Karakterisasi genom kultivar pisang berdasarkan marka morfologi dan marka molekuler RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

INDONESIA:

Pisang merupakan tumbuhan monokotil yang ditemukan di lebih dari 120 negara. Pisang terdiri dari berbagai macam jenis dengan ciri morfologi yang berbeda-beda.Salah satu jenis pisang yang banyak dijumpai saat ini berasal dari kelompok genus Musa. Keanekaragaman pisang dari genus Musa banyak terpusat di wilayah Asia Tenggara yang memiliki lebih dari 80 kultivar pisang. Hal ini menimbulkan permasalahan tata nama kultivar pisang serta permasalahan identifikasi dan pengelompokan kultivar pisang berdasarkan ciri morfologi maupun genetik (genom) nya. Penelitian mengenai karakterisasi genom kultivar pisang menggunakan marka morfologi telah banyak dilakukan, namun hasil dari penelitian ini seringkali bersifat subjektif dan dipengaruhi oleh faktor lingkungan dan fase pertumbuhan. Oleh karena itu perlu didukung dengan menggunakan pendekatan marka molekuleruntuk membedakan genotip individu intra maupun inter-spesies secara tepat yang nantinya dapat menunjang upaya pemuliaan kultivar pisang di kemudian hari. Oleh karena itu, diperlukan adanya klasifikasi genom kultivar pisang berdasarkan marka morfologi dan marka molekuler RAPD. Tujuan dilakukannya penelitian ini adalah untuk mengetahui hasil karakterisasi genom kultivar pisang berdasarkan marka morfologi, marka molekuler RAPD, serta perbandingan antar keduanya.

Penelitian ini menggunakan 14 sampel kultivar pisang dari genom AA, AAA, AAB, ABB, dan BB. Jenis penelitian ini adalah deskriptif eksploratif kualitatif. Tahap penelitian yang dilakukan adalah uji kualitatif, kuantitatif dan amplifikasi menggunakan primer RAPD OPA 1-20. Data analisis yang digunakan adalah hasil skoring data, analisis kekuatan primer, dan analisis clustering (pengelompokan) berdasarkan marka morfologi dan marka molekuler RAPD.

Hasil analisis kekuatan primer memperlihatkan primer yang paling efisien digunakan untuk mengamplifikasi DNA kultivar pisang berdasarkan nilai PIC (Polymorphism Information Content) dan jumlah pita polimorfik yang terbentuk adalah primer OPA 7 dengan nilai PIC sebesar 0,5. Hasil skoring data berdasarkan marka morfologi dan marka molekuler akan digunakan dalam analisis clustering (pengelompokan). Hasil analisis morfologi menunjukkan ke 14 kultivar pisang belum dapat mengelompok dengan baik berdasarkan genomnya. Hal ini disebabkan oleh faktor lingkungan dan faktor subyektivitas peneliti. Sedangkan hasil clustering berdasarkan analisis PCR RAPD menunjukkan ke 14 kultivar pisang dapat mengelompok dengan baik berdasarkan genomnya (AA, AAA, AAB, ABB, dan BB). Hal ini menunjukkan bahwasannya marka molekuler RAPD sangat efisien digunakan untuk mengelompokkan kultivar pisang berdasarkan genomnya.

ENGLISH:

Bananas are monocot plants that can be found in more than 120 countries. Bananas consist of various types with different morphological characteristics. One type of banana that is often found today comes from the group of genus Musa. The diversity of bananas from the genus Musa are more concentrated in Southeast Asia which has more than 80 species of bananas. This creates some problems in nomenclature, identification and grouping of banana cultivars based on morphological and genetic characteristics (genome). Research on the genome characterization of banana cultivars using morphological markers has been carried out, but the results of this study are often subjective and are influenced by environmental factors and growth phases. Therefore it needs to be supported by using the molecular markers approach to distinguish genotypes of intra and inter-species individuals precisely which can later support efforts to breed banana cultivars in the future. Therefore, it is necessary to classify banana cultivar genomes based on morphological markers and RAPD molecular markers. The purpose of this study was to determine the results of the characterization of banana cultivar genomes based on morphological markers, RAPD molecular markers, as well as comparisons between both of them.

This study used 14 samples of banana cultivars from the different genomes AA, AAA, AAB, ABB, and BB . This type of research is descriptive explorativequalitative . The research phase is qualitative, quantitative and amplification tests using OPA RAPD primers 1-20. The analysis data that used are the results of data scoring, primary strength analysis,andclusteringanalysisbased on morphological markers and RAPD molecular markers .

The primary strength analysis results show that the most efficient primer is used to amplify banana cultivar DNA based on PIC (Polymorphism Information Content) value and the number of polymorphic bands formed is OPA 7 primer with a PIC value of 0.5. The results of data scoring based on morphological markers and molecular markers will be used in clustering analysis. Morphological analysis results showed the 14 banana cultivars have not been able to group properly based on their genomes. This is caused by environmental factors and the subjectivity of the researcher. While the results of clustering based on PCR RAPD analysis showed that 14 banana cultivars could group well based on their genomes (AA, AAA, AAB, ABB, and BB). This shows that RAPD molecular markers are very efficiently used to classify banana cultivars based on their genomes.