Analisis filogenetik dan estimasi waktu divergensi Amolops Cope, 1865 sensu lato paparan sunda secara insilico

INDONESIA :

Proses geologi Paparan Sunda membentuk pola biogeografi Genus Amolops Cope, 1865 Sensu lato yang tersebar di pulau Sumatra, Jawa, & Kalimantan. Penelitian sistematika, hubungan kekerabatan, dan evolusi dari genus ini telah banyak dilakukan, namun masih sedikit referensi terkait resolusi pohon filogenetik dan studi estimasi waktu divergensi genetik di Paparan Sunda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui filogenetik, dan estimasi waktu divergensi Genus Amolops Sensu lato di Paparan Sunda. Metode yang digunakan merupakan metode insilico yaitu analisis filogenetik Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Bayesian Inference dan estimasi waktu divergensi secara insilico menggunakan beberapa gen dari genom mtDNA yaitu 12S rRNA, tRNAVal, & 16S rRNA dari Amolops Sensu lato sebanyak 13 Ingroup taksa dari Genus Huia dan Meristogenys beserta 2 Outgroup taksa. Parameter analisis yang digunakan yaitu sifat monofiletik dan parafiletik dari topologi yang dihasilkan, serta skor bootsrap (MLBP, MPBP, dan BPP) pada setiap percabangan pohon filogenetik berupa filogram, dan estimasi waktu divergensi genetik dengan parameter analisis Effective Sampling Size dan konvergensi distribusi prior dan posterior dari kronogram yang dihasilkan. Hasil penelitian menunjukkan filogenetik Genus Amolops Sensu lato tergolong grup monofiletik, Genus Huia tergolong grup parafiletik, dan Genus Meristogenys tergolong grup monofiletik. Estimasi waktu divergensi menunjukkan waktu pemisahan Amolops Sensu lato terjadi pada zaman Oligocene-Miocene epoch (~34.8 Mya), Huia sumatrana, Huia group, dan Meristogenys group terjadi pada zaman early Miocene-Pliocene epoch (~27.37 Mya), Huia group dan Meristogenys group terjadi pada zaman early Miocene-Pliocene epoch (~14-4 Mya).

ENGLISH :

The geology process of the Sunda Shelf forms the biogeographic pattern of Genus Amolops Cope, 1865 Sensu lato which distributed in Sumatra, Java, and Kalimantan region. Research on systematic, relationship and evolutionary history of this genus have been studied before, however, producing a few phylogenetic trees resolution and divergence time estimation on Sunda shelf. This study aims to determine the phylogenetic and divergence time estimation of Genus Amolops Sensu lato in Sunda Shelf. The insilico methods are used is phylogenetic analysis by Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Bayesian Inference, and divergence time estimation based on mtDNA of 12S rRNA, tRNAVal & 16S rRNA genes of Amolops Sensu lato including 13 Ingroup taxa along with 2 Outgroup taxa. Analysis parameter that are used is monophyly dan paraphyly character of group based on the result of branch of every phylogentic trees, also bootstrap score (MLBP, MPBP, BPP) on every branch of phylogenetic trees resulting on phylograms, and divergence time estimation parameter analysis including Effective Sampling Size and convergenity of prior and posterior distribution resulting on chronogram. The results showed that the relationship between Amolops Sensu lato are monophyletic group, Genus Huia are paraphyletic group and Genus Meristogenys are monophyletic group. The time divergence estimation shows the separation of Amolops Sensu lato occurred at Oligocene to Miocene epoch (~ 34.8 Mya), Huia sumatrana, Huia group, and Meristogenys group occurred at early Miocene to Pliocene epoch (~ 27.37 Mya), and Huia group and Meristogenys group occurred at early Miocene to Pliocene epoch (~ 14-4 Mya).