Isolasi dan karakteristik bakteri endofit dari akar tanaman kentang (Solamun tuberosum L.) menggunakan primer penanda RAPD

INDONESIA:

Tanaman kentang merupakan tanaman yang mendapatkan prioritas utama dalam pengembangannya di Indonesia. Setiap tanaman memiliki sejumlah bakteri endofit yang tumbuh di dalam organ tanaman, seperti pada akar. Bakteri endofit memiliki sejumlah potensi yang dapat meningkatkan ketersediaan beberapa nutrisi tanaman dan juga meningkatkan hormon pertumbuhan. Bakteri endofit merupakan bagian dari kekayaan hayati yang harus digali potensi dan kemanfaatannya. Upaya menggali potensi yang terkandung dalam kekayaan hayati diantaranya dengan kegiatan karakterisasi. Karakterisasi dapat berupa karakterisasi morfologi atau dengan karakterisasi level molekuler dengan penanda DNA.

Teknik PCR dengan penanda RAPD (random amplified polymorphic DNA) telah dipergunakan secara luas dalam studi variasi genetik bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hasil isolasi bakteri endofit dari akar tanaman kentang (Solanum tuberosum L.) dan mengetahui profil DNA isolat bakteri endofit menggunakan Primer penanda RAPD. Penelitian dilaksanakan pada bulan Januari sampai dengan Juli 2012, di Laboratorium genetika dan mikrobiologi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang. Teknik analisis data menggunakan analisis PCR-RAPD.

Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa dari 3 jenis bakteri, 2 bakteri termasuk dalam Gram negatif dengan bentuk coccus dan tetracoccus, sedangkan 1 bakteri termasuk bakteri Gram positif dengan bentuk streptobasil. Hasil karakterisasi molekuler berdasarkan teknik PCR dengan penanda RAPD. Profil DNA isolat bakteri endofit berdasarkan primer penanda RAPD yaitu primer 27F/1492R dan primer 16S rDNA reverse/forward menunjukkan polimorfisme yang tinggi (>50% pita polimorfik). Dari kedua jenis primer tidak ada pita yang monomorfik, artinya kedua primer bisa menunjukkan bahwa ketiga isolat bakteri secara molekuler berbeda. Tingginya polimorfis pita pada penelitian ini juga menunjukkan tingginya keragaman genetik pada bakteri endofit yang diamati. Polimorfis genetik didefinisikan sebagai adanya individu-individu dengan sifat genetik yang berlainan tetapi hidup secara bersamaan dalam populasi.

ENGLISH:

Potato plants are plants that get priority in development in Indonesia. Each plant has a number of endophytic bacteria that grows in the plant organs, such as the root. Endophytic bacteria have a potential to increase the availability of some plant nutrients and also increases growth hormone. Endophytic bacteria are part of the biological richness that must be explored and potential usefulness. Efforts to explore the potential contained in the biological wealth of activities including the characterization. Characterization can be morphological characterization or molecular level characterization of DNA markers.

PCR with RAPD markers (random amplified polymorphic DNA) have been widely used in studies of genetic variation in bacteria. This study aims to determine the results of endophytic bacteria isolated from the roots of the potato plant (Solanum tuberosum L.) and determine the DNA profile of endophytic bacteria isolates using RAPD markers Primer. The study was conducted in January to July 2012, in genetics and microbiology laboratory of the State Islamic University Maulana Malik Ibrahim Malang. Engineering analysis using PCR-RAPD analysis.

The results of this study showed that of the three types of bacteria, two Gram- negative bacteria including in the shape of coccus and tetracoccus, while 1 gram positive bacteria including the shape of streptobasil. The results of molecular characterization by PCR with RAPD marker. DNA profiles of endophytic bacteria isolates by RAPD primer markers which is primer 27F/1492R and primer 16S rDNA reverse/forward showed polymorphism is high (>50% polymorphic bands). From these two primer types of tape that no monomorphic, meaning both primer could indicate that these three isolates are molecularly distinct. The high polymorphic bands in this study also showed a high genetic diversity of endophytic bacteria were observed. Genetic polymorphisms are defined as the presence of individuals with different genetic traits but lived together in the population.