Studi in silico aktivitas antibakteri senyawa golongan gingerol dan shogaol jahe merah (zingiber officinale var. rubrum) terhadap reseptor dna gyrase bakteri salmonella typhi

ABSTRAK:

Studi in silico aktivitas antibakteri senyawa golongan gingerol dan shogaol jahe merah (zingiber officinale var. rubrum) terhadap reseptor dna gyrase bakteri salmonella typhi Studi in silico aktivitas antibakteri senyawa golongan gingerol dan shogaol jahe merah (zingiber officinale var. rubrum) terhadap reseptor dna gyrase bakteri salmonella typhi Demam tifoid yang disebabkan oleh bakteri Salmonella typhi merupakan penyakit endemik yang mengancam kesehatan masyarakat. Salah satu upaya untuk mengatasi penyakit ini yaitu dengan pendekatan komputasi (in silico) dari tumbuhan Jahe merah (Zingiber officinale var. Rubrum) yang telah dilaporkan memiliki aktivitas antibaktseri. penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa golongan gingerol dan shogaol Jahe merah sebagai penghambat reseptor DNA gyrase (PDB ID 6J90). Melalui penelitian ini dilakukan prediksi sifat fisikokimia dengan parameter hukum lima Lipinski menggunakan Protox online tool. Hasil menunjukkan semua senyawa uji memenuhi hukum lima lipinski dan masing-masing senyawa 0 kesalahan. Selanjutnya prediksi toksisitas menggunakan pkCSM online tool dan Protox online tool. Hasil yang diperoleh menunjukkan senyawa 6-shogaol, 8-shogaol, dan 10-shogaol tergolong kelas 4 (relatif aman). Selanjutnya dilakukan molecular docking menggunakan Molegro Virtual Docker 0.6. Hasil molecular docking menunjukkan semua senyawa uji memiliki afinitas dengan reseptor 6J90. Dengan ini semua senyawa uji diprediksi memiliki potensi menghambat reseptor DNA gyrase (PDB ID 6j90) bakteri Salmonella typhi.

ABSTRACT:

Typhoid fever that is caused by Salmonella typhi bacteria is an endemic disease that attacks the society’s health. One of the efforts to overcome this disease is by computation approach (in silico) from red ginger (Zingiber officinale var. Rubrum) that has been reported as having antibacterial activity. The purpose of this research is to determine the potential of group compounds gingerol and shagaol red ginger as the receptor of DNA gyrase (PDB ID 6J90). Through this research, a predicition of physicochemical characteristic is occurred by a parameter of lipinski rule of five on Protox online tool. The result exhibits that all of the tested compounds fulfill the lipinski rule of five and each of them has 0 mistake. Then the toxicity prediction is occurred by pkCSM online tool and Protox online tool. The result obtained exhibit that 6-shogaol, 8-shogaol, and 10-shogaol compounds are categorized on the 4th class (relatively safe). Then a molecular docking is occurred by Molegro Virtual Docker 0.6. The result of molecular docking exhibit that all of the tested compounds have affinity with 6J90 receptors. Furthermore, all of tested compounds are predicted having potential in holding up the gyrase DNA receptor (PDB ID 6j90) Salmonella typhi bacteria.

مستخلص البحث:

حمى التيفوئيد الذي يسببه بكتيريا السالمونيلا التيفية مرض متوطن يهدد صحة المجتمع. أحد الجهود للتغلب على هذا المرض هو باستخدام المدخل الحسابي (in silico) من نبات الزنجبيل الأحمر (Zingiber officinale var. Rubrum) الذي تم الإبلاغ عنه أنه يحتوي على النشاط المضاد للجراثيم. يهدف هذا البحث إلى وصف إمكانات مركب الجنجرول (gingerol) وشوغول (Shogaol) الزنجبيل الأحمر كمثبط لمستقبل الحمض النووي جيراس (PDB ID 6J90). من خلال هذا البحث ، يعقد التنبؤ بالخصائص الفيزيائية والكيميائية باستخدام معلمة القانون الخمسة ليبينسكي باستخدام أداة بروتوكس عبر الإنترنت. أظهرت النتائج أن جميع مركبات الاختبار امتثلت لقوانين ليبينسكي الخمسة وأن كل مركب يحتوي على 0 خطأ. ومن ثم ، التنبؤ بالسمية باستخدام أداة pkCSM عبر الإنترنت وأداة بروتوكس عبر الإنترنت. أظهرت النتائج المكتسبة أن المركبات 6-شوغول (Shogaol) و 8-شوغول (Shogaol) و 10-شوغول (Shogaol) صنفت على أنها فئة 4 (آمن نسبيًا). تاليها ، أداء الالتحام الجزيئي باستخدام Molegro Virtual Docker 0.6. أظهرت نتائج الالتحام الجزيئي أن جميع مركبات الاختبار لها صلة بمستقبل 6J90. مع هذا ، يتنبأ أن جميع مركبات الاختبار لديها القدرة على تثبيط مستقبل الحمض النووي جيراس (PDB ID 6j90) لبكتيريا السالمونيلا التيفية.