#NOPUBLISH 26/7/202# Analisis epitop protein VP1 (viral protein 1) foot and mouth disease virus sebagai kandidat vaksin berbasis peptida

Abstrak:
Foot and Mouth Disease Virus (FMDV) merupakan virus RNA positif yangmenyerang hewan berkuku belah seperti sapi, babi, domba, kambing, rusa, dankerbau. Pada 2022, wabah FMDV menghambat produksi produk peternakan diIndonesia sehingga menyebabkan penurunan ekonomi. Vaksin berbasis peptidaperlu dikembangkan untuk mencegah terjadinya penyebaran FMDV yang lebihluas. Metode yang digunakan dalam penelitian ini dimulai dengan pengambilansampel di webserver NCBI, analisis wilayah konservatif menggunakan softwareMega XI, prediksi epitop sel B menggunakan webserver IEDB dengan metodebepiperd 2.0, epitop sel B yang telah didapat dilakukan uji antigenisitas (Vaxijen),alergenisitas (AllerTOP), dan toksisitas (ToxinPred). Pemodelan epitopmenggunakan webserver SWISS-Model dan divalidasi menggunakanRamachandran Plot. Sifat fisikokimia diuji menggunakan webserver ExpasyProtParam dan uji kelarutan menggunakan webserver Innovagen. Uji interaksiepitop VP1 FMDV sebagai ligan dengan reseptor sel B pada sapi menggunakanwebserver ClusPro 2.0. Hasil penelitian menunjukkan prediksi epitop protein VP1FMDV didapatkan tiga epitop dengan sekuens YGGETQVQRRQHTDV padaurutan asam amino ke 18-32, FVKVTPKDQINVLDLMQTP pada urutan asamamino ke 39-57, dan LYRMKRAETYCPRPLL pada urutan asam amino ke 177-192. Epitop yang memiliki nilai ikatan terbaik meliputi Peptida 2 dengan sekuensFVKVTPKDQINVLDLMQTP memiliki nilai pengikatan terendah pada CR2dengan skor -915.6 serta pada CD79 dengan skor -958.5. Peptida 3 dengan sekuensLYRMKRAETYCPRPLL memiliki skor pengikatan terendah dengan CD19 yaitu -947.7.

Abstrak:

Foot and Mouth Disease Virus (FMDV) is a positive RNA virus that attacks cloven�hoofed animals such as cattle, pigs, sheep, goats, deer and buffalo. In 2022, FMDVoutbreaks hampered the production of livestock products in Indonesia, causingeconomic decline. A peptide-based vaccine needs to be developed to prevent awider spread of FMDV. The method used in this study begins with sampling on theNCBI webserver, conservative region analysis using Mega XI software, predictionof B cell epitops using the IEDB webserver with the bepiperd 2.0 method, B cellepitops that have been obtained are tested for antigenicity (Vaxijen), allergenicity(AllerTOP), and toxicity (ToxinPred). Epitop modelling was performed usingSWISS-Model webserver and validated using Ramachandran Plot.Physicochemical properties were tested using Expasy ProtParam webserver andsolubility tests using Innovagen webserver. FMDV VP1 epitop interaction test asligand with B cell receptor in cattle using ClusPro 2.0 webserver. The resultsshowed that the prediction of FMDV VP1 protein epitops obtained three epitopswith the sequence YGGETQVQRRQHTDV at amino acid sequence 18-32,FVKVTPKDQINVLDLMQTP at amino acid sequence 39-57, andLYRMKRAETYCPRPLL at amino acid sequence 177-192. Epitops that have thebest binding values include Peptide 2 with the sequenceFVKVTPKDQINVLDLMQTP has the lowest binding value to CR2 with a score of-915.6 and to CD79 with a score of -958.5. Peptide 3 with the sequenceLYRMKRAETYCPRPLL has the lowest binding score with CD19 which is -947.7.

Arab:
:هو فريوس محض نووي ريبوزي إجيايب يهاجم احليواانت ذات احلوافر املشقوقة (FMDV (فريوس احلمى القالعيةمثل املاشية واخلنازير واألغنام واملاعز والغزالن واجلاموس. ف عام ،2022 أعاق تفشي فريوس احلمى القالعيةإنتاج املنتجات احليوانية ف إندونيسيا، مما تسبب ف تدهور اقتصادي. جيب تطوير لقاح قائم على الببتيد ملنعانتشار فريوس احلمى القالعية على نطاق أوسع . تبدأ الطريقة املستخدمة ف هذه الدراسة أبخذ عينات علىوالتنبؤ بنظائر اخلالي البائية ،XI Mega وحتليل املنطقة احملافظة ابستخدام برانمج ،NCBI خادم الويبويتم اختبار حوات اخلالي البائية اليت ت 2.0، bepiperd ابستخدام طريقة IEDB ابستخدام خادم الويبت .(ToxinPred (والسمية ،(AllerTOP (واحلساسية ،(Vaxijen (احلصول عليها من حيث املستضدوت التحقق من صحتها ابستخدام خمطط Model-SWISS إجراء منذجة النظائر ابستخدام خادم الويبواختبارات ProtParam Expasy راماشاندران. ت اختبار اخلواص الفيزيئية الكيميائية ابستخدام خادم الويبكرابط 1VP ت اختبار تفاعل حاقنة فريوس احلمى القالعية .Innovagen الذوابن ابستخدام خادم الويبأظهرت النتائج أن التنبؤ بنظائر 2.0. ClusPro مع مستقبالت اخلالي البائية ف املاشية ابستخدام خادم الويبف YGGETQVQVQRRRQHTDV حصل على ثالثة حوات ابلتسلسل 1VP FMDV بروتيف تسلسل األمحاض األمينية FVKVKTPKDQINVLDLMQTP ،تسلسل األمحاض األمينية 32-18ف تسلسل األمحاض األمينية .192-177 تتضمن النطاقات LYRMKRAETYCPRPLL و 39-57،أقل قيمة ارتباط FVKVKVTPKDQINVLDLLMQTP اليت هلا أفضل قيم ارتباط الببتيد 2 ابلتسلسلبدرجة .958.5- أما الببتيد 3 ذو التسلسل 79CDبدرجة 915.6- و 2CR بـ.وهي 947.7- 19CD فله أدىن درجة ارتباط مع LYRMKRAETYCPRPLL