Analisis variasi genetik beberapa varietas mangga (Mangifera indica L.) berdarsarkan RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) dan penanda molekuler gen SPY (Phytoene Synthase)

INDONESIA :

Buah mangga merupakan buah musiman yang penting karena merupakan buah komersial yang digemari oleh masyarakat. Karakterisasi molekuler dalam pemuliaan tanaman perlu dilakukan untuk menyeleksi tanaman mangga berdasarkan warna kulit buah dan kandungan beta karotennya. Marka RAPD sering digunakan pada tahap awal penyeleksian tanaman karena relatif cepat dan murah. Namun, penggunaan RAPD berdasarkan kandungan beta karoten buah masih belum diteliti. Selain itu, penggunaan penanda RAPD masih perlu ditindaklanjuti dengan penanda molekuler spesifik. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik beberapa varietas mangga berdasarkan RAPD dan penanda molekuler gen PSY.

Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 4 varietas mangga yang masing-masing mewakili warna kulit buah yang berbeda, yaitu Garifta Merah, Gedong Gincu, Podang Kuning dan Arumanis. Primer RAPD yang digunakan adalah OPA 12, OPA 13 dan OPL 17. Amplifikasi gen PSY menggunakan 2 primer yang didesain dari
sekuen gen PSY mangga Jinhuang dari Cina. Tahap penelitian meliputi ekstraksi DNA, amplifikasi DNA, analisis variasi genetik dengan software Popgen 1.32 dan pembuatan dendogram dengan NTSys 2.01. Parameter data dalam penelitian ini adalah konsentrasi dan kemurnian DNA genom, jumlah dan panjang pita hasil amplifikasi DNA, persentase lokus polimorfik, jarak genetik dan dendogram hubungan kekerabatan.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa DNA genom hasil isolasi memiliki konsentrasi DNA antara 115,46 sampai 342, 23 ng/µl dan kemurniannya yaitu antara 1,5558 sampai 2,0702. Amplifikasi DNA dengan primer RAPD menghasilkan 23 pita dengan panjang antara 180 sampai 2500 bp, diantaranya 21 pita polimorfik dengan
persentase 91,3%. Nilai jarak genetik terdekat adalah 0,3629 yaitu antara Garifta Merah dengan Gedong Gincu dan Garifta Merah dengan Podang Kuning, sedangkan nilai jarak genetik terjauh adalah Garifta Merah dengan Arumanis yaitu 1,3437. Dendogram hubungan kekerabatan menunjukkan bahwa Garifta Merah berkerabat dekat dengan Gedong Gincu dengan koefisien kemiripan 0,73. Podang Kuning memiliki koefisien kemiripan 0,64 dengan kelompok Garifta Merah dan Gedong Gincu. Sedangkan Arumanis memiliki koefisien kemiripan 0,36 dengan varietas lainnya. Sedangkan, hasil amplifikasi gen PSY hanya menghasilkan pita pada sampel Garifta Merah saja dengan ukuran 400 bp.

INGGRIS:

Mango fruit is an important seasonal fruit as a commercial fruit favored by the people. Molecular characterization in plant breeding is necessary to select plants based on skin color mango fruit and content of beta carotene. RAPD markers are often used in the early stages of selecting the plant because it is relatively fast and inexpensive. However, the use of RAPD based on beta carroten contain of the fruit skin has not been studied. In addition, the use of RAPD still need to be folloed up with spesific molecular markers. Therefore, this study aims to determine the genetic variation of several varieties of mango based on RAPD and molecular markers PSY gene.

The sample used in this study are 4 varieties of mangoes, each representing a different fruit skin color, Garifta Merah, Gedong Gincu, Podang Kuning and Arumanis. RAPD primers used were OPA 12, OPA 13 and OPL 17. PSY gene amplification using two primers designed from mango Jinhuang’s PSY gene sequences from China. Methode of research include DNA extraction, amplification of DNA, the genetic variation analysis with software Popgen 1.32 and manufacture dendogram with NTSYS 2.01. Parameter data in this study is the concentration and purity of genomic DNA, the number and length of band results of DNA amplification, the percentage of polymorphic loci, genetic distance and dendogram.

The results showed that the genomic DNA isolated DNA concentrations between 115.46 to 342, 23 ng / ml and purity of between 1.5558 to 2.0702. DNA amplification by RAPD produced 23 band with length between 180 to 2500 bp, including 21 polymorphic band with percentage 91.3%. The closest genetic distance value is 0.3629 which is between Garifta Merah with Gedong Gincu and Garifta Merah with Podang Kuning, while the value of genetic distance is the farthest Garifta Merah with Arumanis is 1.3437. Dendogram indicate that the Garifta Merah closely related to Gedong Gincu with a similarity coefficient of 0.73. Yellow Kuning has similarity coefficient of 0.64 with Garifta Merah group and Gedong Gincu. While Arumanis has similarity coefficient of 0.36 with the other varieties. Meanwhile, the result of PSY gene amplification produces only one band on Garifta Merah with a size of 400 bp only.