Optimasi jenis dan konsentrasi kation divalen pada proses amplifikasi sikuen 16s rDNA bakteri Bacillus cereus

INDONESIA:

Kation divalen merupakan kofaktor logam yang dibutuhkan enzim DNA polimerase dalam melakukan aktivitas replikasi DNA. Jenis dan konsentrasi kation divalen dapat mempengaruhi pita elektroforesis produk PCR, panjang sikuen serta kedekatan spesies yang teridentifikasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui pengaruh variasi jenis dan konsentrasi kation divalen pada proses ampilifikasi sikuen gen 16S rDNA bakteri Bacillus cereus. Metode yang digunakan untuk isolasi DNA ialah CTAB 2%. Amplifikasi sikuen 16S rDNA menggunakan primer universal 27F dan 1492R dengan variasi jenis kation Mg2+ dan Ca 2+ serta konsentrasi total kation divalen 3; 3,5; 4 mM pada masing-masing variasi jenis kation. Isolat DNA yang diperoleh, memiliki rasio A260/A280 isolat sampel sebesar 2,09 dan konsentrasi 2453,2 ng/µL. Data hasil sikuensing dianalisis menggunakan BLAST-n dan pohon filogenetik. Berdasarkan hasil analisis sikuen, kontrol positif BcK (Mg2+ 2,5 mM) menghasilkan sikuen 1432 bp, sedangkan penambahan konsentrasi Mg2+ pada BcMg (Mg2+ 3,0 mM) menghasilkan sikuen yang lebih pendek yaitu 1316 bp. Penambahan Ca2+ menghasilkan sikuen BcCa1 (forward) 530 dan BcCa2 (reverse) 757 basa yang tidak saling komplementer. Konstruksi filogenetik menunjukkan BcK (Mg2+ 2,5 mM) sebagai B. cereus strain FORT 73 dan BcMg (Mg2+ 3 mM) sebagai B. cereus strain DQ-8.

ENGLISH:

Divalent cation is a metal cofactor that is needed for DNA polymerase enzymes in carrying out DNA replication activities. The type and concentration of divalent cations can affect the electrophoresis band of PCR products, the elbow length and the proximity of the species identified. The purpose of this study was to determine the effect of species variation and divalent cation concentration on the process of sequencing the Bacillus cereus 16S rDNA bacterial gene sequence. The method used for DNA isolation is 2% CTAB. The amplification of the 16S rDNA sequence uses a universal primer 27F and 1492R with a variety of Mg2+ and Ca2+ cations and a total divalent cation concentration 3; 3.5; 4 mM in each variation of cation type. Sequencing data were analyzed using BLAST-n and phylogenetic trees. Based on the results of sequence analysis, the positive control of BcK (Mg2+ 2.5 mM) produced a 1432 bp sequence, while the addition of Mg2+ concentration in BcMg (Mg2+ 3.0 mM) produced a shorter sequence of 1316 bp. The addition of Ca2+ results in sequences of BcCa1 (forward) 530 and BcCa2 (reverse) 757 bases which are not mutually complementary. Phylogenetic construction showed BcK (Mg2+ 2.5 mM) as B. cereus strain FORT 73 and BcMg (Mg2+ 3 mM) as B. cereus strain DQ-8.