Pemetaan Epitop pada Receptor Binding Domain (RBD) spike Sars-Cov-2 sebagai kandidat vaksin Multivarian berbasis Peptida

INDONESIA :

SARS-CoV-2 telah menyebar ke hampir semua Negara di seluruh dunia, total kasus terkonfirmasi secara Global COVID-19 per-November 2022 adalah 634.863.641 dengan angka kematian 6.609.642 jiwa. Selama pandemi COVID-19, telah muncul beberapa varian yang menimbulkan beberapa gelombang pandemi COVID-19 di seluruh dunia. Mutasi pada protein Spike SARS-CoV-2 diketahui menjadi penyebabnya, terutama pada bagian Receptor Binding Domain (RBD) Spike SAR-CoV-2. Saat ini vaksin yang digunakan dapat mengurangi tingkat keparahan dan kematian, namun tidak mengurangi transmisi atau re-infeksi virus SARS-CoV-2 dari varian yang berbeda. Untuk itu, penelitian ini berfokus pada pemetaan epitop daerah conserved dari Receptor Binding Domain (RBD) Spike SARS-CoV-2 untuk mengenali semua varian SARS-CoV-2, sebagai kandidat vaksin berbasis peptida. Jenis penelitian ini adalah eksploratif eksperimental berbasis komputer. Penelitian ini dimulai dengan mensejajarkan sekuen SARS-CoV-2 multivarian dari seluruh dunia, kemudian ditentukan sekuen daerah conserved, lalu prediksi epitop terhadap sel B, selanjutnya analisis self peptida, antigenisitas, dan alergenisitas. molecular docking dilakukan dengan B-Cell Receptor (BCR) untuk mengetahui energi ikatannya. Kandidat epitop daerah conserved pada Receptor Binding Domain (RBD) Spike SARS-CoV-2 yang memenuhi syarat sebagai kandidat vaksin berbasis peptida adalah sekuen DomainA (ESIVRFPNITN) dari enam kandidat epitop yang terkonfirmasi daerah conserved, berdasarkan karakteristik peptida yang dimiliki, yaitu fleksibel, hidrofilik, antigenik, non-alergenik, dan memiliki binding afnity yang rendah terhadap reseptor sel-B.

ENGLISH :

SARS-CoV-2 has spread to almost all countries around the world, the total globally confirmed cases of COVID-19 as of November 2022 are 634,863,641 with a death rate of 6,609,642 people. During the COVID-19 pandemic, several variants have emerged that have caused several waves of the COVID-19 pandemic around the world. Mutations in the Spike protein SARS-CoV-2 are known to be the cause, especially in the Receptor Binding Domain (RBD) Spike SAR-CoV-2. Currently, the vaccine used can reduce the severity and death rate, but does not reduce the transmission or re-infection of the SARS-CoV-2 virus from different variants. For this reason, this study focuses on epitop mapping of the conserved region of the SARS-CoV-2 Spike Receptor Binding Domain (RBD) to recognize all variants of SARS-CoV-2, as peptida-based vaccine candidates. This type of research is computer-based experimental exploratory, namely immunoinformatics studies. This research began by aligning multivariate SARS-CoV-2 sequences from around the world, then determining the sequence of conserved areas, then predicting the epitope for B cells, then analyzing self-peptide, antigenicity, and allergenicity. After that, molecular docking was carried out with the B-Cell Receptor (BCR) to determine the bond energy. The conserved region epitope candidates in the Receptor Binding Domain (RBD) of the SARS-CoV-2 Spike that meet the requirements as peptide-based vaccine candidates are the Domaine A sequence (ESIVRFPNITN) from six epitopes candidates that have confirmed conserved regions, based on the characteristics of the peptides possess, that is, flexible, hydrophilic, antigenic, non-allergenic, and have less bind afnity to B-cell receptors.

ARABIC :

انتشر SARS-CoV-2 إلى جميع الدول تقريبًا في العالمي، وإجمالي للحالات المؤكدة على مستوى العالم ل COVID-19 اعتبارًا من نوفمبر 2022 هو 634،863،641 بمعدل الوفيات 6،609،642 شخصا. و في خلال جائحة COVID-19، ظهرت العديد من أنواعها التي تسببت في عدة موجات من جائحة COVID-19 في العالمي .ومن المعروف أن النوبة في بروتين Spike SARS-CoV-2 هي السبب. خصاة في Receptor Binding Domain (RBD) Spike SAR-CoV-2. حاليا أن اللقاح المستخدم الذي يقلل الشدة ومعدل الوفيات، لكنه لا يقلل من الإرسال أو إعادة العدوى فيروس SARS-CoV-2 من أنواعها مختلفة. وبالتالي، فيركز هذا البحث على رسم الخرائط للحاتمة في المنطقة Conserved من Receptor Binding Domain (RBD) Spike SARS-CoV-2 للتعرف على جميع أنواعها SARS-CoV-2، كمرشح اللقاح بالببتيد. وهذا النوع من البحث استكشافي تجريبي على أساس الكمبيوتر، هي الدراسة المعلوماتية المناعية. بدأت الدراسة بمحاذاة متواليات SARS-CoV-2 متعدد المنوعات في العالمي. ثم حدد المتواليات لمنطقة Conserved . ثم النبوءة الحاتمة للخلايا -B، ثم التحليل ل selfpeptida و antigenisitas و alergenisitas. و بعد ذلك، عمل على molecular docking ب B-Cell Receptor (BCR) لتعريف طاقة الرابطة فيها. والمرشحات الحاتمة في المنطقة Receptor Binding Domain (RBD) من- Receptor Binding المؤهل للقاح المرتكز على الببتيد هي Domain A (ESIVRFPNITN) من ستة المرشحين الحاتمة المؤكدة في المنطقة Conserved . و بناءً على خصائص الببتيد الذي يحتوي عليه، هي fleksible و hidrofilik و antigenic و non-alergenik، وتعلق بالمستقبل الخلايا-B تعليقا.