Deteksi molekuler Lactobacillus spp. pada mencit diare pasca pemberian sinbiotik dengan menggunakan gen 16S rRNA

INDONESIA:

Diare merupakan pengeluaran feses lebih dari 3 kali per hari dalam kondisi encer yang dapat atau tanpa disertai lendir dan darah. Diare dapat disebabkan oleh bakteri patogen Escherichia coli Enteropatogenik (EPEC). Bakteri patogen yang menginfeksi saluran pencernaan dapat diatasi dengan pemberian sinbiotik bakteri Lactobacillus casei AP dan inulin umbi dahlia. Lactobacillus dapat melakukan kolonisasi pada mukosa usus sehingga bakteri patogen tidak dapat melekatkan diri pada sel epitel usus. Penelitian secara genotip mengenai keberadaan Lactobacillus pada usus besar yang terinfeksi bakteri EPEC perlu dilakukan dikarenakan identifikasi secara fenotip memiliki beberapa kelemahan diantaranya hasil yang tidak konsisten dan waktu yang relatif lama sehingga terjadi ketidaktepatan dalam megidentifikasi spesies. Salah satu identifikasi bakteri Lactobacillus berdasarkan sifat genotip yaitu dengan menggunakan sekuen 16S rRNA. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui Lactobacillus spp. yang terdeteksi pada mencit diare pasca pemberian sinbiotik dengan menggunakan 16S rRNA. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif eksploratif kualitatif. Identifikasi secara genotip dilakukan dengan beberapa tahap, yaitu pembuatan kultur bakteri, isolasi DNA bakteri genom, sekuensing gen 16S rRNA. Isolasi DNA menggunakan metode NaCl dan hasil sekuensing dilakukan pengecekan di sequen scanner. Hasil dari sequen scanner, sekuennya dibandingkan dengan database 16S rRNA dengan menggunakan BLAST online software. Berdasarkan analisa genetika diketahui bahwa isolat L-1 memiliki kemiripan dengan Lactobacillus casei strain NWAFU1554 (97%).

ENGLISH:

Diarrhea is fecal excretion that is more than 3 times per day in runny conditions that can or without mucus and blood. Diarrhea is caused by pathogenic bacterium Escherichia coli Enteropathogenic (EPEC). It is because the infection of pathogenic bacteria in the digestive tract with synbiotic administration of Lactobacillus casei AP bacteria and inulin from dahlia tuber. Lactobacillus can colonize the intestinal mucosa. This causes pathogenic bacteria cannot attach themselves to intestinal epithelial cells. Genotypic research on the presence of Lactobacillus in the large intestine infected with EPEC bacteria needs to be carried out because the phenotypic identification has several weaknesses. The weaknesses are inconsistent results and relatively long time so that there is an inaccuracy in identifying species. One of the ways to identify Lactobacillus bacteria based on genotypic properties is by using 16S rRNA sequences. The aim of this research is to determine Lactobacillus spp which is detected in diarrhea mice after synbiotic administration using 16S rRNA. However, The type of this research is qualitative descriptive exploratory. Besides, genotypic identification is carried out in several stages. The stages are making the bacterial cultures, isolating the bacterial genome DNA, and sequencing the 16S rRNA gene. DNA isolation using the NaCl method and the results of sequencing are checked in the sequel scanner. As a result of the scanner sequences, the sequence is compared with the 16S rRNA database using online BLAST software. Based on genetic analysis, it is estimated that L-1 isolates are similar to Lactobacillus casei strain NWAFU1554 (97%).