Samudra, Reyhan Rahma (2022) #NOPUBLISH 04/7/2022# Prediksi aktivitas antineuroinflamasi fraksi etil asetat daun semanggi (Marsilea crenata) secara in silico terhadap toll-like receptor 2 (3A7B) dan estrogen receptor alpha (1A52). Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.
Text (Fulltext)
18930046.pdf - Accepted Version Restricted to Repository staff only until 4 July 2024. Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial No Derivatives. Download (3MB) | Request a copy |
Abstract
ABSTRAK:
Neuroinflamasi terjadi disebabkan oleh aktivitas berlebih toll-like receptor 2 (TLR2) akibat tidak normalnya α-synuclein danْۗ penurunanْۗ ERαْۗ padaْۗ wanitaْۗ menopause. Daun Semanggi (Marsilea crenata) memiliki aktivitas menghambat terbentuknya neuroinflamasi pada penelitian sebelumnya. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk memprediksiْۗ efekْۗ aktivitasْۗ TLR2ْۗ (IDْۗ 3A7B)ْۗ danْۗ induksiْۗ aktivitasْۗ ERαْۗ (IDْۗ 1A7B).
Senyawa hasil metabolite profiling UPLC-QToF MS/MS fraksi etil asetat daun Marsilea crenata dilakukan analisis sifat fisikokimia menggunakan SwissADME dan toksisitas menggunakan ProTox II online tool. Analisis ini dilakukan sebagai penyeleksian awal agar senyawa tersebut aman digunakan untuk terapi. Senyawa hasil metabolite profiling dipreparasi menggunakan aplikasi ChemDraw 12.0. Optimasi geometri dilakukan dengan menggunakan aplikasi Avogadro 1.2.0, kemudian dilakukan molecular docking dengan aplikasi PyRx 0.8 dengan metode Autodock vina. Visualisasi hasil docking dilakukan menggunakan aplikasi Biovia Discovery Studio 2021 untuk mencari interaksi antagonis terhadapْۗ reseptorْۗ TLR2ْۗ danْۗ interaksiْۗ agonisْۗ terhadapْۗ reseptorْۗ ERα. Penambatan dikatakan
valid dan aplikasi dapat digunakan dikarenakan nilai RMSD<2Å. Hasil studi in silico menunjukkan dari 84 senyawa hasil metabolite profiling terdapat 6 senyawa yang bersifat antagonis terhadap 3A7B yang mempunyai kemiripan jarak farmakofor dan ikatan asam amino dengan native ligand N-acetyl-D-glucosamine dan 6 senyawa yang bersifat agonis terhadap 1A52 yang mempunyai kemiripan dengan 17- estradiol yang menghasilkan efek antineuroinflamasi. Sehingga fraksi etil asetat daun Marsilea crenata diprediksi memiliki potensi antineuroinflamasi dalam mengatasi Parkinson.
ABSTRACT:
Neuroinflammation occurs due to over activities of toll-like receptor 2 (TLR2) dueto abnormal α-synucleinْۗ andْۗ decreasedْۗ ERαْۗ inْۗ postmenopausalْۗ women.ْۗ Semanggi leaf(Marsilea crenata) has the activity of inhibiting the formation of neuroinflammation inprevious studies. The purpose of this study is to predict the effect of TLR2 activity (ID3A7B)ْۗandْۗtheْۗinductionْۗofْۗERαْۗactivityْۗ(IDْۗ1A7B).ْۗTheْۗmetaboliteْۗprofilingْۗcompoundْۗUPLC-QToF MS/MS ethyl acetate fraction of Marsilea crenata leaf was analyzed forphysicochemical properties using SwissADME and toxicity using ProTox II online tool.This analysis has been done as the first selection so that the compound is used safely fortherapy. The result compound of metabolite profiling then prepared using ChemDraw 12.0.The geometry optimization is done by using Avogadro 12.0, then molecular docking isoccurred by PyRx 0.8 application using autodock yina. The result visualization of dockinghas been done by Biovia Discovery Studio 2021 application in order to look for antagonistinteraction against theْۗTLR2ْۗreceptorْۗandْۗtheْۗagonistْۗinteractionْۗagainstْۗERα.ْۗTheْۗbelayْۗisْۗstated valid and the application are able to be used because of the score of RMSD <2A.The result of the research in silico exhibits that 84 compounds due to the metaboliteprofiling result showing that there are 6 compounds that the characteristics are antagonistagainst 3A7B that has similar distance pharmacophore and amino acid binding with nativeligand N-acetyl-D-glucosamine and 6 compounds that are agonists of 1A52 which havesimilarities to 17- estradiol which produce antineuroinflammatory effects. Thus, the ethylacetate fraction of Marsilea crenata leaves is predicted to have antineuroinflammatorypotential in treating Parkinson's disease
مستخلص البحث:
حدث االلتهاب العصبي بسبب فرط نشاط المستقبل الشبيه بالرقم2(TLR2)بسببسينوكلينغير معتدلوانخفاضERαفي النساء بعد سن اليأس.وأوراق البرسيم(Marsilea crenata)لها نشاط فيمنعتكوينالتهاب العصبيفي الدراسات السابقة.والهدف من هذاالبحثهولتنبؤ تأثير نشاطTLR2(المعرف3A7B)وتحريض نشاطERα(المعرف1A52.)وأجرأ التحليل في مركب من نتيجة األيضUPLC-QToFMS/MSلجزءمنخالت اإليثيل من أوراق البرسيم (Marsilea crenata) من أجل الخصائص الفيزيائيةوالكيميائية باستخدامSwissADMEوالسمية باستخدام أداةبروتوكس الثانيعبر اإلنترنت.وتم إجراء هذاالتحليل كاالختياراألول بحيث يكون المركب آمنًا لالستخدام في العالج.وتم تحضير المركبات الناتجة عنتوصيف المستقلبباستخدام تطبيقChemDraw12.0.وتم إجراء تحسين الهندسة باستخدام تطبيقAvogadro1.2.0،ثماإلرساء الجزيئيباستخدام تطبيقPyRx0.8باستخدام طريقةAutodock vina.وتصور اإلرساء باستخدام تطبيقBiovia Discovery Studio2021للبحث عن التفاعالت المضادة معمستقبلTLR2والتفاعالت الناهضةبمستقبلERα.ويُقال إن الربط صالح ويستطيعاستخدامهألن قيمةRMSDهي 2Å.ودراسة السيليكوالداخليتدل إلىأنهمن بين84مركبًا ناتجة عنالتنميط المستقلب، كانهناك6مركبات معادية لـ3A7Bوالتي لها مسافات دوائية مماثلة وروابط األحماض األمينيةبمركبN-acetyl-D-glucosamineاألصليو6مركبات التي كانت ناهضات لـ1A52والتي كانت لها أوجه تشابه مع17-بإستراديول الذي ينتج تأثير مضاد لاللتهابالعصبي. وبالتالي، من المتوقع أن يكون لجزء أسيتاتاإليثيلمن أوراق البرسيم(Marsilea crenata)إمكانات التهابية مضادة لاللتهابالغصبيفي عالج مرضباركنسون.
Item Type: | Thesis (Undergraduate) | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Supervisor: | Ma'arif, Burhan and Muchlasi, Luthfi Ahmad | |||||||||
Contributors: |
|
|||||||||
Keywords: | Marsilea crenata; antineuroinflamasi; molecular docking; 3A7B; 1A52 Marsilea crenata; antineuroinflammatory; molecular docking; 3A7B; 1A52 أوراق(Marsilea crenata) ، العصبي االلتهاب مضاد (antineuroinflammatory )،التحام الجزيئية،1A52; 3A7B | |||||||||
Subjects: | 10 TECHNOLOGY > 1004 Medical Biotechnology > 100403 Medical Molecular Engineering of Nucleic Acids and Proteins | |||||||||
Departement: | Fakultas Sains dan Teknologi > Jurusan Farmasi | |||||||||
Depositing User: | Reyhan Rahma Samudra | |||||||||
Date Deposited: | 28 Aug 2024 09:27 | |||||||||
Last Modified: | 28 Aug 2024 09:27 | |||||||||
URI: | http://etheses.uin-malang.ac.id/id/eprint/37460 |
Downloads
Downloads per month over past year
Actions (login required)
View Item |