Perbandingan sekuen kapang Trichoderma sp. berdasarkan internal transcribed spacer (ITS) rDNA dengan menggunakan database NCBI

INDONESIA:

Berdasarkan identifikasi secara morfologi telah ditemukan kapang Trichoderma sp. sebagai penghasil selulase. Kapang tersebut berasal dari ampas tebu dan memerlukan konfirmasi terkait spesies yang telah ditemukan. Salah satu alternatif untuk mengkonfirmasi hasil identifikasi secara morfologi tersebut, yaitu metode molekuler dengan membandingkan sekuen kapang Trichoderma sp. berdasarkan Internal Transcribed Spacer ribosomal (ITS) rDNA dengan menggunakan database NCBI. Pemilihan ITS rDNA sebagai penanda molekuler, disebabkan variasi sekuens atau laju evolusinya yang cukup tinggi bahkan dalam spesies yang sama dibandingkan dengan daerah lainnya pada rDNA subunit kecil dan subunit besar, dan semua kapang memiliki ITS rDNA. Penelitian ini bertujuan membandingkan sekuen kapang Trichoderma sp. berdasarkan Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA dengan menggunakan database NCBI.

Sampel yang digunakan adalah isolat murni Trichodema sp. hasil isolasi dari ampas tebu yang dilakukan oleh Surakhman (2013). Selanjutnya sampel tersebut diisolasi DNA menggunakan metode bufer CTAB modifikasi dari Doyle & Doyle (1987), diamplifikasi DNA menggunakan primer ITS1 dan ITS4. Hasil amplifikasi DNA disekuensing dengan ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Applied Biosystem, USA. Data yang didapatkan dari beberapa tahap yang telah dilakukan adalah data berupa DNA hasil PCR, sekuen DNA hasil PCR, dan perbandingan sekuen DNA kapang Trichoderma sp. hasil isolasi dengan spesies lainnya.

Hasil penelitian menunjukkan DNA genom Trichoderma sp. berukuran 23130 bp, memiliki konsentrasi 92.56 mg/ μl yang menunjukkan kemurnian 1.91. Hasil amplifikasi DNA kapang Trichoderma sp. menghasilkan amplikon berukuran sekitar 600 bp. Sedangkan Perbandingan hasil sekuensing kapang Trichoderma sp. dengan spesies lainnya menunjukkan bahwa sampel Trichoderma sp. hasil isolasi dari ampas tebu adalah satu kelompok dengan Trichoderma harzianum, T.piluliferum, Trichoderma sp. SQR339, Hypocrea nigricans, dan Trichoderma sp. NFML CH12 BB. 15, Trichoderma aureoviride, Hypocrea lixii, Trichoderma BAB-4585.

ENGLISH:

Based on the identification of morphological basis has been found mould Trichoderma sp. as the producer of selulase. The molds come from cane dregs and require confirmation of related species have been found. One alternative to confirm the results of the identification in the morphology, molecular methods, i.e. by comparing the sequence mould Trichoderma spp. based on ribosomal Internal Transcribed Spacers (ITS) of rDNA using NCBI database. The selection of ITS rDNA as a molecular marker, due to variation sequences or the rate of its evolution are quite high even within the same species compared to other areas in the small subunit rDNA and the large subunit, and all the mold has ITS rDNA. This study aimed at comparing the sequence mould Trichoderma spp. based on Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA using NCBI database.

The sample used is pure Trichodema sp. isolates the results of isolation from the sugar cane by-product done by Surakhman (2013). Next the sample of DNA was isolated using CTAB method modified bufer Doyle & Doyle (1987), diamplifikasi DNA ITS1 and ITS4 primer uses. Disekuensing DNA amplification results with ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Applied Biosystem, USA. Data obtained from several stages that have been done are the data in the form of DNA, DNA sequence, PCR results results of PCR, DNA sequence comparison and mould Trichoderma sp. isolation result with other species.

The results showed the DNA genome of Trichoderma sp. sized 23130 bp, has a concentration of 109.92 mg/μl indicating the purity of 1.91. DNA amplification results mould Trichoderma SP. producing amplikon measuring about 600 bp. Whereas the comparison of the results of the sequencing mould Trichoderma sp. with other species indicates that Trichoderma spp. samples results isolation from cane dregs is one group with Trichoderma harzianum, T. piluliferum, Trichoderma sp. SQR339, Hypocrea nigricans, and Trichoderma sp. CH12 NFML W. 15, Trichoderma aureoviride, Hypocrea lixii, Trichoderma CHAPTER-4166.