Maknuna, Durrotul (2020) Analisis fungi endofit pelarut fosfat dan penghasil indole-3-acetic acid rimpang rumput teki (Cyperus rotundus L.) berdasarkan sekuen rDNA ITS (Internal Transcribed Spacer). Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim.
|
Text (Fulltext)
15620084.pdf - Accepted Version Available under License Creative Commons Attribution Non-commercial No Derivatives. Download (3MB) | Preview |
Abstract
ABSTRAK
Fungi endofit rimpang rumput teki (Cyperus rotundus L.) memiliki potensi sebagai pelarut fosfat dan penghasil IAA ¬(Indole-3-Acetic Acid). Berdasarkan penelitian sebelumnya, isolat URT4 dapat menghasilkan pelarut fosfat tertinggi dan isolat URT1 dapat menghasilkan IAA tertinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui nama spesies dari kedua isolat tersebut berdasarkan sekuen rDNA ITS. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah peremajaan fungi endofit, isolasi DNA, analisis DNA secara kuantitatif dan kualitatif, amplifikasi DNA menggunakan primer ITS1 dan ITS4, sekuensing, dan rekonstruksi pohon filogenetika. ¬Hasil isolasi DNA secara kuantitatif menggunakan nanodrop spektrofotometri menunjukkan kemurnian 1.79 dan 1.80. Analisis kualitatif menggunakan elektroforesis gel agarose 1% menunjukkan pita DNA whole genom. Visualisasi amplifikasi produk PCR menggunakan primer ITS1 dan ITS4 menunjukkan URT1 berada pada 550 bp dan URT4 pada 625 bp. Hasil sekuensing dilakukan pengecekan dan alignment (pensejajaran) Clustal W menggunakan BioEdit. Hasil alignment dibandingkan dengan database sekuens rDNA ITS menggunakan BLAST online software. Berdasarkan analisis genetika, diketahui bahwa spesies fungi endofit rimpang rumput teki isolat URT1 sebagai penghasil IAA memiliki kemiripan dengan Fusarium oxysporum strain A1S3-D89 (100%) dan isolat URT4 sebagai pelarut fosfat memiliki kemiripan dengan Aspergillus terreus isolat AGE (97,42%).
ABSTRACT
The Endophytic fungi of Cyperus rotundus L. rhizome have the potential as a phosphate solvent and a producer of IAA (Indole-3-Acetic Acid). Based on previous research, URT4 isolate could produce the highest phosphate solvent and URT1 isolate could produce the highest IAA. The research aims at determining the species names of the two isolates based on the ITS rDNA sequence. The methods used entophytic fungi rejuvenation, DNA isolation, quantitative and qualitative DNA analysis; DNA amplification used ITS1 and ITS4 primers, sequencing, and phylogenetic tree reconstruction. The quantitative DNA isolation results with spectrophotometric nano-drops showed a purity of 1.79 and 1.80. Qualitative analysis with agarose gel electrophoresis 1% showed whole genomic DNA bands. Visualization of PCR product amplification by using ITS1 and ITS4 primers showed URT1 at 550 bp and URT4 at 625 bp. The sequencing results were checked and aligned with Clustal W using BioEdit. Alignment results were compared with ITS rDNA database by using BLAST online software. Based on genetic analysis, it was known that the endophytic fungi species of C. rotunudus rhizome isolate URT1 as IAA producer had similarities with Fusarium oxysporum of strain A1S3-D89 (100%) and isolate URT4 as a phosphate solvent had similarities with Aspergillus terreus AGE of isolate (97.42%).
مستخلص البحث
فطريات الايندوفيت ر يمفا ع نجيل التى كى (Cyperus rotundus L.) تملك الفاعلية لمذيب الفوسفات و تحتصل على IAA ¬(Indole-3-Acetic Acid). كما المباحث السابقة ايصلت URT4 تحتصل على أعلى مذيب فوسفات و ايصلت URT1 تحتصل على أعلى IAA . هذه المباحث لتعلم على اسم المحيط من بين ايصلتين لأجل تسلسل rDNA ITS . و هذه المباحث قد ا ستخدم ا لطريقة التي تجديد فطريات الايندوفيت و انفراق DNA , وتحليل DNA بالكمي و النوعي , تضخيم DNA تستعمل الابتدائي ITS 1 و ITS4 و التسلسلى و النظام الشجر الفيلوكنى تيكا .وتفريق DNA بالكمي الذي يستعمل نانو درف سفكترو فوطامتري (nanodrop spektrofotometri) تعرض على نقأ 1.79 و 1.80. وتحليل النوعي تستخدم الكترو فورسيس كيل اكىروسى (elektroforesis gel agarose ) 1% تعرض الشريطDNA whole genom . وتصوير التضخيم المنتج PCR تستخدم الابتدائي ITS1 و ITS4 تعرض URT1 تقع 550 ب. ف. و URT4 في 625 ب.ف. و التسلسل الذي يستخدم بالتدقيق و المماثل Clustal W يستعمل BioEdit . وتحصيل المماثل مقارنة باملاء التسلسل rDNA ITS تستعمل BLAST بأداوت ااكهرباء. ولان التحليل الوارثى, تعلم على فطريات الايندوفيت ريمفا ع نجيل التى كي ايصلت URT1 يحتصل على IAA يملك المماثل ب Fusarium oxysporum strain A1S3-D89 (100%) و ايصلت URT4 على تضخيم فوسفات تملك الامتثال ب Aspergillus terreus isolate AGE(97,42%)
Item Type: | Thesis (Undergraduate) | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Supervisor: | Kusmiyati, Nur and Barizi, Ahmad | |||||||||
Contributors: |
|
|||||||||
Keywords: | fosfat; fungi endofit; IAA; ITS; rDNA; rumput teki; phosphate; endophytic fungi; IAA; ITS; rDNA; Cyperus rotundus | |||||||||
Subjects: | 06 BIOLOGICAL SCIENCES > 0604 Genetics > 060409 Molecular Evolution 06 BIOLOGICAL SCIENCES > 0605 Microbiology > 060503 Microbial Genetics |
|||||||||
Departement: | Fakultas Sains dan Teknologi > Jurusan Biologi | |||||||||
Depositing User: | Durrotul Maknuna | |||||||||
Date Deposited: | 22 Jun 2021 10:24 | |||||||||
Last Modified: | 22 Jun 2021 10:24 | |||||||||
URI: | http://etheses.uin-malang.ac.id/id/eprint/24311 |
Downloads
Downloads per month over past year
Actions (login required)
![]() |
View Item |