Keragaman genetik 13 kultivar pisang Ambon (Musa acuminata grup AAA) di Jawa Timur dan Jawa Tengah berdasarkan marka RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)

INDONESIA:

Indonesia merupakan negara yang memiliki keragaman makhluk hidup yang tinggi, sehingga menjadi negara megabiodiversitas kedua di dunia setelah Brazil. Salah satu tumbuhan yang memiliki keragaman yang tinggi adalah pisang. Tata nama pisang kultivar menjadi masalah utama di negara-negara pusat keragaman pisang termasuk Indonesia. Selama ini penamaan pisang kultivar masih didasarkan pada marka morfologi. Namun penggunaan pendekatan morfologi bersifat subyektif, oleh sebab itu diperlukan penelitian berbasis molekuler (genetik) untuk mendapatkan hasil yang lebih valid. Teknik molekuler yang banyak digunakan antara lain adalah AFLP, PCR-RFLP, RAPD, DNA barkoding dengan penanda molekular universal dan mikrosatelit . Selama ini marka RAPD merupakan marka molekuler yang paling sering digunakan untuk mengetahui tingkat taksonomi dan pengelompokkan kultivar pisang sekaligus untuk mengetahui diversitas genetiknya.

Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif kualitatif, yang mengidentifikasi keragaman Pisang Ambon (Musa acuminata grup AAA) di Jawa Timur dan Jawa Tengah menggunakan marka RAPD. Sampel yang digunakan dalam penelitian ini adalah 13 pisang Ambon dan 2 pisang liar. Penelitian ini terdiri dari beberapa tahap, yaitu: pengambilan sampel, ekstraksi, uji kualitatif, uji kuantitatif, amplifikasi PCR menggunakan primer OPA 1-20 dan visualisasi hasil ekstraksi DNA. Kemudian hasil dari visualisasi tersebut dianalisis dengan beberapa parameter, yakni analisis kekuatan primer dan analisis pengelompokan.

Hasil amplifikasi menunjukkan bahwa primer OPA 3, OPA 4, dan OPA 18 mampu menghasilkan fragmen paling polimorfik ditinjau dari nilai PIC, EMR, MI dan Rp. Keragaman genetik pisang Ambon tergolong rendah yang disebabkan sampel pisang ambon yang digunakan memiliki nilai similaritas berkisar antara 0,323 – 0,758. Pisang Ambon di Jawa Timur dan Jawa Tengah mengelompok menjadi 3 grup utama.

ENGLISH:

Indonesia is a country that has a high diversity of living creatures, making it the second megabiodiversity country in the world after Brazil. One plant that has a high diversity is bananas. The cultivar banana nomenclature is a major problem in many caountry as center origin of banana diversity including Indonesia. So far the naming of banana cultivars is still based on morphological markers. However, the use of morphological approaches is subjective, therefore molecular-based (genetic) research is required to obtain more valid results. The most widely used molecular techniques include AFLP, PCR-RFLP, RAPD, DNA barkoding with universal molecular markers and microsatellites. RAPD markers are the most commonly used molecular markers to determine the level of taxonomy and cultivation of banana cultivars as well as to determine their genetic diversity.

This study is a qualitative explorative descriptive study, which identifies the diversity of Ambon Banana (Musa acuminata grup AAA) In East Java and Central Java using RAPD markers. The sample used in this research is 13 cultivar bananas of Ambon and 2 wild bananas. This research consists of several stages: sampling, extraction, qualitative test, quantitative test, PCR amplification using primary OPA 1-20 and visualization of DNA extraction results. Then the results of the visualization are analyzed with several parameters, namely the analysis of primary strength and grouping analysis.

The amplification results show that the OPA 3, OPA 4 dan OPA 18 primer is capable of producing the most polymorphic fragments in terms of PIC, EMR, MI and Rp. The genetic diversity of Ambon bananas is low due to the samples of bananas used to have a similarity value of 0.323 - 0.758. 3. Ambon bananas in East Java and Central Java grouped into 3 main groups.