Identifikasi molekular bakteri kitinolitik isolat lumpur mangrove menggunakan Gen 16S rRNA

INDONESIA:

Udang merupakan komoditas ekspor Indonesia dengan jumlah permintaan tertinggi di pasar dunia. Hal tersebut menyebabkan penimbunan limbah udang yang mengalami peningkatan setiap tahunnya (Sudaryati dan Evi, 2016). Limbah udang mengandung polimer kitin yang yang dapat diolah oleh enzim kitinase dari bakteri kitinolitik. Bakteri kitinolitik diisolasi dari lumpur Mangrove Bejay Bakau Resort Probolinggo dan uji fenotip menunjukkan jenis Bacillus sp. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui kekerabatan bakteri kitinolitik secara genotip menggunakan gen 16s rRNA.

Penelitian ini diawali dengan regenerasi isolat bakteri kemudian ditumbuhkan pada media cair dan dilanjutkan dengan ekstraksi DNA. Metode ekstraksi DNA yang digunakan yaitu direct boilling (ddH2O). Hasil ekstraksi DNA diuji secara kuantitatif menggunakan Spektrofotometer NanoDrop dan divisualisasikan menggunakan elektroforesis. DNA dengan kemurnian tinggi diamplifikasi menggunakan PCR dan diakhiri dengan proses sikuensing DNA. Hasil sikuensing diolah menggunakan softwere untuk memperoleh pohon filogenetik bakteri kitinolitik.

Ekstraksi DNA bakteri menggunakan metode direct boiling berhasil dilakukan dengan tingkat kemurnian (rasio 1,8-2,0) DNA sebesar 1,93. DNA hasil ekstraksi diamplifikasi menggunakan primer 16S yang divisualisasikan menggunakan elektroforesis menunjukkan DNA berukuran 1300 bp. Hasil sikuen DNA diolah secara komputasi dan dicocokkan dengan data di GenBank menunjukkan kekerabatan dengan Micrococus Luteus (MT214287.1) berdasarkan pohon filogenetik.

ENGLISH:

Shrimp is an Indonesian export commodity with the highest demand on the world market. This causes the accumulation of shrimps waste which has increased every years. Shrimp Waste contains chitin polymer which can be processed by the chitinase enzyme from chitinolytic bacteria. Chitinolytic bacteria were isolated from mangrove mud Bejay Bakau Resort Probolinggo and phenotype test showed the type of Bacillus sp. The purpose of this research is to find out genotypically which related to chitinolytic bacteria are using 16s rRNA gene.

This research began with the regeneration of bacterial isolates, than grown in liquid media and continued with DNA extraction. The DNA extraction method used is direct boilling (ddH2O). The results of DNA extraction were tested quantitatively using NanoDrop spectrophotometer and visualized using electrophoresis. DNA with high purity is amplified using PCR and ends with DNA sequencing process. The results of the sequencing were processed using softwere to obtain the phylogenetic tree of chitinolytic bacteria.

The extraction of bacterial DNA using the direct boiling method was successfully carried out within a purity level (ratio of 1,8-2,0) DNA of 1,93. The extracted DNA was amplified using 16S primers visualized using electrophoresis showing 1300 bp sized DNA. Then the DNA was sequenced to obtain the base sequence of its genome. The DNA sequences were computationally processed and matched with data in GenBank showing a relationship with Micrococus Luteus (MT214287.1) based on a phylogenetic tree.

ARABIC:

الجمبري هو سلعة تصدير إندونيسية ذات أعلى طلب في السوق العالمية. يؤدي هذا إلى تراكم مخلفات الجمبري التي تتزايد كل عام. تحتوي نفايات الجمبري على بوليمر الكيتين الذي يمكن معالجته بواسطة إنزيم الكيتيناز من البكتيريا المحللة للكيتين . تم عزل بكتيريا الكيتين من طين المنغروف في منتجع بيجاي باكاو ريسورت فروبولينجو و أظهر اختبار النمط الظاهري نوع باسيلوس سف كان الغرض من هذه الدراسة هو تحديد العلاقة الوراثية بين البكتيريا المحللة للكيتين باستخدام جين ١٦س rRNA.

بدأ هذا البحث بتجديد العزلات البكتيرية ، ثم نمت في وسط سائل و استمر استخلاص الحمض النووي. طريقة استخراج الحمض النووي المستخدمة هي الغليان المباشر (ddH2O). تم اختبار نتائج استخراج الحمض النووي كمياً باستخدام مقياس الطيف الضوئي نانودروف (NanoDrop) و تصور باستخدام الرحلان الكهربائي. تم تضخيم الحمض النووي عالي النقاء باستخدام تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) و انتهى بعملية تسلسل الحمض النووي. تمت معالجة نتائج التسلسل باستخدام برنامج للحصول على شجرة النشوء و التطور للبكتيريا المحللة للكيتين.

تم إجراء استخراج الحمض النووي البكتيري باستخدام طريقة الغليان المباشر بنجاح بمستوى نقاء (نسبة ١٠۸-٢.0) (فيستي ، ٢٠١٧) الحمض النووي ۱.93. تم تضخيم الحمض النووي المستخرج باستخدام بادئات ١ ثانية تم تصورها باستخدام الرحلان الكهربي لإظهار الحمض النووي بحجم ١٣٠٠ نقطة أساس. ثم يتم ترتيب تسلسل الحمض النووي للحصول على التسلسل الأساسي لجينومه. تمت معالجة تسلسل الحمض النووي حسابيًا ومطابقته مع البيانات الموجودة في جين بنك (GenBank) و التي تُظهر علاقة مع ميكروكوكوس سف بناءً على شجرة النشوء و التطور.