Analisis keanekaragaman genetik kosambi (Schleichera Oleosa (Lour). Oken.) di Malang Raya berdasarkan marka molekuler Squence-Related Amplified Polymorphism (SRAP)

INDONESIA:

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman genetik tumbuhan Schleihera oleosa di Malang Raya menggunakan penanda molekuler Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP). Keanekaragaman S.oleosa dianalisis untuk mengetahui asal-usul induk dari persebaran S.oleosa serta faktor lingkungan yang mempengaruhi keragaman genetik S.oleosa di wilayah Malang. Penanda SRAP ditargetkan pada daerah Open Reading Frame (ORF) DNA genomik yang bertanggung jawab terhadap ekspresi gen fenotipik. Faktor abiotik seperti suhu, intensitas cahaya, kelembaban udara, kelembaban tanah, pH tanah dan intensitas cahaya tanah turut dianalisis untuk melihat pengaruhnya terhadap keanekaragaman genetik S.oleosa di wilayah Malang. Penelitian ini menggunakan metode deskriptif, eksploratif dan kuantitatif. Eksplorasi dilakukan di wilayah Kota Malang dan Kabupaten Malang dengan ketinggian bervariatif antara 366–640 mdpl. Analisis molekuler dilakukan menggunakan 16 kombinasi penanda molekuler SRAP (ME1-ME4 dan EM1-EM4). Hasil amplifikasi DNA kemudian divisualisasi dan dibuat dendogram dengan metode UPGMA (Unwieghted Pair Group with Arithmatic Average) menggunakan program PAST untuk melihat pengelompokan pada masing-masing sampel. Hasil penelitian secara molekuler menunjukkan terbentuknya pengelompokan sampel S.oleosa menjadi 4 klaster. Pengelompokkan ini tidak dipengaruhi oleh faktor ketinggian tempat namun dipengaruhi oleh hubungan antara faktor genetik dan lingkungan. Faktor lingkungan dianalisis mengunakan metode PCA (Principal Component Analysis). Faktor yang paling berpengaruh antara lain faktor suhu, kelembaban udara dan kelembaban tanah. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penanda SRAP mampu melihat keanekaragam genetik S.oleosa di wilayah Malang Raya serta terdapat korelasi positif antara faktor genetik (asal usul tanaman) dengan faktor lingkungan habitat S.oleosa.

ENGLISH:

This study aims to determine the genetic diversity of Schleihera oleosa plants in Malang Raya using Sequence-Related Amplified Polymorphism (SRAP) molecular markers. These markers are targeted at the Open Reading Frame (ORF) region of genomic DNA that is responsible for phenotypic gene expression. Abiotic factors such as temperature, light intensity, air humidity, soil moisture, soil pH and soil light intensity were also influenced to see their effect on the genetic diversity of S. oleosa in the Malang area. This research uses descriptive, exploratory and quantitative methods. Exploration was carried out in the area of Malang City and Malang Regency with varying altitudes between 366-640 masl. Molecular analysis was performed using 16 combinations of SRAP molecular markers (ME1-ME4 and EM1-EM4). The results of DNA amplification were then visualized and dendograms were made using the UPGMA (Unwighted Pair Group with Arithmatic Average) method using the PAST program to see the grouping of each sample. The results of the molecular research showed the formation of grouping of S.oleose samples into 4 clusters. This grouping is not influenced by altitude factors but is influenced by the relationship between genetics and the environment. Environmental Factors Analysis Using PCA (Principal Component Analysis). The most influential factors include temperature, air humidity and soil moisture. The results showed that the SRAP marker was able to see the genetic diversity of S.oleosa in the Greater Malang area and there was a positive correlation between genetic factors (plant origin) and environmental factors of S.oleosa habitat.

ARABIC:

تهدف هذه الدراسة إلى تحديد التنوع الجيني لنباتات Schleihera oleosa في Malang Raya باستخدام العلامة الجزيئية تعدد الأشكال المضخم المرتبط بالتسلسل (SRAP). تم تحليل تنوع S.oleosa لتحديد أصل أصل توزيع S.oleosa والعوامل البيئية التي تؤثر على التنوع الجيني S.oleosa في منطقة Malang. تستهدف علامة SRAP منطقة إطار القراءة المفتوح (ORF) للحمض النووي الجيني المسؤول عن التعبير الجيني المظهري. كما تم تحليل العوامل اللاأحيائية مثل درجة الحرارة وشدة الضوء ورطوبة الهواء ورطوبة التربة ودرجة حموضة التربة وشدة ضوء التربة لمعرفة تأثيرها على التنوع الوراثي لسمك S. أوليوزا في منطقة مالانج. يستخدم هذا البحث الأساليب الوصفية والاستكشافية والكمية. تم إجراء الاستكشاف في منطقة Malang City و Malang Regency على ارتفاعات متفاوتة بين 366-640 masl. تم إجراء التحليل الجزيئي باستخدام 16 مجموعة من الواسمات الجزيئية SRAP (ME1-ME4 و EM1-EM4). تم بعد ذلك تصور نتائج تضخيم الحمض النووي وتم إجراء مخططات الأسنان باستخدام طريقة UPGMA (مجموعة الأزواج غير المتجانسة ذات المتوسط ​​الحسابي) باستخدام برنامج PAST لرؤية التجمعات في كل عينة. أظهرت نتائج البحث الجزيئي تكوين مجموعات لعينات S.oleose في 4 مجموعات. لا يتأثر هذا التجمع بعوامل الارتفاع ولكنه يتأثر بالعلاقة بين العوامل الوراثية والبيئية. تم تحليل العوامل البيئية باستخدام طريقة PCA (تحليل المكونات الرئيسية). تشمل العوامل الأكثر تأثيرًا درجة الحرارة ورطوبة الهواء ورطوبة التربة. أظهرت النتائج أن علامة SRAP كانت قادرة على رؤية التنوع الوراثي للبكتريا S.oleosa في منطقة Malang الكبرى وكان هناك علاقة إيجابية بين العوامل الوراثية (أصل نباتي) والعوامل البيئية لموائل S.oleosa.