[17620054 not for publication] Analisis variasi genetik klon mangga golek (Mangifera indica L. cv. Golek) berdasarkan karakter morfologi dan penanda molekuler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

ABSTRAK

Mangga golek merupakan salah satu klon koleksi Kebun Percobaan Cukurgondang Kabupaten Pasuruan. Mangga golek banyak ditemukan di wilayah Probolinggo dan Pasuruan. Secara morfologi, beberapa mangga golek belum terkarakterisasi dengan baik. Karakterisasi berfungsi sebagai sumber informasi dasar untuk mendukung program pemuliaan tanaman mangga serta membantu proses sertifikasi klon baru yang bertujuan meningkatkan gen pool untuk perbaikan tanaman. Karakterisasi mangga golek dilaksanakan berdasar pada karakter morfologi dan molekuler. Karakter morfologi terbatas dengan mengamati karakter morfologi vegetatif dikarenakan belum memasuki waktu berbunga, sehingga diperlukan karakterisasi molekuler yang tidak dipengaruhi oleh kondisi lingkungan dan pertumbuhan suatu tanaman. Karakterisasi molekuler menggunakan penanda molekuler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Metode RAPD yang digunakan menggunakan 8 primer yaitu OPA-3, OPA-5, OPA-7, OPA-11, OPA-12, OPA-15, OPA-17 dan OPA-18. Jumlah mangga golek yang diamati ada 9 klon dan 3 klon yang lain berasal dari mangga kuweni sebagai outgroup. Tujuan dilakukannya kedua krakterisasi yaitu mengetahui pengelompokan, nilai similaritas serta variasi genetik dari 12 klon mangga. Hasil karakterisasi morfologi berupa skoring yang menunjukkan 8 karakter seragam dan 12 karakter yang beragam serta membentuk 4 kelompok. Karakterisasi molekuler membentuk 5 kelompok yang mana anggota dari masing-masing kelompok berbeda. Variasi genetik dari 12 klon mangga tergolong tinggi dengan nilai variasi genetik secara morfologi sebesar 0.235, sedangkan secara molekuler sebesar 0.316. Hasil amplifikasi DNA dari 8 primer yang menghasilkan pita polimorfik 100% terdapat 3 primer yaitu OPA-12, OPA-17 dan OPA-18.

ABSTRACT

The golek mango is one of the mango clone collections of Cukurgondang Experimental Garden, Pasuruan. Golek mango can be found at Probolinggo and Pasuruan. Morphologically, golek mango varieties that have not been characterized in a good way. The function of characterization is the source of fundamental information in order to support the mango plant breeding program and assist in the certification process of new clones aimed at increasing the gene pool for the crop improvement. Characterization is held based on the morphological character and molecular. The character of morphology is limited by observing the vegetative morphological character because the blooming time is not come yet. So that molecular character which is not influenced by the environment and the growth of specific plant is needed. Molecular characterization is using RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) molecular mark. The RAPD method is used for 8 primers, are OPA-3, OPA-5, OPA-7, OPA-11, OPA-12, OPA-15, OPA-17 and OPA-18. The amount of observed mangga golek are 9 clones and the out-group is using 3 clones which are consists of mangga kuweni. The purpose of observing these two characterizations are to determine the grouping, similarity value and the genetic varieties from 12 clones of mango. The result of morphological characterization in the form of scoring determines that 8 uniformed characters and 12 varieties characters and forming 4 groups in total. The molecule characterization forms 5 groups that has different members from every groups. The genetic varieties from 12 mango clones determined as the high one morphologically with genetic variety score of 0.235, while the molecular mark’s score is 0.316. The DNA amplification of 8 primers which resulting polymorphic ribbon 100% gives 3 kinds of primers, they are OPA-12, OPA-17 and OPA-18.

مستخلص البحث

مانجا غوليك هو أحد المستنسخات من مجموعة حديقة كوكورجوندانج التجريبية في محافظة باسوروان. عثر على مانجو جوليك في بروبولينجو وباسوروان. من الناحية المورفولوجية، لم يتم تمييز بعض المانجو جوليك جيدًا. ينتفع التوصيف كمصدر المعلومات الأساسية لدعم برامج اجلال نبات المانجو وكذلك المساعدة في عملية استحقاق المستنسخ الجديدة التي تهدف إلى زيادة مجموعة الجينات لتحسين النبات. إجراء التوصيف بناءً على الصفات المورفولوجية والجزيئية. تكون الصفات المورفولوجية محدودة بملاحظة الصفات المورفولوجية النباتية لأنها لم تدخل وقت الإزهار، لذلك يحتاج التوصيف الجزيئي الذي لا يتأثر بظروف البيئة ونمو النبات. التوصيف الجزيئي باستخدام العلامة الجزيئية RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). استخدمت طريقة RAPD المستخدمة 8 أساسيات، وهي OPA-3 و OPA-5 و OPA-7 و OPA-11 و OPA-12 و OPA-15 و OPA-17 و OPA-18. كانت عدد المانجو جوليك الملاحظة هي 9 مستنسخات بينما جاءت 3 مستنسخات الأخرى من مانجو كوويني كمجموعة خارجية. الغرض من التوصيفين هو معرفة التجميع وقيم التشابه والتنوع الوراثي ل 12 مستنسخًا من مانجو. كانت نتائج التوصيف المورفولوجي على شكل الدرجة أظهرت 8 الصفات موحدة و 12 صفة متنوعًا وتشكل 4 مجموعات. يشكل التوصيف الجزيئي 5 مجموعات كان فيها أعضاء كل مجموعة مختلفة. كان التنوع الوراثي ل 12 مستنسخًا من المانجو مرتفعًا بقيمة التنوع الوراثي المورفولوجي 0.235، أما القيمة الجزيئية 0.316. نتائج تضخيم الحمض النووي من 8 بادئات أنتجت 100٪ نطاقات متعددة الأشكال تحتوي على 3 أساسيات، وهي OPA-12 و OPA-17 و OPA-18.