Isolasi DNA Chlorella Sp. dengan metode CTAB dan identifikasi sikuen 18S rDNA

INDONESIA:

Chlorella sp. merupakan salah satu jenis mikroalga hijau yang banyak ditemukan dalam air laut dan air tawar. Spesies Chlorella sp. terdiri dari beberapa macam diantaranya, Chlorella vulgaris, Chlorella sorokiniana, Chlorella kessleri dan Chlorella zofingiensis. Perbedaan antar spesies Chlorella sp. sulit dibedakan karena memiliki bentuk morfologi yang mirip. Metode identifikasi spesies Chlorella sp. dapat melalui pendekatan genotip yang didasarkan pada sikuen 18S rDNA. Keberhasilan metode genotip bergantung pada kualitas DNA, sehingga variasi konsentrasi CTAB yang tepat dibutuhkan untuk mengekstrak DNA dengan baik. Pita DNA pada larutan CTAB 1% memiliki kemurnian dan konsentrasi yang cukup tinggi masing-masing 2,02 dan 143,57 ng/µL. Amplifikasi sikuen 18S rDNA menggunakan instrumentasi PCR (Polyerase Chain Reaction). DNA Chlorella sp. berhasil teramplifikasi oleh primer F dan R. Kedua primer menghasilkan dua jenis sikuen masing-masing CS15 dengan panjang 715 bp dan CS11 dengan panjang 873 bp. Kedua sikuen memiliki kemiripan sebesar 99–100% dengan Parachlorella kessleri.

ENGLISH:

Chlorella sp. is one of green microalgae which observed in various aquatic water, including fresh and marine water. The type of Chlorella sp. such as Chlorella vulgaris, Chlorella sorokiniana, Chlorella kessleri and Chlorella zofingiensis have similarity morphology each other. The molecular method based on 18S rDNA more effective to distinguish species of Chlorella sp. The successfully molecular method depend on quality of DNA, so variation concentration of CTAB were needed to get good DNA. Isolation DNA of Chlorella sp. using CTAB 1% have high purity is 2,02 and concentration is 143.57 ng/µL. Amplification 18S rDNA with primer 18S F and R. The primer 18S F and R produce sequence each other so, there are two sequence. Sequence CS15 with length 715 from primer F and 873 bp from R. The both of primer have similarity 99–100% with Parachlorella kessleri.