Isolasi dan identifikasi khamir yang berasosiasi dengan bunga Apel (Malus sylvestris Mill) dan potensinya dalam fermentasi karbohidrat

INDONESIA :

Khamir merupakan mikrofungi uniselular yang termasuk eukariotik. Khamir tersebar di berbagai lingkungan, yaitu lingkungan terestrial, perairan hingga udara bebas. Komunitas khamir juga ditemukan yang berasosiasi dengan tumbuhan, hewan dan insekta. Saat ini ilmuwan telah berhasil mengklasifikasikan khamir sekitar 1500 spesies pada 100 genus yang ada di bumi (Satyanarayana, 2009). Penelitian ini mengungkapkan keberadaan dan keanekaragaman khamir yang berasosiasi dengan bunga apel (Malus sylvestris Mill).

Tujuan penelitian untuk mengetahui jenis khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill); mengetahui identitas khamir berdasarkan karakter morfologi, biokimia dan molekular; dan mengetahui hubungan kekerabatan spesies khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill) berdasarkan Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA dengan menggunakan database NCBI.

Penelitian ini merupakan penelitian eksplorasi dan deskriptif kualitatif. Sampel penelitian adalah khamir hasil isolasi dari bunga apel di Kebun Apel Dusun Junggo, Desa Tulungrejo, Batu. Lokasi pengambilan sampel bunga dilakukan secara simple random sampling, dimana pengambilan sampel dilakukan secara acak untuk memberikan kesempatan yang sama bagi setiap anggota populasi untuk menjadi sampel penelitian. Sampel dibawa ke Laboratorium untuk dilakukan isolasi, purifikasi dan identifikasi secara morfologi koloni dan sel, identifikasi biokimia (mengukur kemampuan fermentasi karbohidat) dan identifikasi molekular. Identifikasi Molekular menggunakan metode Colony-PCR, PCR dilakukan dengan mengambil langsung dari kultur koloni khamir dengan menggunakan primer fungi ITS1 forward. Hasil amplifikasi DNA disekuensing dengan ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Bioneer, Korea.

Hasil penelitian menunjukkan bahwa jenis khamir yang ditemukan pada bunga apel (Malus sylvestris Mill) berdasarkan karakter morfologi termasuk ke dalam kelompok ascomycetes dengan isolat yang diperoleh sebanyak 8 isolat, meliputi AAR-3, AAR-4, AAR-7, AAR-8, AMR-1, AMR-4, AMR-5, AMR-6. Semua isolat mempunyai kemampuan dalam fermentasi karbohidrat. Identifikasi secara molekular jenis isolat khamir dengan kemampuan fermentasi karbohidrat terbaik, yaitu isolat khamir AAR-7 memiliki kemiripan dengan Clavispora lusitaniae strain 37C (97%), isolat khamir AAR-8 memiliki kemiripan dengan Saccharomyces cerevisiae strain LYY (99%), isolat khamir AMR-1 memiliki kemiripan dengan Pichia kudriavzevii strain YS156 (100%) dan isolat khamir AMR-4 memiliki kemiripan dengan Pichia kudriavzevii strain YS156 (99%).

ENGLISH :

Yeasts are unicellular mikrofungi is a eukaryotic included. Yeasts are scattered in various environments, i.e. terrestrial, aquatic environment to free air. The community of yeasts are also found in association with plants, animals and insects. This time scientists have managed to classify yeasts around 1500 species in genus 100 on Earth (Satyanarayana, 2009). This study revealed the existence and diversity of yeasts in association with apples (Malus sylvestris Mill). The purpose of the study to find out the types of yeasts found in the flowers of Apple (Malus sylvestris Mill); knowing the identification of the yeasts based on morphological characters, molecular and biochemistry; and knowing the kinship of species yeast found on flower apples (Malus sylvestris Mill) based on Internal Transcribed Spacer (ITS) rDNA using NCBI database.

This research is descriptive and exploratory qualitative research. Sample research is the result of yeast isolation from flower apples in the apple orchards of the village Junggo, village Tulungrejo, Batu. Location of sampling of flowers done in simple random sampling, where sampling was done randomly to provide equal opportunities for every Member of the population to become a research sample. The sample is brought to the lab to do the isolation, purification and identification in morphology and cell colonies, identification of biochemical (fermentation ability measure carbohydrate) and molecular identification. Molecular identification method using Colony-PCR, PCR is performed by taking directly from the culture of yeast colonies by using primary fungi ITS1 forward. Disekuensing DNA amplification results with ABI PRISM 3730xl Genetic Analyzer, Bioneer, Korea.

The results showed that the types of yeasts found in the flowers of Apple (Malus sylvestris Mill) based on morphological characters are included in a group of ascomycetes with isolates obtained as many as 8 isolates, including AAR-3,-4, AAR AAR AAR-7,-8, AMR-1, 4-AMR, AMR, AMR-5-6. All isolates had the ability in the fermentation of carbohydrates. Identifying the molecular type of yeast isolates with the best fermentation ability, the AAR-7 yeast isolates were similar to Clavispora lusitaniae strain 37C (97%), AAR-8 yeast isolates were similar to Saccharomyces cerevisiae LYY strain (99%), AMR yeast isolates - 1 has similarities with the strains of Pichia kudriavzevii YS156 (100%) and AMR-4 yeast isolates have similarities to the strain Pichia kudriavzevii YS156 (99%).