Uji aktivitas dan identifikasi genotip 16s rrna bakteri pendegradasi plastik ldpe hasil isolasi dari tpa Pisang Kipas Malang

INDONESIA:

Penggunaan kantong plastik di masyarakat telah menjadi sesuatu yang umum. Terdapat banyak jenis plastik yang beredar di pasaran salah satunya adalah PE (Polyethilene). LDPE (Low Density Polyethilene) adalah plastik PE yang mempunyai banyak cabang pada strukturnya yang membuat gaya antar molekulnya lemah. Banyaknya masyarakat yang menggunakan plastik ini membuat pencemaran lingkungan terutama di tanah mengingat LDPE membutuhkan waktu lama untuk di degradasi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan mengetahui potensi bakteri yang mampu mendegradasi plastik LDPE.
Metode isolasi bakteri yang digunakan adalah dengan menumbuhkannya dalam Mineral Salt Media (MSM) broth. Aktivitas biodegradasi bakteri ditentukan dengan mengetahui weight loss dan perubahan gugus fungsi pada FT-IR setelah 52 hari inkubasi. Identifikasi genotip bakteri dilakukan dengan isolasi DNA yang kemudian DNA diamplifikasi dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan pasangan primer 27F dan 1492R. Pengurutan DNA dilakukan dengan metode Sanger dan memanfaatkan software untuk analisa serta menentukan kekerabatan bakteri berdasarkan kedekatan hasil analisis dengan database.
Pada penelitian ini dihasilkan dua isolat yaitu PBD1 dan PBD2. aktivitas biodegradasi plastik LDPE PBD1 sebesar 0,75±0,0078% sedangkan PDB2 mempunyai aktivitas biodegradasi sebesar 1,63±0,0008%.Uji genotip dengan isolasi DNA bakteri PDB2 mendapatkan kemurnian A260/A280 sebesar 2,18. Proses amplifikasi isolat DNA bakteri dengan menggunakan suhu anneling PCR 58oC menghasilkan amplikon sebesar ⁓1500 bp. Hasil urutan DNA yang telah di sikuensing sebesar 1465 bp. Urutan nukleotida tersebut kemudian diolah dengan menggunakan software MEGA X untuk mengetahui rekontruksi kedekatan filogeni. Berdasarkan hasil analisa dapat diketahui bahwa isolat bakteri PDB2 mempunyai kemiripan dengan spesies bakteri Bacillus Subtilis strain DSM 10 16S ribosomal RNA partial.

ENGLISH:

The use of plastic bags in society has become commonplace. There are many types of plastics on the market, one of which is PE (Polyethylene). LDPE (Low-Density Polyethylene) is a PE plastic with many branches in its structure, which makes the forces between molecules weak. Many people who use this plastic causes environmental pollution, especially on the ground, considering that LDPE takes a long time to be degraded. This study aims to identify and determine the potential for bacteria that can degrade LDPE plastic.The bacterial isolation method used is growing them in Mineral Salt Media (MSM) broth. The biodegradation activity of bacteria was determined by knowing the weight loss and changes in functional groups on FT-IR after 52 days of incubation. Identification of bacterial genotypes was carried out by DNA isolation, then DNA amplification with Polymerase Chain Reaction (PCR) using 27F and 1492R primers. DNA sequencing was carried out using the Sanger method and utilizing software to analyze and determine the relationship between bacteria based on the closeness of the analysis results to the database.The result of this research are two isolates bacteria, they are PDB1 and PDB2. The PDB1 had biodegradation LDPE plastic of 0,75±0.0078% while PDB2 had a biodegradation activity 1,63±0.0008%.Genotype test with BP2 bacterial DNA isolation brought A260/A280 purity of 2.18. The amplification process of bacterial DNA isolates using an annealing temperature of 58oC PCR produced an amplicon of ⁓1500 bp. The results of the sequenced DNA sequence were 1465 bp. The nucleotide sequence was then processed using MEGA X software to determine the reconstruction of phylogeny proximity. Based on the analysis, it can be seen that the BP2 bacterial isolate has similarities with the Bacillus Subtilis strain DSM 10 16S ribosomal RNA partial.

ARABIC:

استخدام الأكياس البلاستيكية في المجتمع أمرًا شائعًا. هناك العديد من أنواع البلاستيك التي تتم قياسها في السوق ، أحدها هو PE (البولي إيثيلين). LDPE (بولي إيثيلين منخفض الكثافة) هو بلاستيك البولي إيثيلين له العديد من الفروع في هيكله مما يجعل القوى بين الجزيئات الضعيفة. يسبب المجتمع عددا كبيرا الذين يستخدمون هذا البلاستيك في تلوث البيئة ، خاصة على الأرض ، مع الأخذ في الاعتبار أن البولي إثيلين منخفض الكثافة يستغرق وقتًا طويلاً حتى يتحلل.الهدف هذه الدراسة لتحديد ولمعرفة الإمكانات التي يمكن أن تتحلل من بلاستيك البولي إثيلين المنخفض الكثافة. طريقة العزل البكتيري المستخدمة هي تنميتها في مرق ذو ملح معدني منخفض الكربون. تم تحديد نشاط التحلل البيولوجي للبكتيريا من خلال النظر في انخفاض وزن البلاستيك بعد 52 يومًا من الحضانة والتغييرات في المجموعات الوظيفية البلاستيكية من خلال مقياس الطيف الضوئي FT-IR. تم التعرف على الأنماط الجينية البكتيرية عن طريق استخراج الحمض النووي باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل (PCR) باستخدام بادئات 27F و 1492R. تم إجراء تسلسل الحمض النووي باستخدام طريقة Sanger واستخدام برنامج لتسلسل الحمض النووي وتحديد ارتباط الأنواع بناءً على أقرب نتائج تسلسل تحليل قاعدة البيانات. في هذه الدراسة تم إنتاج عزلتين هما PBD1 و PBD2. كان نشاط التحلل البيولوجي للبلاستيك LDPE PBD1 0.75 ± 0.0078٪ بينما كان PDB2 نشاط تحلل حيوي 1.63 ± 0.0008٪. اختبار الحمض النووي لبكتيريا PDB2 باستخدام طريقة المجموعة لها مستوى نقاء A260 / A280 من 2,18. حصلت عملية تضخيم عزلات الحمض النووي البكتيري باستخدام درجة حرارة تصلب تبلغ 58 درجة مئوية PCR على 1500 bp. تم تحديد تسلسل الحمض النووي باستخدام طريقة Sanger لإنتاج DNA بطول نيوكليوتيد يبلغ 1465 bp. تمت معالجة تسلسل النوكليوتيدات بعد ذلك باستخدام برنامج MEGA X لاستخدام إعادة بناء القرب من التطور. بناءً على نتائج البيانات ، يمكن ملاحظة أن العزلة البكتيرية PDB2 لها أوجه تشابه مع سلالة الأنواع البكتيرية Bacillus Subtilis DSM 10 16S RNA الجزئي الريبوسومي.