Potensi antivirus senyawa terpenoid pada tanaman mimba (Azadirachta indica A. Juss) terhadap reseptor RdRp SARS-CoV-2 (7BV2) secara in silico

ABSTRAK

Akhir Desember 2019 di Wuhan, ibu kota Provinsi Hubei di China Tengah telah muncul penyakit kasus baru yaitu virus COVID-19. WHO menyebutkan bahwa penyakit tersebut disebabkan oleh SARS-CoV-2 yang terdiri dari protein struktural dan non-struktural. Pada penelitian ini menggunakan protein non-struktural yaitu RNA dependent RNA polymerase (RdRp) yang memiliki peran untuk bereplikasi. Beberapa penelitian juga menggunakan tanaman herbal yang dianggap sebagai berbagai virus termasuk COVID-19, kandidat senyawa yang diprediksi dapat digunakan sebagai antivirus dalam terapi COVID-19 adalah senyawa golongan terpenoid tanaman mimba seperti 6-deacetylnimbin, Nimbin, Nimbolide, Nimbinene, Nimbidiol dan Nimbione yang dapat mengganggu tahap awal siklus replikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi senyawa golongan terpenoid pada tanaman mimba sebagai kandidat terapi penyakit COVID-19 dengan mekanisme menghambat reseptor RdRp (7BV2). Metode yang digunakan adalah prediksi sifat fisikokimia menggunakan SwissADME yang mengacu pada Hukum Lima Lipinski. Kemudian dilakukan docking molekuler dengan menggunakan aplikasi AutoDock Vina serta prediksi toksisitas dengan aplikasi online pKCSM Online Tool dan Protox II Online Tool. Hasil dari penelitian senyawa uji dapat direkomendasikan sebagai kandidat untuk dikembangkan lebih lanjut sebagai terapi COVID-19.

ABSTRACT

At the end of December 2019 in Wuhan, the capital of Hubei Province in Central China, a new case of the disease has emerged, namely the COVID-19 virus. WHO states that the disease is caused by SARS-CoV-2 which consists of structural and non-structural proteins. In this study, using a non-structural protein, namely RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), has a role to replicate. Several studies have also used herbal plants which are considered to be good sources of antiviral compounds against various viruses including COVID-19, candidate compounds that are predicted to be used as antiviral agents in COVID-19 therapy are neem plant terpenoids such as 6-deacetylnimbin, Nimbin, Nimbolide, Nimbinene, Nimbidiol, and Nimbione which can interfere with the early stages of the replication cycle. This study aims to determine the potential of terpenoid class compounds in neem plants as candidates for COVID-19 disease therapy by inhibiting the RdRp (7BV2) receptor. The method used is the prediction of physicochemical properties using SwissADME which refers to Lipinski's Rule of Five. Then proceed with molecular docking using the application AutoDock Vina and toxicity prediction with the online application pKCSM Online Tool and Protox II Online Tool. The results of the physicochemical prediction indicate that all the test compounds fulfill Lipinski's Rule of Five. The results of the research on the test compounds can be recommended as candidates for further development as a COVID-19 therapy.

مستخلص البحث

في نهاية ديسمبر ٢٠١٩ في ووهان، عاصمة مقاطعة هوبي في وسط الصين، ظهرت حالة جديدة من فيروس كوفيد-١٩. وذكرت منظمة الصحة العالمية ان سبب هذا المرض هو فيروس السارس-كوفيد-٢ الذى يتكون من بروتينات هيكلية وغير هيكلية . في هذا البحث، تستخدم الباحثة البروتينات غير الهيكلية، هي مستقبلة بوليميراز الرنا المعتمدة على الرنا (ر د ر ف) التي لها دور في النسخ المتماثل. استخدم بعض البحوث أيضا النباتات العشبية التي تعتبر مصدرا جيدا لمركب مضادة الفيروسات المختلفة بما في ذلك كوفيد-١٩, المركبات المرشحة المتوقع استخدامها كمضادة الفيروس في علاج كوفيد-١٩هي مركب مجموعة تيربينويد من نبات نيم شائع مثل ٦-ديسيتيل نيمبين و نيمبين و نيمبوليد و نيمبينيني و نيمبيديول و نيمبون التي يمكن أن تتداخل في المراحل المبكرة من دورة النسخ المتماثل. يهدف هذا البحث إلى تحديد إمكانات مركبة مجموعة تيربينويد في نبات نيم شائع كمرشح علاجي لمرض كوفيد-١٩ عن طريق تثبيط مستقبلة بوليميراز الرنا المعتمدة على الرنا (۲BV۷). الطريقة المستخدمة هي التنبؤ بالخصائص الفيزيائية الكيميائية باستخدام تطبيق سويس ا د م التي تعتمد على القوانين الخمسة ليبنسكي. ثم أجري الربط الجزيئي باستخدام تطبيق أوتودوك فينا. وكذلك التنبؤ بالسمية مع أداة ف ك ج س م و فروتوك. يمكن التوصية بنتائج البحث على مركبات الاختبار كمرشحين لمزيد من التطوير كعلاج كوفيد-١٩.