Analisis filogenetik Percil Jawa (Microhyla achatina Tscudi 1838) di Jawa Tengah dan Jawa Barat secara in-silico menggunakan software MEGA6 dan mrBayes

INDOESIA:

Percil Jawa (Microhyla achatina Tscudi 1838) merupakan katak endemik Jawa yang tersebar luas dibanyak seluruh wilayah Jawa Tengah dan Jawa Barat. Percil Jawa memiliki ukuran tubuh relatif kecil dan memiliki corak tubuh yang beragam dalam genusnya, menyebabkan kesalahan dalam hal identifikasi. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui hubungan kekerabatan dari Percil Jawa di Jawa Tengah dan Jawa Barat. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif eksploratif menggunakan analisis Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayessian Inference dan Jarak genetik. Data yang diambil berupa data sekunder yang diambil dari database NCBI, dan di-alignment pada software MEGA6. Gap pada hasil alignment dihapus. Hasil disimpan dalam format fasta. Pohon direkonstruksi menggunakan software MEGA6 dan mrBayes. Jarak genetik dihitung pada model uncorect p-distace untuk mengetahui jarak genetik antar individu. Hasil analisis filogenetik, populasi M. achatina di Jawa Barat (Gede Pangrano, Ujung Kulon) dan berbeda dengan populasi di Jawa Tengah (Pekalongan dan Ungaran), didukung dengan nilai bootstrap 100 pada ketiga analisis dan jarak genetik lebih dari 3%. Individu M. achatina yang ditemukan di Gunung kencana, Bandung kekerabatannya lebih dekat dengan populasi di Jawa Tengah, dibanding dengan populasi di Jawa Barat, didukung dengan mengelompoknya individu Gunung Kencana dengan populasi di Jawa Tengah dan nilai botstrap 1.5%, sedangkan dengan populasi Jawa Barat jarak genetiknya lebih dari 3%. Berbedanya individu di Jawa Tengah dan Jawa Barat disebabkan adanya proses evolusi, berupa spesiasi alopatrik karena adanya barier yang membatasi antar Jawa Tengah dan Jawa Barat, yaitu Gunung Slamet.

ENGLISH:

The Javan Chorus-Frog (Microhyla achatina Tscudi 1838) is a frog endemic to Java that is widely distributed throughout Central Java and West Java. Javanese Percil has a relatively small body size and has a variety of body patterns within its genus, causing errors in identification. This study aimed to determine the kinship of Percil Jawa in Central Java and West Java. This type of research is descriptive exploratory research using analysis of Maximum Parsimony, Maximum Likelihood, Bayesian Inference, and Genetic Distance. The data was taken in the form of secondary data taken from the NCBI database, and aligned on MEGA6 software. Gaps in the alignment results are removed. Results are saved in fasta format. The tree was reconstructed using MEGA6 and mrBayes software. The genetic distance was calculated on the uncorrected p-distance model to determine the genetic distance between individuals. The results of the analysis of the population of M. achatina in West Java (Gede Pangrano, Ujung Kulon) and different from the population in Central Java (Pekalongan and Ungaran), were supported by a bootstrap value of 100 in the third analysis and a genetic distance of more than 3%. M. achatina individuals found in Gunung Kencana, Bandung are more closely related to the population in Central Java, compared to the population in West Java, supported by grouping Gunung Kencana individuals with populations in Central Java and a botstrap value of 1.5%, while the population of Java The genetic west is more than 3%. Individual differences in Central Java and West Java are due to an evolutionary process, in the form of allopatric speciation due to the barrier that limits Central Java and West Java, namely Mount Slamet.

ARABIC:

يعتبر جافان بيرسيل (Microhyla achatina Tscudi 1838) من الضفادع المتوطنة في جافا والتي يتم توزيعها على نطاق واسع في جميع أنحاء وسط جاوة وجاوة الغربية. الجاوي بيرسيل له حجم جسم صغير نسبيًا ولديه مجموعة متنوعة من أنماط الجسم داخل جنسه ، مما يسبب أخطاء في تحديد الهوية. كان الغرض من هذه الدراسة هو تحديد قرابة بيرسيل جاوا في وسط جاوة وجاوة الغربية. هذا النوع من البحث هو بحث استكشافي وصفي باستخدام تحليل Maximum Parsimony، وMaximum Likelihood ، وBayessian Inference، والمسافة الجينية. البيانات المأخوذة في شكل بيانات ثانوية مأخوذة من قاعدة بيانات, NCBI والمحاذاة مع برنامج . MEGA6 تتم إزالة الفجوات في نتائج المحاذاة. يتم حفظ النتائج في شكل فاستا. أعيد بناء الشجرة باستخدام برنامجي MEGA6 و .mrBayes تم حساب المسافة الجينية على نموذجuncorrect p-distance لتحديد المسافة الجينية بين الأفراد. تم دعم نتائج تحليل جمهرة M. achatina في جاوة الغربية ( Gede Pangrango ،Ujung Kulon ) والمختلفة عن السكان في وسط جاوة (Pekalongan و Ungaran) ، بقيمة تمهيدية قدرها ١٠٠ في جميع التحليلات الثلاثة والمسافة الجينية أكثر من ٣٪. أفراد M. achatina الموجودون في جبل كنجانا ، باندونغ هم أكثر ارتباطًا بالسكان في وسط جاوة ، مقارنة بالسكان في جاوة الغربية ، مدعومين بتجميع أفراد جبل كنجان مع السكان في وسط جافا وقيمة وتمهيدية قدرها ١،٥٪ ، بينما مع تعداد سكان جاوة الغربية ، فإن المسافة بين علم الوراثة تزيد عن ٣٪. يرجع الاختلاف بين الأفراد في وسط جاوة وجافا الغربية إلى عملية تطورية ، في شكل انتواع تماثل ، أي وجود حاجز بين جاوة الوسطى وجاوة الغربية ، وهو جبل سلاميت.