Eksplorasi gen smtAB resisten logam berat timbal (Pb) pada Isolat Bakteri Lumpur Lapindo

ABSTRAK

Bakteri indigenous merupakan bakteri yang memiliki kemampuan mereduksi senyawa berbahaya seperti logam berat. Bakteri indigenous yang diisolasi dari Lumpur Lapindo diketahui memiliki kemampuan mereduksi timbal (Pb). Kemampuan ini dikarenakan adanya suatu gen resisten yang dimiliki oleh bakteri tersebut. Salah satu gen tersebut adalah gen smtAB yang berfungsi memproduksi protein pengikat logam berat yaitu metallothionein. Setiap bakteri memiliki gen resisten logam berat yang berbeda. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies bakteri yang memiliki gen smtAB pada isolat bakteri yang didapatkan dari Lumpur Lapindo.

Jenis penelitian yang dilakukan adalah deskriptif kualitatif. Pada penelitian ini ada beberapa tahap, yaitu isolasi DNA plasmid dengan metode alkaline lysis, amplifikasi gen smtAB, dan konfirmasi sekuen dengan Sekuensing hasil amplikon. Hasil amplifikasi PCR selanjutnya dilihat kesamaan (kemiripan) sekuen hasil Sekuensing dengan data gen smtAB dari GenBANK dan diolah menggunakan bioEdit.

Berdasarkan hasil amplifikasi DNA plasmid bakteri Bacillus subtilis yang diisolasi dari Lumpur Lapindo menunjukkan bahwa isolat bakteri tersebut memiliki gen smtAB. Sedangkan data hasil Sekuensing menunjukkan bahwa bakteri Bacillus subtilis memiliki kekerabatan paling dekat dengan bakteri Synechococcus sp. IU 625 metallothionein gen smtAB complete cds dengan nilai 0,5.

ABSTRACT

Indigenous bacteria are bacteria that have the ability to reduce harmful compounds such as heavy metals. Indigenous bacteria isolated from Lapindo mud are known to have lead capability. This ability is due to the presence of a resistant gene possessed by the bacteria. One of these genes is the smtAB gene that works to produce heavy metal-binding proteins, namely metallothionein. Each bacterium has a different heavy metal resistance gene. Therefore this study aims to determine the species of bacteria that have genes smtAB in bacterial isolates obtained from Lapindo Mud.

The type of research conducted is descriptive qualitative. In this study, there are several stages, plasmid DNA isolation by alkaline lysis method, smtAB gene amplification and sequence confirmation by amplicon sequencing results. PCR amplification results of subsequent visits similarity (similarity) sequence gene sequencing results with the data smtAB from GenBank and processed using Bioedit.

Based on the results of DNA plasmid amplification Bacillus subtilis isolated from Lumpur Lapindo showed that the bacterial isolates contained genes smtAB. While data sequencing results showed that Bacillus subtilis has similarity with Synechococcus sp. IU 625 metallothionein smtAB gene complete cds value 0,5.

ملخص البحث

البكتيريا الاصلية هي البكتيريا التي لها القدرة في تقليل المركبات الضارة مثل المعادن الثقيلة. و يعرف ان البكتيريا الاصلية المعزولة من طين لابيندو لها القدرة في تقليل الرصاص. تكون هذه القدرة بسبب وجود الجينات المقاومة المملوكة بالبكتيريا. وإحدى من هذه الجينات هي الجينات سمتاب [smtAB] المسؤول عن إنتاج البروتينات التي ترتبط المعادن الثقيلة وهي ميتالوطييونين [metallothionein].كل بكتيريا لها الجينات المقاومة من المعادن الثقيلة المختلفة. ولذلك، يهدف هذا البحث إلى معرفة أنواع البكتيريا التي لها الجينات سمتاب [smtAB] في عزلة البكتيريا المحصول من طين لابيندو.

نوع هذا البحث هو وصفيٌّ نوعيٌّ. استكشاف الجينات سمتاب [smtAB] علي كل من عزلة البكتيرية يرتكب على أدوار وهي تعزيل الحمض النووي البلازميد بواسطة طريقة التحلل القلوي [alkaline lysis] وتضخيم الجينات سمتاب [smtAB] وتأكيد تسلسل مع تسلسل نتائج التضخيم. و نتائج التضخيم من وثاق رجعي من فوليميراسي (PCR)أُبصِرت بالمتشابهات من نتائج تسلسل الجينات سمتاب [smtAB] من جنبنك [GenBANK] ومعالجتها باستخدام التحرير الحيوي. [bioEdit]

اسناداً الى حاصل تضعيف الحمض النووي البلازميدات من بكتيريا Bacillus subtilis المعزولة من طين لابيندو يدلّ أنّ لها الجينات سمتاب [smtAB]. أمّا نتائج التسلسل يدلّ أنّ بكتيريا Bacillus subtilis لها القرابة ببكتيرياSynechococcus sp. IU 625 ميتالوطييونين الجينات سمتاب [smtAB] complete cds بنتيجة ٥,٠.