#nopublish 9/7/2025# Identifikasi marka SSR (Simple Sequence Repeat) polimorfik pada aksesi F3 cabai (Capsicum annuum L.) untuk seleksi genotipe potensial tahan Pepper Yellow Leaf Curl Virus

INDONESIA:

Cabai merah (Capsicum annuum L.) merupakan salah satu komoditas hortikultura strategis dengan nilai ekonomi tinggi di Indonesia. Infeksi Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PepYLCV) yang ditularkan oleh kutu kebul (Bemisia tabaci) menjadi kendala dalam budidaya cabai, sehingga berdampak signifikan terhadap penurunan hasil. Varietas yang tahan terhadap PepYLCV menjadi salah satu upaya yang dapat dilakukan. Salah satu pendekatan yang dapat dilakukan adaalah dengan memanfaatkan marka mikrosatelit SSR (Simple Sequence Repeat) sebagai alat bantu seleksi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi marka SSR yang polimorfik dan informatif sebagai alat bantu seleksi aksesi F3 hasil persilangan antara aksesi IPBC12 dan varietas Yuni, serta menganalisis pola segregasi. Penelitian menggunakan pendekatan eksploratif dengan metode kuantitatif pada 10 aksesi F3 hasil seleksi dari 14 progeni F1. Analisis dilakukan dengan 13 marka SSR. Amplifikasi SSR dianalisis untuk pola pita, genotipe (D, R, SG), dan kualitas visual pita, kemudian diuji pola segregasinya dengan uji Chi-Square (χ²) berdasarkan rasio Mendel 1:2:1. Sebanyak 101 alel terdeteksi dari marka 13 SSR, 96 di antaranya polimorfik dengan mayoritas nilai PIC > 0,5. Marka EPMS335 menunjukkan PIC tertinggi (0,75). Beberapa marka potensial untuk mendukung seleksi ketahanan terhadap PepYLCV. Namun, beberapa marka menyimpang dari pola segregasi Mendel, menandakan adanya distorsi segregasi dan keragaman genetik pada aksesi F3. Temuan ini dapat mendukung seleksi aksesi tahan PepYLCV secara lebih efisien.

ENGLISH:

Red chili (Capsicum annuum L.) is one of the strategic horticultural commodities with high economic value in Indonesia. Pepper Yellow Leaf Curl Virus (PepYLCV) infection transmitted by whitefly (Bemisia tabaci) is an obstacle in chili cultivation, which has a significant impact on yield reduction. Varieties that are resistant to PepYLCV are one of the efforts that can be made. One approach is to utilize SSR (Simple Sequence Repeat) microsatellite markers as a selection tool. This study aimed to identify polymorphic and informative SSR markers as a selection tool for F3 strains resulting from a cross between accession IPBC12 and variety Yuni, and analyze segregation patterns. The study used an exploratory approach with quantitative methods on 10 F3 accessions selected from 14 F1 progeny. Analysis was conducted with 13 SSR markers. SSR amplification was analyzed for banding patterns, genotypes (D, R, SG), and visual quality of the bands, then tested for segregation patterns with Chi-Square (χ²) test based on Mendel's ratio of 1:2:1. A total of 101 alleles were detected from 13 SSR markers, 96 of which were polymorphic with the majority of PIC values > 0.5. The marker EPMS335 showed the highest PIC (0.75). Several markers have the potential to support selection for resistance to PepYLCV. However, some markers deviated from Mendelian segregation patterns, indicating segregation distortion and genetic diversity in F3 accessions. These findings may support more efficient selection of PepYLCV-resistant accessions.

ARABIC:

الفلفل الأحمر الحار (Capsicum annuum L.)هو أحد السلع البستانية الاستراتيجية ذات القيمة الاقتصادية العالية في إندونيسيا. وتشكل عدوى فيروس تجعد الأوراق الصفراء للفلفل (PepYLCV) التي تنتقل عن طريق الذبابة البيضاء (Bemisia tabaci) عقبة في زراعة الفلفل الحار، مما يؤثر بشكل كبير على انخفاض المحصول. وتعد الأصناف المقاومة لفيروس PepYLCV أحد الجهود التي يمكن بذلها. ويتمثل أحد الأساليب في استخدام علامات الأقمار الصناعية الدقيقة SSR (تكرار التسلسل البسيط) كأداة اختيار. هدفت هذه الدراسة إلى تحديد علامات SSR متعددة الأشكال وغنية بالمعلومات كأداة انتقاء لسلالات F3 من تهجين بين سلالة IPBC12 وصنف Yuni، وتحليل أنماط الفصل. استخدمت الدراسة نهجًا استكشافيًا بأساليب كمية على 10 سلالات F3 تم اختيارها من 14 سلالة F1. أُجري التحليل باستخدام 13 علامة SSR. تم تحليل تضخيم SSR لنمط النطاقات، والنمط الجيني (D، R، SG)، والجودة البصرية للنطاقات، ثم تم اختبار نمط الفصل باستخدام اختبار Chi-Square (χ²) على أساس نسبة مندل 1:2:1. وقد تم اكتشاف ما مجموعه 101 أليل من 13 علامة SSR، منها 96 أليلًا متعدد الأشكال مع وجود غالبية قيم .PIC > 0.5. وأظهر الواسم EPMS335 أعلى نسبة تركيز جيني مركب (0.75). تمتلك العديد من الواسمات القدرة على دعم الانتقاء لمقاومة PepYLCV. ومع ذلك، انحرفت بعض الواسمات عن أنماط الفصل المندلي مما يشير إلى تشويه الفصل والتنوع الوراثي في سلالات F3. قد تدعم هذه النتائج انتقاء أكثر كفاءة للوصلات المقاومة لفيروس PepYLCV.