.-75.5164. Heliannuol E activity was also shown by hydrogen bond on active amino acid (3WZE on Glu885 and Asp1046). Heliannuol D had highest LD50, 2148 mg/kg and belong to class 5.

ABSTRAK

Heliannuols merupakan senyawa golongan Seskuiterpen lakton yang diduga memiliki aktivitas antikanker pada kanker otak. Pertumbuhan sel kanker sering dikaitkan dengan overekspresi Vascular Endothelial Growth Factor Receptor-2 (VEGFR-2) sebagai jalur proangiogenik yang merupakan faktor kunci angiogenesis dan progesi.

Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi antiangiogenesis, toksisitas, dan sifat-sifat fisikokimia dari senyawa heliannuols. Prediksi sifat fisikokimia mengacu pada hukum lima Lipinski serta hasil prediksi absorbsi, distribusi, metabolisme, dan ekskresi dengan menggunakan pkCSM online tool. Prediksi toksisitas menggunakan Protox II inline tool. Prediksi interaksi ligan dengan reseptor menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD) dengan melakukan validasi reseptor dan molekuler docking. Protein reseptor kanker yang digunakan yaitu VEGFR-2 (PDB: 3WZE).

Hasil menunjukkan bahwa kelima senyawa heliannuol memenuhi hukum lima Lipinski. Kelima senyawa tersebut memiliki aktivitas terhadap reseptor 3WZE dinyatakan valid dan memiliki nilai RMSD < 2. Senyawa heliannuol E memiliki aktivitas lebih baik dibanding keempat senyawa heliannuol lainnya karena memiliki nilai Rerank Score yang paling rendah yaitu -75.5164. Aktivitas heliannuol E juga ditunjukkan oleh ikatan hidrogen pada asam amino yang aktif (3WZE pada Glu885 dan Asp1046). Senyawa heliannuol D mempunyai LD50 paling tinggi yaitu 2148 mg/kg dan tergolong dalam kelas 5.