Fariddayan, Muhammad Idfy Bagus (2022) (NO PUBLISH) PREDIKSI AKTIVITAS ANTIALERGI SENYAWA EKSTRAK ETANOL 96% HERBA SERAI (Cymbopogon citratus) TERHADAP RESEPTOR HISTAMIN-1 (2AOT) SECARA IN SILICO. Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.
Text (Fulltext)
18930021 Naskah Skripsi M. Idfy Bagus Fariddayan.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 4 July 2024. Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial No Derivatives. Download (2MB) | Request a copy |
Abstract
Alergi merupakan respon sistem kekebalan tubuh yang berlebihan terhadap suatu alergen. Salah satu obat yang digunakan dalam terapi alergi yaitu golongan antihistamin. Penggunaan antihistamin jangka panjang memiliki efek samping sehingga diperlukan inovasi dalam pencarian obat alternatif dengan menggunakan tanaman obat. Salah satu tanaman obat yang berpotensi sebagai antialergi yaitu serai (Cymbopogon citratus). Tujuan penelitian ini untuk memprediksi aktivitas senyawa hasil metabolite profiling ekstrak etanol 96% herba serai (Cymbopogon citratus) yang bersifat antagonis terhadap reseptor histamin-1 (2AOT) secara in silico. Senyawa tersebut dianalisis sifat fisikokimia dengan SwissADME dan toksisitas menggunakan Protox Online Tools. Didapatkan 19 senyawa hasil metabolite profiling memenuhi aturan sifat fisikokimia yang baik dan tidak toksik. Senyawa terpilih tersebut selanjutnya dipreparasi menggunakan ChemDraw Ultra, lalu dioptimasi geometri dengan Avogadro. Kemudian dilakukan molecular docking dengan PyRx metode Autodock Vina. Visualisasi hasil molecular docking dilakukan dengan Biovia Discovery Studio untuk mencari interaksi antagonis terhadap native ligand Difenhidramin. Penambatan dikatakan valid dan software tersebut dapat digunakan apabila nilai RMSD < 2Å. Analisis secara in silico terhadap protein 2AOT menunjukkan terdapat tiga senyawa yang memberikan interaksi antagonis dengan kemiripan nilai binding affinity, jenis ikatan asam amino, dan jarak farmakofor. Senyawa 2,2-Dinitro-1-propanol, Methyl (3,4,5-triethoxy-2-nitrophenyl)acetate, dan 3-(4-Benzyl-1-piperazinyl)-1H1,2,4-triazol-5-amine merupakan senyawa yang diprediksi memiliki potensi paling baik sebagai antialergi karena memiliki kemiripan parameter docking dengan native ligand Difenhidramin. Oleh karena itu, senyawa ekstrak etanol 96% herba serai (Cymbopogon citratus) diprediksi memiliki aktivitas antialergi dengan mekanisme penghambatan histamin berikatan dengan reseptor histamin-1.
An allergy is an exaggerated immune system response to an allergen. One of the drugs used in allergy therapy is an antihistamine. Long-term use of antihistamines has side effects, so innovation is needed in the search for alternative medicines using medicinal plants. One of the medicinal plants that have the potential as an anti-allergic is lemongrass (Cymbopogon citratus). The purpose of this study was to predict the activity of anti-allergic compounds in the metabolite profiling of 96% ethanol extract of lemongrass herb (Cymbopogon citratus) which is antagonistic to histamine-1 receptors (2AOT). These compounds were analyzed for physicochemical properties with SwissADME and toxicity using Protox Online Tools. There are 19 compounds obtained from metabolite profiling fit the rules of good physicochemical properties and were non toxic. The selected compound was then prepared using ChemDraw Ultra, then optimized geometry with Avogadro. Then molecular docking was carried out with PyRx using the Autodock Vina method. Visualization of molecular docking results was carried out with Biovia Discovery Studio to look for antagonistic interactions with the native ligand Diphenhydramine. The tether is said to be valid and the software can be used if the RMSD value is < 2Å. In silico analysis of 2AOT protein showed that there were three compounds that gave antagonistic interactions with similar binding affinity values, amino acid binding types, and pharmacophore distance. Compounds 2,2-Dinitro-1-propanol, Methyl (3,4,5-triethoxy-2-nitrophenyl)acetate, and 3-(4-Benzyl-1-piperazinel)-1H1,2, 4-triazole-5-amine is a compound that is predicted to have the best potential as an anti-allergic because it has similar docking parameters with the native ligand Diphenhydramine. Therefore, the 96% ethanol extract of lemongrass herb (Cymbopogon citratus) is predicted to have anti-allergic activity by inhibiting histamine binding to histamine-1 receptors.
الحساسية هي استجابة مفرطة للجهاز المناعي لمسببات الحساسية. أحد الأدوية المستهلكة في علاج الحساسية هو مضادات الهيستامين. الاستهلاك طويل الأمد لمضادات الهيستامين له آثار جانبية ، لذا لابد من الابتكار في البحث في أدوية بديلة باستخدام النباتات الطبية. أحد النباتات الطبية الذي لديه القدرة على أن يكون مضاد الهيستامين هو عشب الليمون (سيمبوبوجون سيتراتوس). الغرض من هذا البحث هو لتنبؤ نشاط مركبات مضاد الهيستامين في نتائج التنميط الأيضي لاستخلاص الإيثانول 96٪ من عشب الليمون (سيمبوبوجون سيتراتوس) الذي يعد معادًا لمستقبل الهيستامين -1 (2 AOT). يحلل هذا المركب من حيث الخصائص الفيزيائية والكيميائية باستخدام SwissADME وتأثير سمي باستخدام أداة بروتوكس عبر الإنترنت. تم الحصول على 19 مركبًا من التنميط الأيضي تفي بقواعد الخصائص الفيزيائية والكيميائية الجيدة ولم تكن سامة. بعد ذلك تم تحضير المركب المحدد باستخدام ChemDraw Ultra ، ثم التحسين الهندسي باستخدام Avogadro. ثم يعقد الالتحام الجزيئي باستخدام PyRx بطريقة أوتودوك فينا. تم إجراء تصور لنتائج الالتحام الجزيئي باستخدام استوديو بيوفيا ديسكفري للبحث في التفاعلات المعادية مع native ligand ديفينهيدرامين. يقال إن الحبل صالح ويمكن استخدام البرنامج إذا كانت قيمة RMSD < 2Å. أظهر تحليل بشكل In Silico لبروتين 2 AOT أن هناك ثلاثة مركبات أعطت تفاعلات معادية مع قيم تقارب ارتباط المماثلة ونوع ربط الحمض الأميني ومسافة فارماكوفور. المركبات 2،2-دينيترو-1-بروبانول ، ميثيل (3،4،5-ثلاثي إيثوكسي -2-نيتروفينيل) أسيتات ، 3-(4-بنزيل-1-بيبرازينيل) -1 H 1، 2 ، 4-تريازول-5-أمين هي المركبات تُتوقع أن تكون أفضل مضاد الهيستامين لأنها تحتوي على معلمات إرساء مماثلة مع native ligand ديفينهيدرامين. لذلك ، استخلاص الإيثانول 96٪ من عشب الليمون (سيمبوبوجون سيتراتوس) من المتوقع أن يكون له نشاط مضاد الهيستامين مع آلية تثبيط الهيستامين المرتبطة بمستقبل الهيستامين
Item Type: | Thesis (Undergraduate) | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Supervisor: | Maimunah, Siti and Dianti, Meilina Ratna | |||||||||
Contributors: |
|
|||||||||
Keywords: | herba serai (Cymbopogon citratus); antialergi; in silico; 2AOT lemongrass herb (Cymbopogon citratus); anti-allergic; in silico; 2AOT عشب الليمون (سيمبوبوجون سيتراتوس) ; مضاد الهيستامين ; in silico ; 2 AOT | |||||||||
Subjects: | 10 TECHNOLOGY > 1004 Medical Biotechnology > 100403 Medical Molecular Engineering of Nucleic Acids and Proteins | |||||||||
Departement: | Fakultas Sains dan Teknologi > Jurusan Farmasi | |||||||||
Depositing User: | Idfy Bagus | |||||||||
Date Deposited: | 27 Aug 2024 13:38 | |||||||||
Last Modified: | 27 Aug 2024 13:38 | |||||||||
URI: | http://etheses.uin-malang.ac.id/id/eprint/37519 |
Downloads
Downloads per month over past year
Actions (login required)
View Item |