Studi in Silico senyawa dalam ekstrak Etanol 96% daun krisan (Chrysanthemum cinerariifolium (Trev.)) terhadap Reseptor Estrogen Alfa (5W9C)

مستخلص البحث

الأقحوان الدلماسية (Chrysanthemum cinerariifolium (Trev.)) هو نبات لديه إمكانات مضادة لسرطان الثدي.

الهدف من هذا البحث هو تحديد نشاط التسمم الخلوي وسمية المركبات في مستخرجة الإيثانول ٩٦% من ورقة الأقحوان الدلماسية في السيليكو. المركبات الناتجة من مستقلبة تنميط UPLC QToF MS/MS لمستخرجة الإيثانول ٩٦% من ورقة الأقحوان الدلماسية تم فحصها باستخدام SwissADME مع معلمات عدم اختراق حاجز الدم في الدماغ، P-gp non-subtrat، والاستيفاء بالقاعدة الخمسة ليبينسكي. وعلاوة على ذلك، تم الاختناق الجزيئي لمستقبلة هرمون الاستروجين ألفا (5W9C) باستخدامMolegro Virtual Docker وتعتبر صالحة إذا كانت لديها قيمة RMSD <2 Å.

أظهرت نتائج هذا البحث أن نشاط ربيطة (ligand) أصلي هو الأفضل مقارنة بالمركبات الأخرى. ومع ذلك، المركبات التي لديها نشاط أفضل من تاموكسيفين هو (٢ - ميثيل - ١، ٤ - بيبرازينديل) بس [(٣،٤،٥ - تريميثوكسي- فينيل) - ميثانون و أزوكسيستروبين، لأنهما أقل معدل. ويتجلى نشاط المركبات التي تم اختبارها أيضا من خلال الترابط بين الأحماض الأمينية النشطة (Arg 394, Asp 351, Glu 353 و Val 533). في حين يمكن التنبؤ بالسمية باستخدام تطبيقات Protox II Online tools واستناداً إلى فئة السمية وفقاً للنظام العالمي وقيمة LD50، فإن المركبات المجتازة للفحص تنتمي إلى الفئة ٣، ٤ و ٥

ABSTRACT

Chrysanthemum cinerariifolium (Trev.) is a plant that has potential as an anticancer of the breast.

The purpose of this study was to predict the cytotoxic activity and toxicity of compounds in 96% ethanol extract of C.cinerariifolium leaves in silico. Metabolite profiling compounds of 96% ethanol extract of C.cinerariifolium leaves from UPLC QToF MS/MS were screened using SwissADME with parameters not penetrating the blood-brain barrier, P-gp non-substrate, and based on the criteria of the five Lipinski rules. Then, molecular docking is performed on alpha estrogen receptors (5W9C) using Molegro Virtual Docker. The 5W9C receptor is declared valid because it has an RMSD value <2 Å.

The results showed that native ligand activity was better than other compounds. However, compounds that have better activity than tamoxifen, namely (2-Methyl-1,4-piperazinediyl) bis - [(3,4,5-trimethoxyphenyl) methanone and Azoxystrobin, because these compounds have lower Rerank Scores. The activity of the test compound is also shown by the bonding of active amino acids (Arg 394, Asp 351, Glu 353, and Val 533). While toxicity can be predicted using the Protox II Online tool. Based on the toxicity class, according to the GHS and LD50 value, the compounds that passed the screening belong to classes 3, 4 and 5.

ABSTRAK

Chrysanthemum cinerariifolium (Trev.) merupakan salah satu tumbuhan yang memiliki potensi sebagai antikanker payudara.

Tujuan dilakukannya penelitian ini untuk memprediksi aktivitas sitotoksik dan toksisitas senyawa dalam ekstrak etanol 96% daun C.cinerariifolium secara in silico. Senyawa hasil metabolite profilling UPLC QToF MS/MS ekstrak etanol 96% daun C.cinerariifolium dilakukan skrining menggunakan SwissADME dengan parameter tidak menembus sawar darah otak, P-gp non-subtrat, dan memenuhi Hukum Lima Lipinski. Selanjutnya dilakukan penambatan molekuler terhadap reseptor estrogen alfa (5W9C) menggunakan Molegro Virtual Docker. Reseptor 5W9C dinyatakan valid karena memiliki nilai RMSD <2 Å.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa aktivitas native ligan paling baik dibandingkan senyawa lainnya. Namun, senyawa yang memiliki aktivitas lebih baik dibanding tamoxifen, yaitu (2-Methyl-1,4-piperazinediyl)bis-[(3,4,5-trimethoxyphenyl)methanone dan Azoxystrobin, karena senyawa tersebut memiliki Rerank Score yang lebih rendah. Aktivitas senyawa uji tersebut juga ditunjukkan oleh ikatan pada asam amino yang aktif (Arg 394, Asp 351, Glu 353, dan Val 533). Sedangkan toksisitas dapat diprediksi menggunakan aplikasi Protox II Online tool. Berdasarkan kelas toksisitas menurut GHS dan nilai LD50, senyawa yang lulus skrining tergolong dalam kelas 3, 4 dan 5.