#NOPUBLISH 18/7/2023# Studi in silico senyawa onoceranoid dan turunannya pada tanaman langsat (lansium domesticum corr.) terhadap human epidermal growth factor receptor 2 (3PP0)

ABSTRAK:

Kanker adalah suatu penyakit tidak menular yang dicirikan oleh pertumbuhan sel yang tidak diatur yang mengarah ke invasi jaringan di sekitarnya serta bermetastasis ke bagian lain dalam tubuh. Mutasi tirosin kinase pada gen HER2 menyebabkan efek kaskade dari peningkatan pensinyalan dan proliferasi sel, yang mengakibatkan keganasan. Penelitian sebelumnya melaporkan bahwa kulit buah langsat mengandung banyak glikosida, zat pereduksi, alkaloid, asam organik, flavonoid, dan polifenol. Ekstrak daun langsat mempunyai kandungan senyawa fenolik, saponin, triterpenoid, dan steroid . Menurut penelitian Zulfikar, dkk yang telah mengisolasi beberapa triterpenoid bioaktif dari Lansium domesticum Corr, di antaranya beberapa telah menunjukkan potensi antikanker, antibakteri, insektisida, antimalaria, antimutagenic, dan aktivitas antifeedant. Triterpenoid yang dimaksud adalah golongan onoceranoid dan turunannya. “Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi aktivitas senyawa onoceranoid dan turunannya terhadap reseptor HER2 (PDB ID:3PP0)” serta memprediksi sifat fisikokimia dan toksisitas pada senyawa. “Prediksi aktivitas senyawa dilakukan menggunakan aplikasi Molegro Virtual Docker. Seluruh reseptor yang digunakan dikatakan valid karena memiliki nilai RMSD < 2 Å.[[ Terdapat 5 senyawa golongan onoceranoid yang memiliki rerank score yang baik diantara 18 senyawa turunan yang lain. Namun hasil dari tiga (3) parameter dalam penelitian ini digabungkan maka yang memenuhi syarat senyawa yang memiliki potensi sebagai anti kanker yang telah memenuhi parameter docking, fisikokimia, dan toksisitas adalah senyawa Lansium acids IX dan Lansium acid I. Serta dua senyawa tersebut memiliki banyak kesamaan baik pada ikatan hidrogen, interaksi sterik, maupun interaksi elektrostatiknya, yang memungkinkan [senyawa tersebut memiliki aktivitas biologis yang sama namun memiliki afinitas yang lebih rendah dari senyawa pembanding dan native ligand yang memiliki rerank score lebih rendah.”

ABSTRACT:

Cancer is a non-communicable disease characterized by unregulated cell growth leading to the invasion of surrounding tissues and metastases to other body parts. Tyrosine kinase mutations in the HER2 gene lead to a cascade effect of increased cell signaling and proliferation, resulting in malignancy. Previous research reported that Langsat rind contains many glycosides, reducing agents, alkaloids, organic acids, flavonoids, and polyphenols. Langsat leaves extract contains compounds of phenolic, saponins, triterpenoids, and steroids. Langsat leaves extract contains phenolic compounds, saponins, triterpenoids, and steroids. According to research by Zulfikar, et al, who isolated several bioactive triterpenoids from Lansium domesticum Corr, some of which have shown potential for anticancer, antibacterial, insecticidal, antimalarial, antimutagenic, and antifeedant activities. The triterpenoids in question are the onoceranoid group and its derivatives. This study aims “to predict the activity of onoceranoid compounds and their derivatives against HER2 receptors (PDB ID:3PP0)” and these compounds' physicochemical properties and toxicity. “Prediction of compound activity was carried out using the Molegro Virtual Docker application. All receptors used are valid because they have a RMSD value of < 2Å.” Five onoceranoid group compounds rank well among 18 other derived compounds. However, if the results of the three (3) parameters in this study are combined, the compounds that meet the requirements for compounds with anticancer potential that meet the parameters of docking, physicochemistry, and toxicity are the compounds Lansium acids IX and Lansium acid I. The two compounds have much in common regarding hydrogen bonds, steric interactions, and electrostatic interactions. It allows these compounds to have the same biological activity but have a lower affinity than the comparator compound and native ligand, which have a lower rerank score.

مستخلص البحث:

السرطان هو مرض غير معدي يتميز بنمو الخلايا غير المنظمة التي تؤدي إلى غزو الأنسجة المحيطة وكذلك الانتقال إلى أجزاء أخرى من الجسم. تسبب طفرات التيروزين كيناز في جين HER2 تأثيرا متتاليا لزيادة الإشارات وتكاثر الخلايا، مما يؤدي إلى ورم خبيث. أفادت الدراسات السابقة أن قشرة فاكهة لانقسات تحتوي على عدة الجليكوسيدات، وعوامل الاختزال، والقلويات، والأحماض العضوية، والفلافونويد، والبوليفينول. تحتوي مستهرجة أوراق لانقسات على مركب فينولية وسابونين وترايتيربينويد وسترويد. وفقا لبحث ذو الفكر وآخرون الذين عزلوا العديد من ترايتيربينويد النشطة بيولوجيا من فاكهة لانقسات، من بينها أظهر البعض إمكانية وجود نشاط مضادة السرطان، ومضادة البكتيريا، ومبيد حشري، ومضادة الملاريا، ومضاد للطفرات، ومضاد للتغذية. ترايتيربينويد التي تقصد هنا هي مجموعة من Onoceranoid ومشتقاتها. يهدف هذا البحث إلى التنبؤ بنشاط مركب Onoceranoid ومشتقاتها على مستقبل HER2 (PDB ID: 3PP0) وكذلك التنبؤ بالخصائص الفيزيائية والكيميائية وسمية المركب. يتم التنبؤ بالنشاط المركب باستخدام تطبيق Molegro Virtual Docker. يقال أن جميع المستقبلات المستخدمة صالحة لأن لها قيمة RMSD تبلغ <2 Å. هناك خمسة مركبات من مجموعة Onoceranoid التي لديها درجة إعادة ترتيب جيدة بين ١٨ مركبات مشتقة أخرى. ومع ذلك، إذا تم الجمع بين نتائج المعلمات الثلاثة (٣) في هذا البحث، فإن المركب المؤهل الذي لديه القدرة على أن يكون مضادة السرطان والذي استوفى معلمات الالتحام والفيزيائية والكيميائية والسمية هي حمض اللانسيوم ٩ و حمض اللانسيوم ١. وللمركبين أوجه التشابه في الروابط الهيدروجينية، والتداخلات الستيرية، والتداخلات الكهروستاتيكية، وهو ما يسمح لهذين المركبين بأن يكون لهما النشاط الحيوي نفسه، ولكن لهما تقارب أقل من مركب المقارنة والروابط الأصلية التي لها درجة إعادة ترتيب أقل.