Deteksi gen selenometil transferase (SMT) pada Isolat Bakteri Resisten Selenium

ABSTRACT

Selenium is a toxic and hazardous element of living things. There are two types of selenium, selenate (SeO42-) and selenite (SeO32-), both of them have the highest oxidation number among any other type of selenium. Bacteria being the one of resistant organisms that able to survive in selenium-polluted environments and have a detoxification mechanism and metal accumulation inside their body. Bacterial resistance is caused by their resistant gene toward selenium. The selenomethyl transferase (smt) gene is one of the genes that is used for catalyzing the methylation of toxic selenium into non-toxic one. The purposes of this study are detecting smt genes in bacterial isolates that have selenium-resistant and finding out their homology. Bacterial isolate that used for this study is obtained from Microbiology Laboratory Maulana Malik Ibrahim State Islamic University of Malang. The bacterial growth medium is NA which is enriched with 10 mM sodium selenite and LB for liquid culture. The stages in this study including testing the effectiveness, macroscopic and microscopic identification, isolation of chromosomal DNA with kits, amplification smt gene using specific primer and sequencing. The data analysis is using BLAST, meanwhile the data processing is using BioEdit and Mega6 software. The results of the amplification and sequencing showed that the bacteria have smt gene with 118 bp and 124 bp of measurement and have a similarity with Bacillus flexus in the amount of 96% and the Astragalus bisulcatus in the amount of 100%.

ABSTRAK

Selenium merupakan unsur toksik dan berbahaya bagi makhluk hidup. Dua jenis selenium paling toksik yaitu selenat (SeO42-) dan selenit (SeO32-) memiliki bilangan oksidasi yang tinggi dibandingkan jenis yang lain. Bakteri menjadi salah satu organisme yang mampu bertahan di lingkungan tercemar selenium dan memiliki mekanisme resistensi dan akumulasi di dalam tubuhnya. Resistensi pada bakteri disebabkan memiliki gen resisten terhadap logam selenium. Gen selenometil transferase (smt) merupakan salah satu gen resisten yang digunakan dalam mengkatalisis metilasi selenium toksik menjadi nontoksik. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi gen smt pada isolat bakteri yang resisten selenium dan mengetahui homologinya. Isolat bakteri yang digunakan berasal dari koleksi Laboratorium Mikrobiologi Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang. Media pertumbuhan bakteri yaitu NA yang diperkaya sodium selenit (NaSeO32-)10 mM dan LB untuk kultur cair. Tahapan dalam penelitian ini meliputi isolasi DNA genom dengan KIT, amplifikasi gen smt dengan primer spesifik gen smt dan sekuensing. Analisis data dengan BLAST NCBI dan pengolahan data rekonstruksi filogenetik dengan software BioEdit dan Mega6. Hasil amplifikasi dan sekuensing menunjukkan isolat bakteri memiliki gen smt dengan ukuran 118 bp dan 124 bp, memiliki kemiripan (homolog) dengan Bacillus flexus sebesar 96% dan tanaman Astragalus bisulcatus 100%.