Prediksi aktivitas anti sars-cov-2 senyawa flavonoid dari tanaman sage (salvia officinalis l.) terhadap reseptor main protease (6m2n) secara in silico

INDONESIA:

Wabah COVID-19 yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 telah meluas hingga keberbagai belahan dunia, tak terkecuali Indonesia. Salah satu upaya untuk mengatasi wabah ini yaitu dengan pendekatan komputasi dari tanaman herbal yang telah dilaporkan memiliki aktivitas antivirus. Beberapa penelitian senyawa turunan falvonoid dari tanaman sage (Salvia officinalis. L) seperti luteolin, apigenin, quercetin, kaempherol, dan catechin berpotensi sebagai agen antivirus lain dengan cara menghambat replikasi virus main protease (Mpro) secara in silico. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui potensi senyawa turunan falvonoid dari tanaman sage (Salvia officinalis. L) sebagai penghambat Mpro pada protein dengan PDB ID 6M2N. Melalui penelitian ini akan dilakukan prediksi fisikokimia dengan parameter hukum lima lipinski, molecular docking, dan uji toksisitas. Evaluasi dilakukan berdasarkan nilai docking menggunakan Molegro Virtual Docker 6.0. Hasil dari lima senyawa yang telah didocking, senyawa kaempherol memiliki nilai afinitas -100,632 kkal/mol. Residu asam amino Glu 166, Gly 143, Asn 142, Cys 145, dan His 41 yang didapatkan kaempherol paling mirip dengan senyawa pembanding (lopinavir) serta merupakan residu yang paling banyak berkontribusi dalam pembentukan ikatan hidrogen.

ENGLISH :

Human infection coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by the SARS-CoV-2 virus has spread to various parts of the world, including Indonesia. One of the efforts to overcome this epidemic is by using a computational approach from herbal plants that have been reported to have antiviral activity. Several studies of flavonoid derived compounds from sage (Salvia officinalis. L) such as luteolin, apigenin, quercetin, kaempherol, and catechin have the potential as antiviral agents by inhibiting the replication of the main protease virus (Mpro) in silico. The purpose of this study was to determine the potential of flavonoid derived compounds from sage (Salvia officinalis. L) as inhibitors of Mpro on protein with PDB ID 6M2N. Through this research, physicochemical predictions with Lipinski's five law parameters, molecular docking, and toxicity tests will be carried out. The evaluation was carried out based on the docking value using Molegro Virtual Docker 6.0. The results of the five compounds that have been docked, kaempherol compound has an affinity value of -100.632 kcal/mol. The amino acid residues Glu 166, Gly 143, Asn 142, Cys 145, and His 41 obtained by kaempherol were most similar to the comparison compound (lopinavir) and were the most residues that contributed formation of hydrogen bonds.

ARABIC:

انتشر وباء كوفيد-19 الذي يسببه فيروس SARS-CoV-2 إلى أجزاء مختلفة من العالم ، بما في ذلك إندونيسيا. إحدى الجهود للتغلب على هذا الوباء هي استخدام المدخل الحسابي من النباتات العشبية التي تم الإبلاغ عن وجود نشاط مضاد للفيروسات له. العديد من الدراسات عن المركبات المشتقة من الفلافونويد في نبات المريمية (Salvia officinalis L) مثل luteolin ، apigenin ، quercetin ، kaempherol ، و catechin لديها إمكانات كسائر العوامل لمضادة الفيروس بطريق منع تكاثر فيروس الأنزيم البروتيني الرئيسي (Mpro) بشكل في السيليكون (In silico). كان الغرض من هذا البحث هو تحديد إمكانات المركبات المشتقة من الفلافونويد من نبات المريمية (Salvia officinalis L) كمانع لـ Mpro على البروتين مع PDB ID 6M2N. من خلال هذا البحث ، ستعقد نبؤة فيزيائية كيميائية باستخدام المعلمة لقانون ليبينسكي الخمسة، والإرساء الجزيئي ، واختبار السمي. إجراء التقييم بناءً على قيمة الإرساء باستخدام Molegro Virtual Docker 6.0. نتائج المركبات الخمسة التي تم رسوها ، مركب kaemppherol له قيمة تقارب -100.632 كيلو كالوري / مول. كانت بقايا الأحماض الأمينية Glu 166 و Gly 143 و Asn 142 و Cys 145 و His 41 التي تحصل عليها kaemppherol أكثر تشابهًا مع مركب المقارنة (lopinavir) وكانت البقايا التي ساهمت بشكل أكبر في تكوين الروابط الهيدروجينية.