Keragaman genetik pisang (Musa spp.) di Jawa Timur berdasarkan marka ISSR (Inter Simple Sequence Repeat)

مستخلص البحث

كان الموز نبات البستنة المهمة لأن لها قوة الإنتاج العالية. كانت الإندونسية-المالزيا منطقة مركزية رئيسية لنشأة الموز البري والمستنبت وتنوعه. كتبت أقل تقريبا 325 مستنبت موسى في إندونسية. والجاوى الشرقية إحدى الدوائر التي كانت مركز أنواع الموز في الجاوى. ظل تنوع الوراثة بين مستنبت الموز في الجاوى الشرقية أوسع بسبب اختلاف الإقليم والظروف الجغرافية بين المنطقة فيها. تكون معلومة الوراثة المحتملة لمعالجة الصفة والمتأقلمة بالبيئة القاسية أهمًا استخدامها في الحصول على إدارة محافظة النبات. وماركة ISSR أكثر استخداما في بحث تنوع الوراثة وثباتها وعلاقة القرابة بالموز. كان هذا البحث بحثا وصفيا استطلاعيا كيفيا تقوم به الباحثة لمعرفة أنواع وراثة الموز في الجاوى الشرقية بناء على ماركة ISSR.

والعينة التي تم استخدامها في هذا البحث 16 صنف الموز المأخوذ عشوائيا من 10 المدن. يتكون هذا البحث من المراحل وهي استخراج الحمض النووي وعزله، تجربته، تضخيم استجابة التسلسل (PCR) بخسمة تمهيدات (UBC-834, 835, 843, 848 dan 855) ISSR وتصور تضخيم الحمض النووي. ويكون تحليل البيانات تحليل التنوع باستخدام GenAlex 6.5 والمجموعة وتحليل المكون الرئيسي PAST 3.0 وتحليل القوة الأساسية.

تدل نتائج هذا البحث على أن تنوع وراثة الموز في الجاوى الشرقية يدخل على أعلى المراتب بسبب النسبة المئوية لعصابات متعددة الإشكال التي تم الحصول عليها تبلغ إلى مائة في المائة. يقسّم تحليل المجموعة وتحليل المكون الرئيسي 61 مستنبت الموز إلى ثلاث مجموعات وأما نتائج تحليل القوة الأساسية فتدل على أن أساس UBC-835 أساس حسن استخدامه ي تخضيم العينة منظورا من قيمة PIC, EMR, MI و Rp.

ABSTRACT

Banana is an important horticultural crop because has a high production. Indo-Malesia is a major center for the origin and diversity of wild and cultivar bananas. At least 325 banana cultivars have been found in Indonesia. East Java is a province with the center of banana diversity. ISSR marker widely used in the study of diversity and genetic stability of bananas. Information about genotypes is very important for management of plant conservation and plant breeding.

This research is a qualitative and exploratory conducted to determine the genetic diversity of bananas in East Java based on ISSR markers. The sample used in this study were 16 banana cultivars taken from 10 districts/cities. This research consisted of DNA extraction and isolation, DNA quality testing, PCR amplification using 5 ISSR primers and visualization of amplified DNA. Data analysis in the form of diversity analysis using GenAlex 6.5, Clustering and Principal Coordinates Analysis (PCoA) using PAST 3.0 and primary strength analysis.

The results of the diversity analysis showed that the genetic diversity of bananas in East Java was high because the heterozygosity value reached 0.41 and the percentage of polymorphic bands produced reached 100%, while based on the genome grouping of bananas with the ABB genome group, it had the highest diversity level. The clustering analysis and PCoA divided 16 banana cultivars into 4 clusters. The results of the primary strength analysis show that UBC-835 primer is the best primer for amplification in terms of the value of PIC, EMR, MI and Rp.

ABSTRAK

Pisang merupakan tanaman hortikultura yang penting karena memiliki potensi produksi yang cukup tinggi. Indo-Malesia adalah kawasan pusat utama asal-usul serta keragaman pisang liar maupun kultivar. Tercatat sedikitnya 325 kultivar pisang di Indonesia. Jawa Timur merupakan salah satu provinsi yang merupakan pusat keragaman pisang di pulau Jawa. Marka ISSR banyak digunakan dalam penelitian keragaman dan stabilitas genetik serta hubungan kekerabatan pada pisang. Penelitian mengenai penggunaan marka ISSR untuk mendeteksi keragaman genetik pisang di Jawa Timur juga masih belum ditemukan. Informasi mengenai genotip sangat penting digunakan dalam keberhasilan pengelolaan konservasi tumbuhan dan pemuliaan tanaman.

Penelitian ini bersifat eksploratif kualitatif yang dilakukan untuk mengetahui keragaman genetik pisang di Jawa Timur berdasarkan marka ISSR. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 16 kultivar pisang yang diambil dari 10 kabupaten/kota. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap yaitu ekstraksi dan isolasi DNA, uji kualitas DNA, amplifikasi PCR menggunakan 5 primer ISSR (UBC-834, 835, 843, 848 dan 855) dan visualisasi DNA hasil amplifikasi. Analisis data berupa analisis keragaman menggunakan GenAlex 6.5, Clustering dan Principal Coordinates Analysis (PCoA) menggunakan PAST 3.0 dan analisis kekuatan primer.

Hasil analisis keragaman menunjukkan bahwa keragaman genetik pisang di Jawa Timur tergolong tinggi karena nilai heterozigositas mencapai 0.41 dan persentase pita polimorfik yang dihasilkan mencapai 100%, sedangkan berdasarkan kemlompok genomnya pisang dengan kelompok genom ABB memiliki tingkat keragaman tertinggi. Analisis clustering dan PCoA membagi 16 kultivar pisang menjadi 4 cluster. Hasil analisis kekuatan primer menunjukkan bahwa primer UBC-835 merupakan primer terbaik dalam amplifikasi sampel ditinjau dari nilai PIC, EMR, MI dan Rp.