Analisis epitop protein GB (GLIKOPROTEIN B) virus herpes simpleks 1 (HSV-1) pada reseptor sel B sebagai kandidat vaksin berbasis peptida

Indo:

Herpes merupakan penyakit yang ditandai dengan munculnya lepuhan di kulit dan terasa gatal yang disebabkan oleh virus herpes simpleks. Kasus herpes terbaru yang menginfeksi manusia dilaporkan pada tanggal 6 Desember 2021 terjadi di negara Australia, Selandia Baru, dan berbagai negara di kepulauan pasifik. World Health Organization (WHO) melaporkan terdapat 80% kasus infeksi virus herpes simpleks yang tersebar di 6 benua. Virus herpes simpleks diklasifikasikan menjadi dua subtipe, salah satunya yaitu virus herpes simpleks 1 (HSV-1). Virus herpes simpleks 1 (HSV-1) memiliki struktur enveloped dengan inti berupa DNA dan memiliki banyak protein membran yang berperan dalam infeksi virus terhadap sel inang disebut dengan glikoprotein. Salah satu glikoprotein yang menjadi perantara infeksi virus terhadap sel inang yakni glikoprotein B. Epitop glikoprotein B dapat berikatan dengan antibodi yang dihasilkan oleh epitop sel B. Epitop sel B telah banyak dikaji sebagai sasaran untuk merancang vaksin basis peptida. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menemukan sekuen epitop protein gB yang potensial sebagai kandidat vaksin berbasis peptida. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode in silico, diawali dari persiapan sampel berupa sekuen peptida dari glikoprotein B, kemudian dilakukan pemetaan epitop sel B, kemudian beberapa kandidat epitop diuji berdasarkan beberapa parameter seperti uji antigenitas, uji alergenitas, uji hidrofobisitas, uji toksisitas, simulasi docking, dan analisis interaksi molekuler. Hasil penelitian ini adalah epitop sel B potensial untuk kandidat vaksin peptida berdasarkan uji antigenitas (0.0057), alergenitas, hidrofobisitas (-0.800), dan energi ikatan hasil interaksi docking (-627.1) adalah epitop dengan sekuen YAYSHQLSRA. Interaksi molekuler antara epitop potensial dengan reseptor sel B (ID. 5IFH) adalah melalui asam amino tyrosine 1, alanin 10, dan serin 4.

Inggris:

Herpes is a disease characterized by the appearance of blisters on the skin and itching caused by the herpes simplex virus. The latest cases of herpes infecting humans were reported on December 6 2021 in Australia, New Zealand and various countries in the Pacific Islands. World Health Organization (WHO) reports that there are 80% of cases of herpes simplex virus infection spread across 6 continents. Herpes simplex viruses are classified into two subtypes, one of which is herpes simplex virus 1 (HSV-1). Herpes simplex virus 1 (HSV-1) has a structure enveloped with a core in the form of DNA and has many membrane proteins that play a role in viral infection of host cells, called glycoproteins. One of the glycoproteins that mediates viral infection of host cells is glycoprotein B. The glycoprotein B epitope can bind to antibodies produced by B cell epitopes. B cell epitopes have been widely studied as targets for designing peptide-based vaccines. The aim of this research is to find potential gB protein epitope sequences as peptide-based vaccine candidates. This research was conducted using the method in silico, starting with sample preparation in the form of a peptide sequence from glycoprotein B, then B cell epitope mapping is carried out, then several epitope candidates are tested based on several parameters such as antigenity test, allergenicity test, hydrophobicity test, toxicity test, simulation docking, and molecular interaction analysis. The results of this research are potential B cell epitopes for peptide vaccine candidates based on tests of antigenicity (0.0057), allergenicity, hydrophobicity (-0.800), and bond energy resulting from interactions docking (-627.1) is an epitope with the sequence YAYSHQLSRA. The molecular interaction between the potential epitope and the B cell receptor (ID. 5IFH) is through the amino acids tyrosine 1, alanine 10, and serine 4.

Arab:

الهربس هو مرض يتميز بظهور بثور على الجلد وحكة يسببها فيروس الهربس البسيط. تم الإبلاغ عن أحدث حالاتإصابة البشر بالهربس في 6 ديسمبر 2021 في أستراليا ونيوزيلندا ودول مختلفة في جزر المحيط الهادئ. منظمةالصحة العالمية تشير منظمة الصحة العالمية إلى أن 80 % من حالات الإصابة بفيروس الهربس البسيط منتشرة في 6قارات. تصنف فيروسات الهربس البسيط إلى نوعين فرعيين، أحدهما هو فيروس الهربس البسي ط 1 (HSV-1). فيروس الهربس البسيط 1 (HSV-1) له هيكل يلفها لها نواة على شكل DNA ولها العديد من البروتينات الغشائية التيتلعب دورًا في العدوى الفيروسية للخلايا المضيفة، والتي تسمى البروتينات السكرية. أحد البروتينات السكرية التيتتوسط العدوى الفيروسية للخلايا المضيفة هو البروتين السكري B. يمكن لحاتمة البروتين السكري B أن ترتبطبالأجسام المضادة التي تنتجها حواتم الخلايا البائية وقد تمت دراستها على نطاق واسع كأهداف لتصميم اللقاحات القائمةعلى الببتيد. الهدف من هذا البحث هو العثور على تسلسلات الحاتمة البروتينية gB المحتملة كمرشحين للقاحات القائمةعلى الببتيد. وقد تم إجراء هذا البحث باستخدام الطريقة في السيليكو بدءًا من إعداد العينة على شكل تسلسل الببتيد منالبروتين السكري B، ثم يتم إجراء رسم خرائط الحاتمة للخلي ة B، ثم يتم اختبار العديد من مرشحات الحاتمات بناءًعلى عدة معايير مثل اختبار المستضد، واختبار الحساسية، واختبار الكارهة للماء، واختبار السمية، والمحاكاة. لرسوالسف نوتحليل التفاعل الجزيئي. نتائج هذا البحث عبارة عن حلقات محتملة للخلايا البائية لمرشحي لقاح الببتيد بناءً علىاختبارات المستضد ) 0.0057 (، والحساسية، والكارهة للماء )- 0.800 (، وطاقة الرابطة الناتجة عن التفاعلات. لرسوالسفن (-627.1) عبارة عن ملحمة بالتسلسل YAYSHQLSRA. التفاعل الجزيئي بين الحاتمة المحتملة ومستقبلالخلية البائية (ID.5IFH) يتم من خلال الأحماض الأمينية تيروزين 1 ، ألانين 10 ، وسيرين 4.