Identifikasi molekuler jamur isolat batu bara berdasarkan sekuen daerah Internal Transcribe Spacer (ITS)

INDONESIA:

Jamur merupakan mikroorganisme dengan keanekaragaman tinggi yang banyak ditemukan di air dan tanah, termasuk pada batu bara. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis jamur yang diisolasi dari batu bara berdasarkan sekuen daerah ITS. Isolasi jamur dengan metode CTAB/NaCl dan diamplifikasi dengan metode PCR (Polymerase Chain Reaction). Amplifikasi sekuen daerah ITS menggunakan pasangan primer ITS5-ITS4. Pengamatan terhadap morfologi isolat A BTBR menunjukkan kemiripan dengan genus Penicillium. Isolasi DNA isolat A BTBR mendapatkan kemurnian 2,01 dengan konsentrasi 275,89 ng/µL. Sekuen daerah ITS isolat A BTBR hasil amplifikasi berukuran 592 pb. Isolat A BTBR memiliki identity tertinggi sebesar 94% dengan beberapa genus Penicillium berdasarkan BLASTn. Kerabat terdekat isolat A BTBR berdasarkan analisis filogenetik adalah Penicillium sublateritium JB841245.1 dengan identity sebesar 94,66%.

ENGLISH:

Fungi is a high-diversity microorganism founded in water and soil, including in coal. This study is an attempt to determine the kinds of fungi from coal based on the sequence of the ITS region. Isolated fungi using CTAB / NaCl method and amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction) method. Amplification sequence of the ITS region used ITS5-ITS4 of primer. Observation on the morphology of BTBR's isolate showed similarities with the genus Penicillium. Isolation of DNA from isolate A of BTBR was obtained 2.01 of purity and 275.89 ng/μL of the concentration. The ITS region sequence isolates A of BTBR resulted in 592 bp of length. Isolate A of BTBR has the highest identity of 94% with several Penicillium genus based on BLASTn. The closest relatives from isolate A of BTBR based on phylogenetic analysis was Penicillium sublateritium JX841245.1 with 94.66% of identity.

مستخلص البحث

المشروم من الكائنات الحية الدقيقة بتنوعها العالية والموجودة في المياه والتربة، بما في ذلك الفحم. كان الهدف من هذا البحث هو تحديد أنواع المشروم المعزولة من الفحم بناءا على تسلسلات إقليمية في فاصل النسخ الداخلي. عزلات المشروم بطريقة CTAB/NaCl وتضخيمها بواسطة طريقة تفاعل البلمرة المتسلسل (Polymerase Chain Reaction). استخدم تضخيم تسلسلات إقليمية في فاصل النسخ الداخلي مركبة أساسية مزدوجة ITS5-ITS4. وأشارت الملاحظة على مورفولوجية العزلات أ من BTBR إلى أوجه التشابه مع جنس بنسيليوم. حصلت عزلات الحمض النووي من العزلات أ من BTBR على نقاء بقدر 2.1 بالتركيز 275.89 ng/µL . ثم تضخيم تتابع عزلات على تسلسلات إقليمية في فاصل النسخ الداخلي من العزلات أ من BTBR بمقدار 592 فب. العزلات أ من BTBR لها الهوية الجزيئية العليا بمقدار 94% مع العديد من جنس بنسيليوم بناءا على BLASTn. أﻗرب العائلة من اﻟﻌزﻻت أ من BTBR حسب نتائج اﻟﺗﺣﻟﯾل اﻟﺗطور اﻟﺟزيئي هي بنسيليوم فطرية (Penicillium sublateritium) JB841245.1 بمقدار التوصيف 94.66%.