Pengaruh suhu annealing pada program PCR terhadap keberhasilan amplifikasi DNA udang jari (Metapenaeus elegan) laguna segara anakan Cilacap Jawa Tengah

INDONESIA:

Penurunan ekosistem yang terjadi di Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah telah mengakibatkan masalah terhadap penurunan jumlah produksi Udang Jari (Metapenaeus elegans). Menurunnya jumlah produksi Udang Jari (Metapenaeus elegans) juga akan mempengaruhi keragaman genetik yang dianggap penting karena sumberdaya genetik merupakan kunci penting bagi suatu individu untuk bertahan hidup sampai generasi yang akan datang. Informasi mengenai keragaman genetik digunakan sebagai dasar seleksi genotip yaitu DNA. Analisis DNA semakin terbantu dengan adanya amplifikasi PCR yang memanfaatkan cara replikasi DNA. Namun keberhasilan amplifikasi PCR dipengaruhi oleh suhu annealing yang optimal dalam proses penempelan primer. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh suhu annealing pada program PCR terhadap keberhasilan amplifikasi DNA Udang Jari (Metapenaeus elegans).

Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 5 individu udang jari (Metapenaeus elegans) bagian kaki jalan dan ekor yang diambil dari hasil tangkapan dari Laguna Segara Anakan, Cilacap, Jawa Tengah. Sampel tersebut diekstraksidan diamplifikasi dengan metode PCR. Parameter penelitian adalah kadar kemurnian DNA pada absorbansi A260/280, ukuran DNA total (bp) hasil ekstraksi, ukuran mtDNA (bp) hasil PCR.

Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa suhu annealing mempengaruhi keberhasilan amplifikasi PCR yaitu suhu 44⁰C. Pengaruh tersebut ditunjukkan dari kadar kemurnian DNA pada absorbansi A260/280 berkisar antara 1,65-2,07 µg/µl dan dari hasil elektroforesis berupa pita DNA total Udang Jari (Metapenaeus elegans) yang didapatkan berukuran 12000 bp dan pita tunggal mtDNA berukuran 950 bp dan sedikitnya smear yang terbentuk.

ENGLISH:

The Ecosystem decline occurring in Segara Anakan, Cilacap, Central Java, has resulted in the problem of the decline in the number of shrimp production Finger (Metapenaeus elegans). Decreasing the amount of shrimp production Finger (Metapenaeus elegans) will also affect the genetic diversity that are considered important because of genetic resources is an important key for an individual to survive to the next generation. Information on genetic diversity is used as a basis for selection, namely DNA genotyping. DNA analysis further helped by the PCR amplification method that utilizes DNA replication. But the success of PCR amplification is influenced by the optimal annealing temperature in the annealing process. Therefore, this study aimed to determine the effect of annealing temperature in the PCR program to successful DNA amplification Shrimp Finger (Metapenaeus elegans).

This research is a descriptive study. The sample used in this study was 5 individual finger shrimp (Metapenaeus elegans) road legs and tail section were taken from the catch of Segara Anakan, Cilacap, Central Java. The sample is extracted and amplified by PCR. Parameters of the study is the purity of DNA in absorbance A260/280, the size of the total DNA (bp) extraction results, the size of mtDNA (bp) PCR results.

Based on the results of the study indicate that the annealing temperature affects the success of PCR amplification as temperature 44⁰C. The influence of the purity of the DNA shown in absorbance A260 / 280 ranged from 1.65 to 2.07 g / ml and the results of electrophoresis in the form of DNA bands Finger total shrimp (Metapenaeus elegans) were obtained measuring tape 12000 bp and 950 bp sized single mtDNA and at least smear formed.