Studi pengujian metode isolasi DNA dari spesimen herbarium Rafflesia

INDONESIA:

Rafflesia adalah tumbuhan unik yang sangat berbeda jika dibandingkan dengan tumbuhan tinggi pada umumnya. Hampir semua spesies dalam marga Rafflesia dikategorikan sebagai tumbuhan langka dengan status genting (endangered) (EN 3cd) sesuai dengan kriteria IUCN 1994 yang takson dan populasinya cenderung berkurang, baik dalam jumlah individu, populasi maupun keanekaragaman genetiknya. Konservasi Rafflesia terkendala karena tiga faktor utama yaitu biologi, reproduksi dan populasi. Beberapa usaha yang telah dilakukan dalam upaya konservasi Rafflesia. Salah satu upaya konservasi modern yang dapat ditempuh saat ini adalah dengan teknologi penyimpanan deoxyribonucleic acid atau DNA. Penyimpanan DNA diharapkan dapat mempertahankan kekayaan hayati yang terkandung di dalam suatu tumbuhan selama ratusan tahun. Mengumpulkan material segar Rafflesia adalah sulit, dan tidak selalu mungkin untuk mengumpulkan spesimen Salah satu alternatif yang dapat dilakukan adalah isolasi DNA dari spesimen herbarium.

Penelitian ini mengunakan metode deskripsi kuantitatif yang bertujuan untuk memberikan informasi mengenai pengujian metode isolasi DNA dari spesimen herbarium Rafflesia. Tiga metode yang diujikan adalah Kit Promega, Kit Plant DNA Mini, CTAB (metode Doyle and Doyle, (1990) dan metode CTAB Cota-Sanchez, (2006). Beberapa spesimen herbarium berhasil dikoleksi adalah: Rafflesia patma (organ braktea) Kebun Raya Bogor-LIPI dan Rafflesia arnoldii (braktea, cakram dan perigon) koleksi Jurusan kehutanan Universitas Bengkulu.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa Metode CTAB Doyle and Doyle, (1990) menghasilkan isolat DNA dari spesimen BrRp, BrRa, CaRa, PeRa dengan konsentrasi berturut-turut: 21,2 ng/μL, 127,3 ng/μL, 274,9 ng/μL dan 65,0 ng/μL. Metode CTAB Cota-Shancez et. al., (2006) menghasilkan konsentrasi isolat DNA BrRp, BrRa, CaRa dan PeRa masing-masing: 4,4 ng/μL, 64,3 ng/μL, 22,5 ng/μL dan 29,1 ng/μL. Kedua metode menghasilkan isolat DNA yang mengandung kontaminan protein. Hasil isolat yang diperoleh dari belum cukup memperlihatkan pita yang jelas.

ENGLISH:

Rafflesia is an unique plant which very different to compare with higher plants. Nearly most of the species in the genus Rafflesia classified as rare plants with precarious status (endangered) (EN 3cd) according to the IUCN 1994 criteria in the number of individuals, populations and genetic diversity. Conservation Rafflesia constrained because of three main factors: biology, reproduction and population. Several attempts have been made in Rafflesia conservation efforts. One of the modern conservation efforts that can be applied is the storaging technology of deoxyribonucleic acid or DNA. DNA storaging is expected to maintain the biodiversity contained within a plant for hundreds of years. Collecting fresh material of Rafflesia is difficult, and not always possible to collect specimens. An alternative wich can be used is isolation of DNA from herbarium specimens.

This research uses quantitative description method that aims to provide information about the testing methods of DNA isolation from herbarium specimens of Rafflesia. Four methods were tested are Promega Kit, DNA Plant Mini Kit, CTAB (Doyle and Doyle method, (1990) and the CTAB method Cota- Sanchez, (2006). Herbarium specimens collected are: Rafflesia patma (organ braktea) from Bogor Botanical Gardens - LIPI and Rafflesia arnoldii (braktea, discs and perigon) from collection of Forestry Departement the University of Bengkulu.

The results showed that the CTAB method of Doyle and Doyle, (1990) produced isolates DNA from specimen BrRp, BrRa, CaRa, PeRa with concentrations: 21.2 ng/mL, 127.3 ng/mL, 274.9 ng/mL and 65.0 ng/mL. CTAB method Cota-Shancez et. al., (2006) resulted in the concentration of DNA isolates BrRp, BrRa, CaRa and PeRa, respectively: 4.4 ng/mL, 64.3 ng/mL, 22.5 ng/mL and 29.1 ng/mL. Both methods produce DNA isolates containing protein contaminants. Isolates obtained from the results have not been clear enough to show the band.