Variasi genetik dan kekerabatan Kosambi (Schleichera oleosa Merr.) di Malang Raya berdasarkan sekuen marka molekuler gen rbcL (Large subunit ribulose 1,5 biphosphat carboxylase/oxygenase)

INDONESIA:

Kosambi (Schleichera oleosa) merupakan salah satu tanaman yang adaptif terhadap perubahan lingkungan (Suita, 2012), selain itu tanaman tersebut dapat dijadikan sebagai tanaman obat. Analisis hubungan kekerabatan merupakan langkah dasar yang bertujuan untuk mempermudah dalam pemanfaatan tanaman lebih lanjut seperti pemanfaatan dalam potensi obat sekaligus dalam rangka konservasi terhadap spesies tersebut. Penelitian terkait analisis hubungan kekerabatan S. oleosa di Malang Raya secara teknik analisis molekuler belum banyak dilakukan, sehingga informasi biomolekuler mengenai S. oleosa tergolong sedikit (jarang). Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menganalisis hubungan kekerabatan S. oleosa berdasarkan marka sekuen rbcL. RbcL merupakan gen pengkode sintesis enzim rubisco yang bersifat konservatif dan stabil, mudah untuk diisolasi dan dianalisis, serta memiliki tingkat keberhasilan sekuen yang cukup tinggi.

Penelitian ini dilakukan secara deskriptif kualitatif dan eksploratif. Penelitian ini menggunakan sampel daun S. oleosa dari berbagai lokasi dengan ketinggian yang berbeda di wilayah Malang Raya. DNA sampel tersebut diekstraksi, kemudian dilakukan proses amplifikasi gen rbcL dan selanjutnya dilakukan proses sekuensing. Berdasarkan analisis sekuen yang diperoleh, dapat dibuat rekonstruksi pohon filogenetik dengan metode Neighbor-Joining menggunakan aplikasi Geneious v 2021.1.1. Analisis variasi sekuen gen rbcL menggunakan aplikasi DNAsp 6. Analisis tersebut dilakukan untuk mengetahui letak polimorfisme seperti SNP pada sekuen.

Berdasarkan analisis variasi ditemukan terdapat 12 variasi pada sekuen gen rbcL S. oleosa. Berdasarkan rekonstruksi pohon filogenetik dapat diketahui bahwa ke-6 sampel S. oleosa berkerabat sangat dekat. Diduga sampel (BL dan TR) berasal dari indukan yang sama begitu pula dengan sampel (TD, GL, VT dan SK).

ENGLISH:

Kosambi (Schleichera oleosa) is one of the plants that adapt to environmental changes (Suita, 2012), besides that, this plant can be used as a medicinal plant. Analysis of the kinship relationships is a basic step that aims to facilitate the further use of plants such as utilization in medicinal potency as well as in the context of conservation of these species. Research related to the analysis kinship of S. oleosa in Malang Raya with molecular analysis techniques has not been carried out, so the biomolecular information about S. oleosa is relatively few (rare). The purpose of this research is to analyze the genetic variation and the kinship of S. oleosa based on rbcL sequence markers. RbcL is a gene coding for the synthesis of the rubisco enzyme which is conservative and stable, easy to isolate and analyze, and has a fairly high success rate of sequence. RbcL is a gene coding for the synthesis of the rubisco enzyme which is conservative and stable, easy to isolate and analyze, and has a fairly high success rate of sequence.

This research was conducted in a qualitative and exploratory descriptive manner. This research used samples of S. oleosa leaves from various locations with different altitude in the Greater Malang area. The sample DNA was extracted, then the rbcL gene amplification process was carried out and then the sequencing process was carried out. Based on the sequence analysis obtained, a phylogenetic tree reconstruction can be made using the Neighbor-Joining method using the Geneious v 2021.1.1 application. Analysis of the variation of the rbcL gene sequence using the DNAsp 6 application. The analysis was carried out to determine the location of polymorphisms such as SNPs in the sequence.

Based on the analysis of variation, there were 12 variations in the rbcL gene sequence of S. oleosa. Based on the reconstruction of the phylogenetic tree, it can be seen that the 6 samples of S. oleosa are very closely related. It is suspected that the samples (BL and TR) came from the same parent as well as the samples (TD, GL, VT and SK).

ARABIC:

تحليل علاقة قرابة كوسامبي (Schleichera oleosa Merr.)في مالانج الكبرى استنادا إلى تسلسل العلامات الجزئية للجين rbcL (الوحدة الفرعية 1.5 biphosphat carboxylase/oxygenase).
كوسمبي (Schleichera oleosa) إحدى من نبات الذي قابل للتكيف مع الغييرات البيئية (Suita, 2012) ومع ذلك كان ذلك النبات قابل لاستخدامه كنبات طبي. يعد تحليل علاقة القرابة هي خطوة أساسية تهدف إلى تسهيل الاستخدامالإضافي للنباتات مثل استخدام القدرات الطبية وكذلك في سياق الحفاظ على هذه الأنواع. لم يتم البحث عن تحليل علاقة قرابة S. oleosa في مالانج الكبرى باستخدام تقنيات التحليل الجزيئي، لذا فإن المعلومات الجزيئية الحيوية حول S. oleosa صغيرة نسبيا (نادرة). ويهدف من هذا البحث لتحليل علاقة قرابة S. oleosa استنادا على علامات تسلسل rbcL. . RbcL هو جين يقوم بترميز تخليق إنزيم روبيكو وهو محافظ ومستقر، ويسهل عزله وتحليله، وله معدل نجاح عال إلى حد ما في التسلسل. تم إجراء هذا البحث بطريقة وصفية استكشافية نوعية.استخدمت هذه الدراسة عينات من أوراق كوسامبي (Schleichera oleosa) من مواقع مختلفة بارتفاعات مختلفة في منطقة مالانج الكبرى. تم استخلاص عينة الحمض النووي ، ثم تم إجراء عملية تضخيم الجين rbcL ثم تم تنفيذ عملية التسلسل. بناءً على تحليل التسلسل الذي تم الحصول عليه ، يمكن إجراء إعادة بناء شجرة النشوء والتطور باستخدام طريقة الجار-الانضمام باستخدام تطبيقGeneious v 2021.1.1. تحليل تباين تسلسل الجينات rbcL باستخدام تطبيق DNAsp 6. .تحليل التباين في تسلسل الجين rbcL باستخدام تطبيق DNAsp 6. تم إجراء التحليل لتحديد موقع تعدد الأشكال مثل SNP في التسلسل.بناءً على إعادة بناء شجرة النشوء والتطور ، يمكن ملاحظة أن هناك مجموعتين تشكلت ، وهما المجموعة الأولى S. oleosa (BL dan TR) والمجموعة الثانية S. oleosa (TD,GL, VT, dan SK)ومجموعة خارجية عينات من S. oleosa من الهند. الاختلاف في آخر 10 قواعد من تسلسل الجينات rbcL ( أزواج النطاق الأساسي 580-590) هذا هو الأساس لمعرفة أن S. oleosa في مالانج الكبرى لها سلالتان مختلفتان بحيث تكون هناك مجموعتان تتشكلان في إعادة بناء شجرة النشوء والتطور. أظهرت نتائج تحليل التباين في التسلسل الجيني rbcL لـ S. oleosa في مالانج و S. oleosa من الهند أن هناك مواقع محددة في هذه الأنواع.