Karakterisasi genetik udang jari (Metapenaeus elegans De Man, 1907) hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah berdasarkan haplotipe DNA mitokondria dengan menggunakan metode PCR-RFLP

INDONESIA:

Penurunan ekosistem yang terjadi di Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah telah mengakibatkan masalah terhadap penurunan kualitas genotip maupun fenotip pada hasil tangkapan Udang Jari (Metapenaeus elegans). Informasi mengenai karakter genetik udang diperlukan sebagai dasar seleksi individu agar didapatkan induk dan udang yang baik. Analisis DNA mitokondria dilaporkan dapat digunakan dalam penyampaian informasi karakter genetik yang tepat karena memiliki sifat keturunan maternal dan dapat menghasilkan komposit haplotipe. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi genetik dan pola haplotipe Udang Jari (Metapenaeus elegans) berdasarkan haplotipe DNA mitokondria dengan menggunakan metode PCR-RFLP.

Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 7 individu udang jari (Metapenaeus elegans) bagian kaki jalan dan ekor yang diambil dari hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. Sampel tersebut diekstraksi dengan metode modifikasi PCI, dan diamplifikasi dengan metode PCR. Parameter penelitian adalah kadar DNA total (µg/µl), ukuran DNA total (bp), ukuran mtDNA (bp) hasil PCR, ukuran dan tipe mtDNA (bp) hasil pemotongan dengan enzim restriksi Nla III.

Hasil penelitian menunjukan bahwa kemurnian DNA pada absorbansi DNA A260/280 berkisar antara 1,64-2,29 µg/µl. Karakter genetik DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans)yang didapatkan berukuran 992 bp. Hasil amplifikasi DNA mitokondria menggunakan PCR dengan primer COIL dan COIH menghasilkan pita tunggal mtDNA yang terletak pada 495 bp. Hasil pemotongan dengan enzim restriksi Nla III pada genom mtDNA Udang Jari (Metapenaeus elegans) menghasilkan haplotipe Tipe A (97 bp), Tipe B (198 bp dan 200 bp) dan Tipe C (97 bp, 198 bp dan 200 bp).

ENGLISH:

The decline occurred in the lagoon ecosystem Segara Tillers, Cilacap, Central Java, has resulted in the problem of the decline in the quality of genotype and phenotype in shrimp catches Finger (Metapenaeus elegans). Information on the genetic character of shrimp needed as a basis for the selection of individuals in order to obtain a good parent and shrimp. Analysis of mitochondrial DNA has been reported to be used in the delivery of the right information because the genetic code has a maternal and offspring traits can produce composite haplotypes. Therefore, this study aims to determine the genetic characterization and haplotype patterns Finger Shrimp (Metapenaeus elegans) based on mitochondrial DNA haplotypes using PCR-RFLP method.

This research is a descriptive study. The sample used in this study were 7 individual finger shrimp (Metapenaeus elegans) foot road and the tail section taken from the catch of the lagoon Segara Tillers, Cilacap, Central Java. The sample is extracted with a modified PCI method, and amplified by PCR. Parameter study is the total DNA concentration (µg/µL), size total DNA (bp), size mtDNA (bp) from product PCR , size and type mtDNA (bp) restriction enzyme cutting results by Nla III .

The results showed that the purity of the DNA in the DNA A260/280 absorbance ranged from 1.64 to 2.29 µg / µL . Genetic character of the total DNA Finger Shrimp (Metapenaeus elegans) were obtained measuring 992 bp. Results of mitochondrial DNA amplification using PCR with primers COIL and COIH mtDNA produces a single band located at 495 bp. Cutting results with Nla III restriction enzyme in mtDNA genome Finger Shrimp (Metapenaeus elegans) produce haplotype Type A (97 bp), Type B (198 bp and 200 bp) and Type C (97 bp, 198 bp and 200 bp).